チャイニーズハムスター卵巣細胞発酵からの代謝物データの多変量時系列解析チャイニーズハムスター卵巣細胞発酵からの代謝物データの多変量時系列解析
Florian Lipsmeier 氏、PhD、Roche Diagnostics GmbH、製薬研究および初期開発情報学部門の科学者
チャイニーズハムスター卵巣 (CHO) 細胞は、抗体などの治療用タンパク質を大規模に生産するための現代のバイオテクノロジーにおける「主力細胞」の 1 つです。 CHO 細胞の集団は、発酵槽内で明確に定義された培地および明確に定義された条件下で増殖します。 CHO 細胞の発酵中、オンライン データの小さなセットが常に記録され、プロセス全体に均等に分散された個別のサンプル セットが採取されます。 これらのサンプルは主に代謝物含有量について分析され、いわゆるオフライン測定に相当します。 発酵中の条件はほぼ一定であるにもかかわらず、細胞増殖、プロセスの安定性、タンパク質生産には非常に大きなばらつきが生じる可能性があります。 これは、生成されるタンパク質の違い、発酵前の異なる前培養条件、突然変異、またはその他の未確認の可能性のある要因が原因である可能性があります。 私たちは、多変量時系列データの分析によってこれらのトピックに関するさまざまな質問に対処するために、JMP で分析プラットフォームを開発しています。 この文脈で当社が使用する主要なツールは、主成分分析やクラスタリングなどの JMP が提供する多変量解析手法と、効果スクリーニング、分割、ニューラル ネットワークなどのモデリング手法を主に採用しています。 これらの方法は、たとえば、JMP スクリプト言語を使用した現在の文献からのさまざまな時系列類似性測定の実装や、JMP と R 接続を介した既存の R パッケージの使用によって補完されます。
JSLアプリケーション開発
