JMP Genomics 5 고 차원 genomics 데이터 세트를 기능 정보에 연결하는 도구를 제공하여 실험이나 환자 집단에서 크게 영향을받는 경로, 유전자 세트 또는 유전자좌를 신속하게 확인할 수 있습니다. 상위 수준 패턴을 검사하면 영향을받는 유전자 나 SNP가 개인마다 다를 때 신호 탐지를 향상시킬 수 있습니다.
이전 버전의 JMP Genomics에서는 Fisher 및 PAGE 테스트를 사용하여 농축 분석을 제공했습니다. 우리는 이제 Gene Set Enrichment 과정에 Cochran-Armitage 추세 테스트에 대한 지원을 추가했으며 이제 테스트를 수행 할 때 연속 유의성 변수를 카테고리로 구분하기위한 bin 수를 설정할 수 있습니다. 또한 양방향 t- 통계에서 원시 및 변환 된 p 값까지 다양한 테스트 통계를보다 잘 수용 할 수 있도록 유의도 변수의 방향을 지정하는 옵션을 추가했습니다.
우리의 새로운 Gene Set Scoring 과정은 경로 수준에서 각 시료에 대한 원료 또는 표준화 된 연속 데이터를 요약하는 농축 스타일 분석에 대한 대안 접근법을 구현합니다. 이 과정을 통해 개별 시료를 전체 평균 또는 그룹 평균과 비교할 수 있으며, 중요한 차이점을 표시하는 경로를 찾거나 (예 : ANOVA를 통해) 경로 결과를 예측하는 데 도움이되는 경로 요약 데이터 세트를 생성합니다 ( 예측 모델링).
이 새로운 버전을 사용하면 새로운 출처의 경로 멤버쉽 정보를 통합 할 수 있습니다. 당사는 파트너 응용 프로그램 Ingenuity Pathways Analysis의 경로 정보 통합에 대한 지원을 추가했습니다. 연락하실 수 있습니다. 독창적 인 기술 지원 JMP Genomics로 가져 오기위한 Ingenuity Canonical Pathway Membership 데이터를 얻으십시오. 이 파일에는 Gene Set Enrichment와 Gene Set Scoring 모두에서 Ingenuity pathway 정보를 데이터 세트에 직접 통합하기 위해 새로운 IPA Pathways 프로세스에서 사용할 수있는 경로 멤버쉽 정보가 들어 있습니다. 우리의 IPA 업로드 프로세스는 현재 JG Genomics에 있으며, Ingenuity와 JMP Genomics 사용자는 재미있는 유전자 세트를 경로 탐색을위한 IPA 계정에 직접 업로드 할 수 있습니다. 우리의 상호 사용자는 JMP Genomics 5의 IPA 경로 멤버쉽 정보를 농축 테스트에 직접 통합 할 수있는 추가 옵션을 갖게되어 기쁩니다.
또한 Broad의 GSEA 도구에서 사용할 JMP Genomics 데이터 세트와 표현형 정보를 내보내는 간단한 방법을 요청했으며 이에 따라 Google은 GSEA 형식 유틸리티로 내보내기를 추가했습니다. MSigDB 유전자 세트를 JMP Genomics enrichment 또는 유전자 세트 채점 과정에서 직접 사용하려면, MSigDB 웹 사이트 gmt 파일을 다운로드 한 다음 Merge MSigDB Gene Sets 유틸리티를 사용하여이 정보를 데이터 세트에 추가하십시오.
새롭고 강화 된 농축 도구를 보완하는 새로운 도구는 Venn 다이어그램입니다. Jennium Genomics는 버전 3 이후 Venns를 선보였습니다. Venns의 경쟁 업체가 자사 플랫폼을 플랫폼의 기능을 직접적으로 개선 한 사례가 적어도 한 가지있었습니다. 당신은 당신이 누구인지 압니다. 그리고이 석방으로 우리는 복수를합니다. (미안, 나는 저항 할 수 없었다.)
각 목록에 대해 공통 식별자 변수를 지정하여 최대 5 개의 유전자 목록에 중첩을 표시하는 데 사용할 수있는 새로운 다중 테이블 벤 다이어그램 프로세스를 추가했습니다. 이는 기존 구성원 인 Venn 다이어그램 구현을 보완합니다.이 다이어그램 구현은 목록 구성원의 중첩을 결정하기 위해 단일 목록과 최대 5 개의 이진 그룹 멤버 변수 (예 : ANOVA 출력에서 자동 생성하는 중요도 표시기)를 사용합니다.
두 Venn 플랫폼 모두 섹터를 클릭하면 JMP의 하위 집합 기능을 사용하여 재미있는 유전자 세트를 쉽게 검색 할 수 있습니다. 라벨을 수정하고 라벨을 이동하고, 색상을 변경하고, 최대 세 그룹의 비례 지역 Venn을 선택할 수 있습니다. 벤 다이어그램은 JMP 생명 과학 제품이 가지고 있지 않은 특징 중 하나입니다. JMP . 우리는 생명 과학 그룹이 유지 관리하고 지원하는 JMP 스크립트를 사용하여 스크립트를 작성했습니다. JMP 데이터 필터를 비롯하여 JMP의 강력한 행 선택 도구를 보완하여 매우 아름답습니다.
여기에서 언급하고자하는 최종 관련 도구 중 하나는 주석 분석 그룹 변수 작성 유틸리티입니다. Genetics Utilities 섹션 아래에있는이 프로세스를 사용하여 SNP 주석 데이터 세트에 새 그룹화 열을 추가하여 그룹 수준의 분석을 허용 할 수 있습니다. 지정된 너비 또는 수의 마커 빈을 사용하여 지형 위치별로 지형지 물을 그룹화하거나 시작 및 중지 정보가있는 별도의 유전자 데이터 세트를 지정하여 유전자별로 기능을 그룹화 할 수 있으며 선택적으로 상류 및 하류 지역을 포함 할 수 있습니다. 우리의 새로운 Multiple SNP-Trait Association에서 SNP 그룹을 분석하기 위해 새로운 그룹 변수를 사용하거나 새로운 P-Value 조합 프로세스에서 p 값을 요약 할 수 있습니다.
대체로 경로와 주석 정보를 통합 할 때 JMP Genomics 5에서 많은 새로운 기능을 사용할 수 있습니다!
