JMP Genomics 3.1には、Affymetrix CHPファイルの解析のための新しい合理化されたアプリケーション、Affymetrix Expression CHP Wizardが含まれています。このウィザードは、新しいユーザーにJMP Genomicsの典型的な発現解析ワークフローをすばやく紹介するように設計されています。この新しいツールは、Affymetrixマイクロアレイ実験に関する必要な情報を収集するための対話式インターフェースを使用し、JMP Genomics Workflow Builderを使用してデータセットのインポート、QC、および分析を実行するための舞台裏で自動的にJMP Genomicsワークフローを構築します。
JMP Genomics 3.0で最初に導入されたWorkflow Builderでは、ユーザーは複数のプロセス設定を順番に実行することができます。出力はJMPジャーナルに表示され、ワークフローに含まれるすべてのプロセスから結果スクリプトを起動するボタンが含まれています。ユーザーは、Workflow BuilderまたはAffymetrix Expression CHP Wizardを通じて作成されたワークフローを保存、変更、および再利用することができます。詳細を知りたい方のために、Affymetrix Expression CHP Wizardインターフェースの対話式インターフェースは、SASを呼び出し、NetAffxと対話し、必要に応じてWorkflow Builderアプリケーションを実行して結果を作成するJSLスクリプトとして作成されました。
Affymetrix Expression CHP Wizardによって実行される典型的なマイクロアレイ解析ワークフローは以下のステップを含みます：
•CHPファイルと設計情報のインポート。
•Affymetrix NetAffx Webサイトからの注釈ファイル（必要な場合）およびライブラリファイル（古いCHP形式の場合と同様）の自動ダウンロード。
•強度分布、複製間の相関関係、および2次元および3次元のPCAプロットを表示するための品質管理プロセス。
•1つまたは2つの因子と1つのブロッキング変数を含む比較的単純な実験計画法のANOVA。
•さらなる探査のためにIngenuity Pathway Analysis（IPA）に結果をアップロードします。
Affymetrix Expression CHPウィザードは、Affymetrixからの入力、特に新しいAffymetrix Command ConsoleおよびExpression Consoleのユーザーを念頭に置いて設計されています。最も合理化されたウィザードのワークフローは、Expression Consoleからの正規化データ出力を含むCHPファイルと組み合わされたAffymetrix配列属性（ARR）ファイルから設計情報を自動的に抽出します。古いバージョンのCHPファイルの場合、ウィザードのユーザーは、既存のJMP Genomics実験デザインファイルまたはファイル名を含むテキストファイルの形式で実験デザイン情報を提供できます。
すでにJMP Genomicsに精通しているユーザーでも、合理化されたウィザードインターフェースを高く評価するでしょう。それはまた、学生にマイクロアレイ分析の基本を教えるため、またはコアラボによって生成されたCHPファイルを分析したい研究者にとって理想的なツールにもなります。
Affymetrix Expression CHPウィザードを現実のものにするために多くの時間を費やしたTzu-Ming Chuと、JMP Genomics 3.1でNetAffxダウンロード機能の実装に取り組んだStan Martinに感謝します。
