JMP Genomics 3.1 enthält eine neue optimierte Anwendung für die Analyse von Affymetrix CHP-Dateien, den Affymetrix Expression CHP Wizard. Der Assistent soll neue Benutzer schnell in einen typischen Workflow für die Ausdrucksanalyse in JMP Genomics einführen. Dieses neue Tool verwendet eine interaktive Schnittstelle, um die erforderlichen Informationen zu einem Affymetrix-Microarray-Experiment zu sammeln, und erstellt automatisch einen JMP Genomics-Workflow hinter den Kulissen, um den Import, die Qualitätskontrolle und die Analyse des Datensatzes mithilfe des JMP Genomics Workflow Builder durchzuführen.
Workflow Builder, erstmals in JMP Genomics 3.0 eingeführt, ermöglicht Benutzern das Aneinanderreihen mehrerer Prozesseinstellungen, um sie nacheinander auszuführen. Die Ausgabe wird in einem JMP-Journal dargestellt und enthält Schaltflächen, mit denen Ergebnisskripts aus allen Prozessen eines Workflows gestartet werden. Benutzer können Workflows speichern, ändern und wiederverwenden, die mit dem Workflow Builder oder dem Affymetrix Expression CHP-Assistenten erstellt wurden. Für diejenigen, die die Details wünschen, wurde die interaktive Schnittstelle der Oberfläche des Affymetrix Expression CHP Wizard als JSL-Skript erstellt, das SAS aufruft, mit NetAffx interagiert und die Workflow Builder-Anwendung nach Bedarf zum Erstellen von Ergebnissen ausführt.
Der typische Workflow für die Microarray-Analyse, der vom Affymetrix Expression CHP-Assistenten ausgeführt wird, umfasst die folgenden Schritte:
• Import von KWK-Dateien und Konstruktionsinformationen.
• Automatischer Download von Anmerkungsdateien (falls gewünscht) und Bibliotheksdateien (falls erforderlich, wie bei älteren KWK-Formaten) von der Affymetrix NetAffx-Website.
• Qualitätskontrollprozesse zum Anzeigen von Intensitätsverteilungen, Korrelationen zwischen Replikaten und 2-D- und 3-D-PCA-Darstellungen.
• ANOVA für relativ einfache Versuchspläne mit einem oder zwei Faktoren und einer Sperrvariablen.
• Laden Sie die Ergebnisse zur weiteren Untersuchung in die Ingenuity Pathway Analysis (IPA).
Der CHP-Assistent von Affymetrix Expression wurde unter Berücksichtigung der Eingaben von Affymetrix speziell für Benutzer der neuen Affymetrix Command Console und Expression Console entwickelt. Der optimierte Workflow des Assistenten extrahiert automatisch Entwurfsinformationen aus ARR-Dateien (ARR-Dateien) von Affymetrix, die mit CHP-Dateien gepaart sind, die normalisierte Datenausgabe von Expression Console enthalten. Bei älteren Versionen von CHP-Dateien können Benutzer des Assistenten Informationen zum experimentellen Entwurf in Form einer vorhandenen experimentellen Entwurfsdatei von JMP Genomics oder einer Textdatei mit Dateinamen bereitstellen.
Selbst Benutzer, die bereits mit JMP Genomics vertraut sind, werden die optimierte Benutzeroberfläche des Assistenten zu schätzen wissen. Es ist auch ein ideales Werkzeug, um Studenten die Grundlagen der Microarray-Analyse zu vermitteln oder Forscher, die von einem Kernlabor generierte KWK-Dateien analysieren möchten.
Ein besonderer Dank geht an Tzu-Ming Chu, der viele Stunden damit beschäftigt war, den Affymetrix Expression CHP Wizard zu verwirklichen, und Stan Martin, der an der Implementierung der NetAffx-Download-Funktionen in JMP Genomics 3.1 gearbeitet hat.
