JMP Genomics 3.1 include una nuova applicazione semplificata per l'analisi dei file CHP Affymetrix, il CHP Wizard Affymetrix Expression. La procedura guidata è progettata per introdurre rapidamente nuovi utenti in un tipico flusso di lavoro di analisi delle espressioni in JMP Genomics. Questo nuovo strumento utilizza un'interfaccia interattiva per raccogliere le informazioni richieste su un esperimento di microarray Affymetrix e crea automaticamente un flusso di lavoro di JMP Genomics dietro le quinte per eseguire l'importazione, il controllo di qualità e l'analisi del set di dati utilizzando il Generatore di flussi di lavoro di Genomics JMP.
Workflow Builder, introdotto per la prima volta in JMP Genomics 3.0, consente agli utenti di mettere insieme più impostazioni di processo per l'esecuzione in sequenza. L'output è presentato in un giornale JMP, contenente pulsanti che avviano gli script dei risultati da tutti i processi inclusi in un flusso di lavoro. Gli utenti possono salvare, modificare e riutilizzare i flussi di lavoro creati tramite il Generatore di flussi di lavoro o la procedura guidata CHP di Expression Affymetrix. Per quelli di voi che desiderano i dettagli, l'interfaccia interattiva dell'interfaccia CHP Wizard di Affymetrix Expression è stata creata come uno script JSL che chiama SAS, interagisce con NetAffx ed esegue l'applicazione Workflow Builder secondo necessità per creare risultati.
Il tipico flusso di lavoro di analisi microarray eseguito dalla procedura guidata CHP di Expression Affymetrix contiene i passaggi seguenti:
• Importazione di file CHP e informazioni di progettazione.
• Download automatico di file di annotazione (se desiderato) e file di libreria (se richiesto, come per i formati CHP precedenti) dal sito Web Affymetrix NetAffx.
• Processi di controllo qualità per visualizzare le distribuzioni di intensità, correlazione tra repliche e grafici PCA 2-D e 3-D.
• ANOVA per progetti sperimentali relativamente semplici con uno o due fattori e una variabile di blocco.
• Caricamento dei risultati in Ingenuity Pathway Analysis (IPA) per ulteriori esplorazioni.
La procedura guidata CHP di Affymetrix Expression è stata progettata con l'input di Affymetrix, in particolare con gli utenti della nuova console comandi di Affymetrix e della console di Expression in mente. Il flusso di lavoro della procedura guidata più semplificato estrae automaticamente le informazioni di progettazione dai file ARR (Affiliation Array) di Affymetrix, abbinati ai file CHP contenenti output di dati normalizzati da Expression Console. Per le versioni di file CHP precedenti, gli utenti della procedura guidata possono fornire informazioni di progettazione sperimentale sotto forma di un file di progetto sperimentale Genomics JMP esistente o di un file di testo contenente nomi di file.
Anche gli utenti che hanno già familiarità con JMP Genomics apprezzeranno l'interfaccia semplificata della procedura guidata. Inoltre, è uno strumento ideale per insegnare agli studenti le basi dell'analisi di microarray o per i ricercatori che desiderano analizzare i file CHP generati da un laboratorio principale.
Un ringraziamento speciale a Tzu-Ming Chu, che ha trascorso molte ore a lavorare sulla realizzazione del programma CHP Wizard Affymetrix Expression e a Stan Martin, che ha lavorato sull'implementazione delle funzionalità di download di NetAffx in JMP Genomics 3.1.
