JMPゲノミクス5 実験や患者集団に大きな影響を与える経路、遺伝子セット、遺伝子座をすばやく特定できるように、高次元ゲノミクスデータセットを機能情報に関連付けるのに役立つツールを提供します。より高いレベルのパターンを調べることは、罹患遺伝子またはSNPが個体ごとに異なる場合にシグナル検出を改善することができる。
以前のバージョンのJMP Genomicsでは、FisherおよびPAGEテストを使用した濃縮分析を提供しました。Cochran-ArmitageトレンドテストのサポートをGene Set Enrichmentプロセスに追加しました。テストを実行するときに、連続有意変数をカテゴリに分類するためのビン数を設定できるようになりました。また、双方向のt統計から生のp値、変換されたp値まで、さまざまな検定統計に適応するために有意変数の方向を指定するオプションも追加しました。
当社の新しい遺伝子セットスコアリングプロセスは、各サンプルの生データまたは正規化された連続データを経路レベルで要約して、濃縮スタイルの分析に代わるアプローチを実行します。このプロセスにより、個々のサンプルを全体の平均またはグループの平均と比較することができ、有意差を示す（たとえば、ANOVAを介して）経路を検索したり、結果を予測したりするのに使用できる経路要約データセットが生成されます。例：予測モデリング）
この新しいリリースでは、新しいソースからのパスウェイメンバーシップ情報を統合することもできます。パートナーアプリケーションのIngenuity Pathways Analysisからの経路情報の組み込みのサポートを追加しました。連絡できる創意工夫テクニカルサポート JMP GenomicsにインポートするためのIngenuity Canonical Pathway Membershipデータを取得します。このファイルには、Gene Set EnrichmentとGene Set Scoringの両方で使用するために創意工夫のパスウェイ情報をデータセットに直接組み込むために、新しいGet IPA Pathwaysプロセスで使用できるパスウェイメンバーシップ情報が含まれています。私たちのIPAアップロードプロセスは、かなりの数のバージョンでJMP Genomicsに導入されており、IngenuityとJMP Genomicsの両方のユーザーが、経路探索のために興味のある遺伝子セットをIPAアカウントに直接アップロードできます。私は、JMP Genomics 5の強化テストにIPA経路メンバーシップ情報を直接統合するための追加オプションを私たちの相互ユーザーが喜んで持つことを知っています。
また、BroadのGSEAツールで使用するためのJMP Genomicsデータセットと表現型情報をエクスポートする簡単な方法についても質問してきました。それに応答して、Export to GSEA formatユーティリティを追加しました。MSigDB遺伝子セットをJMP Genomics濃縮または遺伝子セットスコアリングプロセス内で直接使用したい場合は、次のWebサイトもご覧ください。 MSigDB Webサイト gmtファイルをダウンロードし、Merig MSigDB Gene Setsユーティリティを使用してこの情報をデータセットに追加します。
私たちの新しく強化された強化ツールを補完する新しいツールは、ベン図です。JMP Genomicsはバージョン3以来Vennsを特集しており、Vennsの劣った競合他社が私たちの機能に直接影響を受ける要件でプラットフォームを刷新した少なくとも1つのケースを求めています。あなたはあなたが誰であるか知っています、そしてこのリリースで、私たちは私たちの復讐を取ります。（申し訳ありませんが、私は抵抗できませんでした。）
各リストに共通の識別子変数を指定することで、最大5つの遺伝子リストに重複を表示するために使用できる新しい複数テーブルベン図ダイアグラムプロセスを追加しました。これは、単一のリストと最大5列のバイナリグループメンバーシップ変数（ANOVA出力で自動的に作成される有意性指標など）を使用して、リストメンバーの重複を判断する既存のベン図の実装を補完します。
どちらのVennプラットフォームでも、JMPのサブセット機能を使用して、関心のある遺伝子セットを簡単に検索するためにセクターをクリックできます。ラベルを変更したり、ラベルを移動したり、色を変更したり、最大3つのグループに対して比例面積Vennsを選択したりできます。ベン図表は私達のJMPの生命科学プロダクトが持っていないそれにない1つの特徴です JMP 。私達は私達のライフサイエンスグループによって維持されサポートされているJMPスクリプトでそれらを作成しました。非常にきれいであることに加えて、それらはJMPデータフィルタを含むJMPの強力な行選択ツールを非常に補完します。
ここで言及したいと思う最後の関連ツールの1つは、Create Annotation Analysis Group Variableユーティリティです。Genetics Utilitiesセクションの下にあるこのプロセスは、SNP注釈データセットに新しいグループ化列を追加して、グループレベルの分析を可能にするために使用できます。指定された幅または数のマーカーのビンを使用してゲノム位置によって特徴をグループ化するか、または上流および下流領域を任意で含めることによって開始および停止情報を含む別個の遺伝子データセットを遺伝子ごとにグループ化することができる。新しいグループ化変数を使用して、新しいMultiple SNP-Trait AssociationでSNPのグループを一緒に分析したり、新しいP-Value Combinationプロセスでp値を要約したりできます。
結局のところ、JMP Genomics 5には、経路情報と注釈情報を取り入れることに関して愛されるべき多くの新機能があります。
