중국 햄스터 난소 세포 발효의 대사산물 데이터에 대한 다변량 시계열 분석
Florian Lipsmeier, 박사, 과학자, 제약 연구 및 초기 개발 정보학 부문, Roche Diagnostics GmbH
중국 햄스터 난소(CHO) 세포는 항체와 같은 치료 단백질의 대규모 생산을 위한 현대 생명공학의 "일꾼" 중 하나입니다. CHO 세포 집단은 잘 정의된 배지와 발효기의 잘 정의된 조건에서 성장합니다. CHO 세포를 발효하는 동안 작은 온라인 데이터 세트가 지속적으로 기록되고 개별 샘플 세트가 전체 프로세스에 균등하게 분산되어 채취됩니다. 이러한 샘플은 주로 대사산물 함량에 대해 분석되며 소위 오프라인 측정을 나타냅니다. 발효 중 거의 일정한 조건에도 불구하고 세포 성장, 공정 안정성 및 단백질 생산에는 상당히 높은 변동성이 있을 수 있습니다. 이는 생산된 다양한 단백질, 발효 전의 다양한 전배양 조건, 돌연변이 또는 기타 잠재적으로 확인되지 않은 요인으로 인해 발생할 수 있습니다. 우리는 다변량 시계열 데이터를 분석하여 이러한 주제와 관련된 다양한 질문을 해결하기 위해 JMP에서 분석 플랫폼을 개발하고 있습니다. 이러한 맥락에서 우리가 사용하는 주요 도구는 주성분 분석, 클러스터링 등 JMP가 제공하는 다변량 분석 방법과 효과 선별, 분할, 신경망 등의 모델링 방법을 주로 사용합니다. 이러한 방법은 예를 들어 JMP 스크립팅 언어를 사용하여 현재 문헌의 다양한 시계열 유사성 측정을 구현하고 JMP 및 R 연결을 통해 기존 R 패키지를 사용하여 보완됩니다.
