JMP Genomics 5 Bietet Tools, mit denen Sie Ihre hochdimensionalen Genomdatensätze mit funktionalen Informationen verknüpfen können, sodass Sie schnell Wege, Gensätze oder Loci identifizieren können, die in Experimenten oder Patientengruppen erheblich beeinträchtigt werden. Die Untersuchung von Mustern höherer Ebenen kann die Signalerkennung verbessern, wenn betroffene Gene oder SNPs von Individuum zu Individuum variieren.
In früheren Versionen von JMP Genomics haben wir eine Anreicherungsanalyse mit Fisher- und PAGE-Tests angeboten. Wir haben jetzt Unterstützung für Cochran-Armitage-Trendtests in unserem Gene Set-Anreicherungsprozess hinzugefügt. Mit der Software können Sie jetzt die Anzahl der Klassen festlegen, um kontinuierliche Signifikanzvariablen bei der Durchführung von Tests in Kategorien zu unterteilen. Wir haben auch eine Option hinzugefügt, um die Richtung der Signifikanzvariablen anzugeben, um verschiedene Teststatistiken besser berücksichtigen zu können, von bidirektionalen T-Statistiken bis zu rohen und transformierten p-Werten.
Unser neuer Gene Set Scoring-Prozess implementiert einen alternativen Ansatz für die Anreicherungsanalyse und fasst die rohen oder normalisierten kontinuierlichen Daten für jede Probe auf der Pathway-Ebene zusammen. Mit diesem Prozess können Sie einzelne Stichproben entweder mit einem Gesamtmittelwert oder mit einem Gruppenmittelwert vergleichen. Außerdem wird ein Datensatz mit Informationen zum Verlauf erstellt, anhand dessen Sie nach Wegen suchen können, die signifikante Unterschiede aufweisen (z. B. über ANOVA) oder die Vorhersage von Ergebnissen unterstützen ( zB Vorhersagemodellierung).
Mit dieser neuen Version können Sie auch Informationen zur Mitgliedschaft auf dem Pfad aus neuen Quellen integrieren. Wir haben Unterstützung für die Aufnahme von Pfadinformationen aus der Partneranwendung Ingenuity Pathways Analysis hinzugefügt. Du kannst kontaktieren Technische Unterstützung von Ingenuity um die Ingenuity Canonical Pathway-Mitgliedschaftsdaten für den Import in JMP Genomics zu erhalten. Diese Datei enthält Informationen zur Mitgliedschaft auf dem Pfad, die Sie in unserem neuen Prozess "IPA-Pfade abrufen" verwenden können, um Informationen zum Ingenuity-Pfad direkt in Ihren Datensatz zu integrieren und sowohl für die Gene Set-Anreicherung als auch für das Gene Set Scoring zu verwenden. Unser IPA-Upload-Prozess befindet sich jetzt in einer Reihe von Versionen in JMP Genomics. Benutzer von Ingenuity und JMP Genomics können interessante Gensätze direkt auf ihre IPA-Konten hochladen, um den Pfad zu erforschen. Ich weiß, dass unsere gemeinsamen Benutzer froh sein werden, eine zusätzliche Option zu haben, um die IPA-Pfadinformationen direkt in die Anreicherungstests in JMP Genomics 5 zu integrieren.
Sie haben uns auch nach einem einfachen Weg gefragt, um einen JMP Genomics-Datensatz und Informationen zu Phänotypen für die Verwendung mit dem GSEA-Tool von Broad zu exportieren. Als Reaktion darauf haben wir ein Dienstprogramm zum Exportieren in das GSEA-Format hinzugefügt. Wenn Sie MSigDB-Gensätze direkt in JMP Genomics-Anreicherungs- oder Genset-Scoring-Prozessen verwenden möchten, können Sie auch die MSigDB-Website Laden Sie gmt-Dateien herunter und fügen Sie diese Informationen dann mit dem Dienstprogramm "MSigDB-Gene-Sets zusammenführen" zu Ihrem Datensatz hinzu.
Ein neues Werkzeug, das unsere neuen und verbesserten Anreicherungswerkzeuge ergänzt, ist das Venn-Diagramm. JMP Genomics hat Venns seit Version 3 vorgestellt, was zumindest einen Fall auslöste, in dem ein Konkurrent mit minderwertigem Venns seine Plattform überarbeitet hat, wobei die Anforderungen direkt von unseren Funktionen beeinflusst werden. Sie wissen, wer Sie sind, und mit dieser Veröffentlichung rächen wir uns. (Sorry, ich konnte nicht widerstehen.)
Wir haben einen neuen Venn-Diagrammprozess für mehrere Tabellen hinzugefügt, mit dem Sie die Überlappung in bis zu fünf Genlisten anzeigen können, indem Sie für jede Liste eine gemeinsame Bezeichnervariable angeben. Dies ergänzt unsere bestehende Venn-Diagrammimplementierung, die eine einzige Liste und bis zu fünf Spalten mit binären Gruppenmitgliedschaftsvariablen verwendet (z. B. die Signifikanzindikatoren, die wir automatisch in der ANOVA-Ausgabe erstellen), um die Überlappung von Listenmitgliedern zu ermitteln.
In beiden Venn-Plattformen können Sektoren angeklickt werden, um mit der Subset-Funktion in JMP interessante Gensätze leicht abzurufen. Sie können Beschriftungen ändern und Beschriftungen verschieben, Farben ändern und proportional Venns für bis zu drei Gruppen auswählen. Venn-Diagramme sind eine Funktion, die unsere JMP-Life-Sciences-Produkte bieten, die nicht in diesem Bereich enthalten sind JMP . Wir haben sie mit JMP-Skripts erstellt, die von unserer Life Sciences-Gruppe gepflegt und unterstützt werden. Sie sind nicht nur schön, sie ergänzen auch die leistungsstarken Zeilenauswahl-Tools von JMP, einschließlich des JMP-Datenfilters.
Ein letztes verwandtes Werkzeug, das ich hier erwähnen wollte, ist das Hilfsprogramm Create Annotation Analysis Group Variable. Dieser Prozess kann unter dem Abschnitt "Genetics Utilities" gefunden werden, um eine neue Gruppierungsspalte zu einem SNP-Anmerkungsdatensatz hinzuzufügen, um eine Analyse auf Gruppenebene zu ermöglichen. Sie können Features nach genomischer Position unter Verwendung von Fächern mit einer bestimmten Breite oder Anzahl von Markierungen gruppieren oder einen separaten Gendatensatz mit Start- und Stop-Informationen angeben, um Features nach Gen zu gruppieren, wobei optional Upstream- und Downstream-Regionen enthalten sind. Sie können die neue Gruppierungsvariable verwenden, um eine Gruppe von SNPs in unserer neuen Multiple SNP-Trait Association zusammen zu analysieren oder um p-Werte in unserem neuen P-Wert-Kombinationsprozess zusammenzufassen.
Alles in allem gibt es in JMP Genomics 5 viele neue Features, die Informationen zu Pfad und Anmerkungen enthalten.
