Ich habe schon früher darüber geschrieben, wie wir erstellte Cover-Arrays verwenden von JMP, um JMP selbst zu testen . Ein aktuelles Beispiel, das von meinen Kollegen kam Wenjun Bao und Joseph Morgan war so faszinierend, dass ich es mit anderen teilen wollte.
So testen Sie eine bestimmte Plattform in JMP Genomics Es gibt 14 verschiedene Faktoren, die variiert werden können, von 14 Stufen bis zu zwei Stufen. Was unterscheidet diesen Fall von den Testsoftware-Präferenzen Ich habe vorher besprochen Für drei Faktoren (interaktive hierarchische Clustering-Optionen, automatisierte hierarchische Clustering-Optionen, minimale Rekombinationsgruppierungsoptionen) kann für jeden Testlauf nur einer festgelegt werden. Diese Einschränkung ergibt sich aus dem Verhalten der folgenden Funksteuerung:
In diesem Beispiel haben wir einen Faktor für die Linkage-Gruppierungsmethode, der drei mögliche Ebenen hat. Mit jeder der Gruppierungsmethoden ist einer der oben genannten Faktoren verbunden. Im Wesentlichen lassen sich diese drei Faktoren in drei verschiedene Fälle einteilen. Wenn wir ein Deckungsfeld der Stärke 2 wollten, könnten wir nicht einfach für jede Möglichkeit ein Deckungsfeld der Stärke 2 erstellen? Dies würde sicherstellen, dass jedes mögliche (zulässige) Paar in unseren Tests auftritt.
Wir könnten, aber…
Die zwei Faktoren mit der größten Anzahl von Stufen haben 14 bzw. 9 Stufen. Wenn wir keine Einschränkungen hatten, hat das kleinste mögliche Stärke-2-Deckarray 126 = 14 * 9 Läufe (und die Deckarray-Plattform kann ein solches Design finden). Wenn wir jedoch 3 separate Covering-Arrays erstellen, bedeutet dies, dass es sich jeweils um 126 Läufe handelt, also um 378 = 126 * 3 Läufe. Ein Deckungsfeld der Stärke 2 stellt sicher, dass jedes mögliche Paar mindestens einmal vorkommt, aber wenn wir es in drei Deckungsfelder aufteilen, erhalten wir mehr Deckung als nötig. Durch die Kombination der drei abdeckenden Arrays tritt jedes der Paare, die nicht an den eingeschränkten Faktoren beteiligt sind, tatsächlich mindestens dreimal auf.
Schön wäre ein Design, das fehlende Werte für Faktoren aufweist, die aufgrund der anderen Einstellungen nicht auftreten können.
"Ja wirklich?" Fehlende Werte?
Wenn Sie von einem traditionellen denken DAMHIRSCHKUH Standpunkt, das Erstellen eines Designs mit fehlenden Werten klingt dumm. Aber für Arrays, bei denen wir Kombinationen von Faktoren betrachten, ist dies absolut sinnvoll: Wenn ein Faktor einen fehlenden Wert in einer Reihe hat, bedeutet dies, dass er für diesen Test nicht relevant ist. Das bedeutet auch, wenn wir für diesen Test einen Fehler sehen, wissen wir, dass der fehlende Faktor nicht an der Ursache beteiligt ist. Zum Glück unser Analysewerkzeug erkennt auch fehlende Werte.
OK, wie kann ich dieses Design erstellen?
Stellen Sie sich eine der drei Gruppierungsmethoden vor, automatisiertes hierarchisches Clustering. Ein anderer Faktor, die automatisierten hierarchischen Clustering-Optionen, kann drei verschiedene Ebenen annehmen, während die Faktoren Interactive Hierarchical Clustering-Optionen und Minimale Rekombination-Gruppierungsoptionen fehlen sollten. Wir können das Handy nutzen Filter für unzulässige Kombinationen und wenn die Linkage-Gruppierungsmethode automatisiertes hierarchisches Clustering ist, verbieten Sie alle Werte für die Optionen für interaktive hierarchische Clustering, verbinden Sie sie mit einem ODER und führen Sie dasselbe mit automatisierten hierarchischen Clustering- und minimalen Rekombinations-Gruppierungsoptionen aus.
Wir könnten dann ein ähnliches Verfahren für die beiden anderen Gruppierungsmethoden anwenden, die diese mit OR-Anweisungen aus dem Datenfilter verknüpfen. Wir sollten also jetzt bereit sein, das Design zu erstellen…
Noch nicht ganz
Wir haben in unseren unzulässigen Kombinationen eines übersehen, was sehr leicht zu übersehen ist - der Designer wird immer noch versuchen, Paare dieser eingeschränkten Faktoren in Reihen erscheinen zu lassen, wobei die Gruppierungsmethode fehlt, was für unser Design keinen Sinn macht. Daher müssen wir alle möglichen Kombinationen zwischen diesen Spalten verhindern. Wenn wir beispielsweise interaktive hierarchische Clustering-Optionen und automatisierte hierarchische Clustering-Optionen aus dem Filter auswählen, würden wir (mit den zuvor nicht zulässigen Kombinationen von oben) abgeschnitten:
Nachdem wir diese Kombinationen und die zuvor erwähnten unzulässigen Kombinationen ausgeführt haben, die alle mit OR im Filter verbunden sind, können wir das Design erstellen.
Das Design
Für die Covering Array-Plattform gibt es ein Design mit 140 Durchläufen (mehr dazu in Kürze, dies ist jedoch in der Tat die kleinste mögliche Laufgröße), mit nur einer der Optionen für interaktive hierarchische Clustering-Optionen, automatisierte hierarchische Clustering-Optionen und minimale Rekombinationsgruppierung Für jede Zeile festgelegte Optionen und die beiden anderen fehlen. Ich habe die Datentabelle auf die gestellt Dateiaustausch in der JMP User Community , wo Sie das Endergebnis sehen und einen Blick darauf werfen können, wie die daraus resultierenden unzulässigen Kombinationen aussehen.
Abschließende Gedanken
Während zum Erstellen der unzulässigen Kombinationen zusätzliche Arbeit erforderlich war, waren die Einsparungen bei der Anzahl der Tests (378 gegenüber 140) dramatisch. Mit Hilfe des Filters "Disallowed Combinations" (Filter für unzulässige Kombinationen) war es einmal leicht, sie einzugeben, selbst wenn eine bestimmte Anzahl von Kombinationen ausgewählt wurde, nachdem festgelegt wurde, was nicht zulässig ist.
Der begeisterte Leser hat vielleicht bemerkt, dass ich alle möglichen Werte aus den drei Variablen in einem Faktor mit 10 Stufen zusammenfassen konnte (daher wusste ich, dass 140 = 14 * 10 Läufe die untere Grenze waren). Es ist zwar durchaus möglich, das Design so zu konstruieren, aber es ist leicht, den Kontext zu verlieren, was diese Variable zu beschreiben versucht.
Treten bei der Verwendung von Cover-Arrays ähnliche Probleme auf? Wenn es Interesse gibt, können wir die Möglichkeit sehen, die spezialisierte unzulässige Kombination einfach zu generieren, wenn einige Faktoren nicht gemeinsam getestet werden können. Danke fürs Lesen!
