JMP Genomics 3.1에는 Affymetrix CHP 파일 인 Affymetrix Expression CHP Wizard의 분석을위한 새로운 능률적 인 응용 프로그램이 포함되어 있습니다. 이 마법사는 JMP Genomics의 일반적인 표현 분석 워크 플로에 새로운 사용자를 신속하게 소개하도록 설계되었습니다. 이 새로운 도구는 대화식 인터페이스를 사용하여 Affymetrix microarray 실험에 대한 필수 정보를 수집하고 JMP Genomics Workflow Builder를 사용하여 데이터 세트 가져 오기, QC 및 분석을 수행하기 위해 JMP Genomics 워크 플로를 자동으로 구성합니다.
JMP Genomics 3.0에서 처음 소개 된 Workflow Builder는 사용자가 여러 프로세스 설정을 순서대로 실행하도록 문자열을 지정할 수 있도록합니다. 출력은 워크 플로우에 포함 된 모든 프로세스의 결과 스크립트를 시작하는 버튼을 포함하는 JMP 저널로 제공됩니다. 사용자는 Workflow Builder 또는 Affymetrix Expression CHP Wizard를 통해 생성 된 워크 플로우를 저장, 수정 및 재사용 할 수 있습니다. 자세한 내용을 원하는 사용자를 위해 Affymetrix Expression CHP Wizard 인터페이스의 대화식 인터페이스는 SAS를 호출하고 NetAffx와 상호 작용하며 결과를 생성하는 데 필요한 워크 플로 작성기 응용 프로그램을 실행하는 JSL 스크립트로 작성되었습니다.
Affymetrix Expression CHP Wizard가 실행하는 일반적인 마이크로 어레이 분석 워크 플로우는 다음과 같은 단계로 구성됩니다 :
• CHP 파일 및 디자인 정보 가져 오기.
• Affymetrix NetAffx 웹 사이트에서 주석 파일 (필요한 경우) 및 라이브러리 파일 (구형 CHP 형식의 경우 필요한 경우)을 자동으로 다운로드합니다.
• 강도 조절, 복제물 간의 상관 관계 및 2 차원 및 3 차원 PCA 플롯을 보는 품질 관리 프로세스.
• 하나 또는 두 개의 인자와 하나의 블로킹 변수를 가진 상대적으로 간단한 실험 설계를위한 ANOVA.
• 추가 탐사를 위해 결과를 Ingenuity Pathway Analysis (IPA)에 업로드합니다.
Affymetrix Expression CHP Wizard는 Affymetrix의 입력과 함께, 특히 새로운 Affymetrix Command Console 및 Expression Console을 염두에두고 설계되었습니다. 가장 간소화 된 마법사 워크 플로우는 Expression Console에서 정규화 된 데이터 출력을 포함하는 CHP 파일과 쌍을 이루는 Affymetrix 배열 속성 (ARR) 파일에서 설계 정보를 자동으로 추출합니다. 오래된 CHP 파일 버전의 경우, 마법사 사용자는 기존 JMP Genomics 실험 디자인 파일 또는 파일 이름을 포함하는 텍스트 파일의 형태로 실험 설계 정보를 제공 할 수 있습니다.
JMP Genomics에 익숙한 사용자조차도 간소화 된 마법사 인터페이스에 만족할 것입니다. 또한 학생들에게 마이크로 어레이 분석의 기초를 가르치거나 핵심 실험실에서 생성 된 CHP 파일을 분석하고자하는 연구자에게 이상적인 도구입니다.
Affymetrix Expression CHP Wizard를 만드는 데 많은 시간을 투자 한 Tzu-Ming Chu와 JMP Genomics 3.1에서 NetAffx 다운로드 기능을 구현하는 Stan Martin에게 감사드립니다.
