JMP Genomics 3.1 inclut une nouvelle application simplifiée d'analyse des fichiers CHP Affymetrix, l'Assistant Expymetrix Expression CHP. Cet assistant est conçu pour présenter rapidement aux nouveaux utilisateurs un flux de travail typique d'analyse d'expression dans JMP Genomics. Ce nouvel outil utilise une interface interactive pour collecter les informations requises sur une expérience de micropuce Affymetrix et construit automatiquement un flux de travail JMP Genomics en arrière-plan pour effectuer l'importation, le contrôle de qualité et l'analyse de l'ensemble de données à l'aide de JMP Genomics Workflow Builder.
Workflow Builder, introduit pour la première fois dans JMP Genomics 3.0, permet aux utilisateurs de chaîner plusieurs paramètres de processus pour les exécuter en séquence. La sortie est présentée dans un journal JMP, contenant des boutons permettant de lancer les scripts de résultats de tous les processus inclus dans un flux de travail. Les utilisateurs peuvent enregistrer, modifier et réutiliser des flux de travail créés via le générateur de flux de travail ou l'Assistant Affymetrix Expression CHP. Pour ceux qui souhaitent en savoir plus, l'interface interactive de l'interface de l'Assistant Affymetrix Expression CHP a été créée sous la forme d'un script JSL qui appelle SAS, interagit avec NetAffx et exécute l'application Workflow Builder en fonction des besoins.
Le flux de travail typique d'analyse de micropuces exécuté par l'Assistant Affymetrix Expression CHP comprend les étapes suivantes:
• Importation de fichiers de cogénération et d’informations de conception.
• Téléchargement automatique des fichiers d'annotation (si nécessaire) et des fichiers de bibliothèque (si nécessaire, comme pour les anciens formats de cogénération) à partir du site Web d'Affymetrix NetAffx.
• Processus de contrôle de la qualité permettant d'afficher les distributions d'intensité, la corrélation entre les réplicats et les tracés PCA 2D et 3D.
• ANOVA pour des conceptions expérimentales relativement simples avec un ou deux facteurs et une variable de blocage.
• Téléchargement des résultats dans l’analyse d’Ingéniosité des voies (IPA) pour une exploration plus approfondie.
L’assistant Affymetrix Expression CHP a été conçu avec la participation d’Affymetrix, spécialement pour les utilisateurs de la nouvelle console Affymetrix Command Console et Expression Console. Le flux de travail d'assistant le plus rationalisé extrait automatiquement les informations de conception à partir de fichiers d'attributs de tableau (ARR) Affymetrix, associés à des fichiers CHP contenant des données normalisées générées à partir d'Expression Console. Pour les versions de fichier CHP plus anciennes, les utilisateurs d'assistant peuvent fournir des informations sur la conception expérimentale sous la forme d'un fichier de conception expérimentale JMP Genomics existant ou d'un fichier texte contenant des noms de fichier.
Même les utilisateurs déjà familiarisés avec JMP Genomics apprécieront l'interface simplifiée de l'assistant. C'est également un outil idéal pour enseigner aux étudiants les bases de l'analyse par micropuce, ou pour les chercheurs qui souhaitent analyser des fichiers de cogénération générés par un laboratoire central.
Nous remercions tout particulièrement Tzu-Ming Chu, qui a consacré de nombreuses heures à la réalisation de l’assistant d’Affymetrix Expression CHP, ainsi que Stan Martin, qui a travaillé à l’implémentation des capacités de téléchargement NetAffx dans JMP Genomics 3.1.
