JMP Genomics 3.1包括一個新的簡化應用程序，用於分析Affymetrix CHP文件，即Affymetrix Expression CHP嚮導。該嚮導旨在快速將新用戶引入JMP Genomics中的典型表達分析工作流程。這個新工具使用交互式界面收集有關Affymetrix微陣列實驗的所需信息，並在幕後自動構建JMP Genomics工作流程，以使用JMP Genomics Workflow Builder執行數據集的導入，QC和分析。
Workflow Builder首先在JMP Genomics 3.0中引入，允許用戶將多個流程設置串起來按順序運行。輸出顯示在JMP日誌中，其中包含用於從工作流中包含的所有進程啟動結果腳本的按鈕。用戶可以保存，修改和重用通過Workflow Builder或Affymetrix Expression CHP嚮導創建的工作流程。對於那些想要詳細信息的人，Affymetrix Expression CHP嚮導界面的交互式界面是作為JSL腳本創建的，該腳本調用SAS，與NetAffx交互，並根據需要運行Workflow Builder應用程序以創建結果。
Affymetrix Expression CHP嚮導運行的典型微陣列分析工作流程包含以下步驟：
•導入CHP文件和設計信息。
•從Affymetrix NetAffx網站自動下載註釋文件（如果需要）和庫文件（如果需要，如舊版CHP格式）。
•質量控製過程，以查看強度分佈，重複之間的相關性，以及2-D和3-D PCA圖。
•具有一個或兩個因子和一個阻塞變量的相對簡單的實驗設計的ANOVA。
•將結果上傳至Ingenuity Pathway Analysis（IPA）以進行進一步探索。
Affymetrix Expression CHP嚮導的設計考慮了Affymetrix的輸入，特別是考慮到新Affymetrix命令控制台和表達式控制台的用戶。最簡化的嚮導工作流程自動從Affymetrix陣列屬性（ARR）文件中提取設計信息，並與包含Expression Console的標準化數據輸出的CHP文件配對。對於較舊的CHP文件版本，嚮導用戶可以以現有JMP Genomics實驗設計文件或包含文件名的文本文件的形式提供實驗設計信息。
即使已經熟悉JMP Genomics的用戶也會喜歡簡化的嚮導界面。它還是教學生微芯片分析基礎知識的理想工具，也是希望分析核心實驗室生成的CHP文件的研究人員的理想工具。
特別感謝Tzu-Ming Chu，他花了很多時間致力於使Affymetrix Expression CHP嚮導成為現實，並感謝Stan Martin，他致力於在JMP Genomics 3.1中實現NetAffx下載功能。
