JMP Genomics 3.1 incluye una nueva aplicación optimizada para el análisis de archivos CHP de Affymetrix, el Asistente de CHP de Affymetrix Expression. El asistente está diseñado para introducir rápidamente a los nuevos usuarios a un flujo de trabajo de análisis de expresiones típico en JMP Genomics. Esta nueva herramienta utiliza una interfaz interactiva para recopilar la información requerida sobre un experimento de micromatrices de Affymetrix y construye automáticamente un flujo de trabajo de JMP Genomics entre bambalinas para realizar la importación, el control de calidad y el análisis del conjunto de datos utilizando el generador de flujo de trabajo JMP Genomics.
Workflow Builder, introducido por primera vez en JMP Genomics 3.0, permite a los usuarios enlazar varias configuraciones de proceso para ejecutar en secuencia. La salida se presenta en un diario JMP, que contiene botones que inician los scripts de resultados de todos los procesos incluidos en un flujo de trabajo. Los usuarios pueden guardar, modificar y reutilizar los flujos de trabajo creados a través del Generador de flujo de trabajo o el Asistente de CHP de Affymetrix Expression. Para aquellos de ustedes que desean los detalles, la interfaz interactiva de la interfaz de Affymetrix Expression CHP Wizard se creó como un script JSL que llama a SAS, interactúa con NetAffx y ejecuta la aplicación Workflow Builder según sea necesario para crear resultados.
El flujo de trabajo de análisis de micromatrices típico ejecutado por el Asistente de CHP de Affymetrix Expression contiene los siguientes pasos:
• Importación de archivos CHP e información de diseño.
• Descarga automática de archivos de anotación (si se desea) y archivos de biblioteca (si es necesario, como para los formatos CHP más antiguos) del sitio web de Affymetrix NetAffx.
• Procesos de control de calidad para ver las distribuciones de intensidad, la correlación entre réplicas y los gráficos de PCA 2-D y 3-D.
• ANOVA para diseños experimentales relativamente simples con uno o dos factores y una variable de bloqueo.
• Carga de resultados a Ingenuity Pathway Analysis (IPA) para una mayor exploración.
El Affymetrix Expression CHP Wizard fue diseñado con la entrada de Affymetrix, específicamente con los usuarios de la nueva consola de comandos de Affymetrix y la consola de expresión. El flujo de trabajo del asistente más optimizado extrae automáticamente la información de diseño de los archivos de atributos de matriz de Affymetrix (ARR), junto con los archivos CHP que contienen la salida de datos normalizada de Expression Console. Para versiones anteriores de archivos CHP, los usuarios del asistente pueden proporcionar información de diseño experimental en forma de un archivo de diseño experimental o archivo de texto de JMP Genomics existente que contenga nombres de archivos.
Incluso los usuarios que ya están familiarizados con JMP Genomics apreciarán la interfaz optimizada del asistente. También es una herramienta ideal para enseñar a los estudiantes los conceptos básicos del análisis de micromatrices o para los investigadores que deseen analizar los archivos CHP generados por un laboratorio central.
Un agradecimiento especial a Tzu-Ming Chu, que pasó muchas horas trabajando para hacer realidad el Affymetrix Expression CHP Wizard, y a Stan Martin, que trabajó en la implementación de las capacidades de descarga de NetAffx en JMP Genomics 3.1.
