JMP基因組學5 提供工具，幫助您將高維基因組數據集連接到功能信息，以便您可以快速識別在實驗或患者群體中受到顯著影響的途徑，基因集或基因座。當受影響的基因或SNP因個體而異時，檢查更高水平的模式可以改善信號檢測。
在JMP Genomics的早期版本中，我們使用Fisher和PAGE測試提供了富集分析。我們現在已經將Cochran-Armitage趨勢測試的支持添加到我們的Gene Set Enrichment過程中，現在該軟件允許您設置用於在執行測試時將連續顯著性變量分類的類別的箱數。我們還添加了一個選項來指定顯著性變量的方向，以更好地適應各種測試統計，從雙向t統計到原始和轉換的p值。
我們的新基因集評分過程實現了富集風格分析的替代方法，總結了途徑水平的每個樣本的原始或標準化連續數據。此過程使您能夠將單個樣本與總體平均值或組平均值進行比較，並生成通路匯總數據集，您可以使用該數據集尋找顯示顯著差異的途徑（例如，通過ANOVA）或幫助預測結果（例如，預測建模）。
此新版本還允許您集成來自新來源的途徑成員資格信息。我們已經添加了對合作夥伴應用Ingenuity Pathways Analysis中途徑信息的整合的支持。你可以聯繫 Ingenuity技術支持獲取Ingenuity Canonical Pathway Membership數據以導入JMP Genomics。此文件包含您可以在我們的新Get IPA途徑流程中使用的途徑成員資格信息，以將Ingenuity途徑信息直接合併到您的數據集中，以用於基因集富集和基因集評分。我們的IPA上傳流程現在已經在JMP Genomics中出現了很多版本，並且讓Ingenuity和JMP Genomics的用戶可以將有趣的基因集直接上傳到他們的IPA賬戶進行路徑探索。我知道我們的共同用戶會很高興有一個額外的選項，可以將IPA途徑成員資格信息直接整合到JMP Genomics 5中的濃縮測試中。
您還要求我們提供一種簡單的方法來導出JMP Genomics數據集和表型信息，以便在Broad的GSEA工具中使用，作為回應，我們添加了一個Export to GSEA format實用程序。如果您更喜歡在JMP Genomics濃縮或基因集評分過程中直接使用MSigDB基因集，您還可以訪問 MSigDB網站下載gmt文件，然後使用Merge MSigDB Gene Sets實用程序將此信息添加到數據集中。
維恩圖是一種新工具，它是我們新的和增強的濃縮工具的補充。自第3版以來，JMP Genomics推出了Venns，至少引發了一個案例，其中劣勢Venns的競爭對手改進其平台，其要求直接受我們的功能影響。你知道你是誰，在這個版本中，我們會報復。（對不起，我無法抗拒。）
我們添加了一個新的多表維恩圖過程，您可以通過為每個列表指定公共標識符變量來顯示最多五個基因列表中的重疊。這補充了我們現有的維恩圖實現，它使用單個列表和最多五列二進制組成員變量（例如我們在ANOVA輸出中自動創建的顯著性指標）來確定列表成員的重疊。
在兩個維恩平台中，扇區都是可點擊的，可以使用JMP中的子集函數輕鬆檢索有趣的基因集。您可以修改標籤和移動標籤，更改顏色，並選擇最多三組的比例區域Venns。維恩圖是我們的JMP生命科學產品所沒有的一個特徵 JMP 。我們使用JMP腳本創建了它們，這些腳本由我們的生命科學小組維護和支持。除了非常漂亮外，它們還是JMP強大的行選擇工具的補充，包括JMP數據過濾器。
我想在這裡提到的最後一個相關工具是Create Annotation Analysis Group Variable實用程序。在Genetics Utilities部分下找到，此過程可用於向SNP註釋數據集添加新的分組列，以允許進行組級分析。您可以使用指定寬度或標記數量的區域按基因組位置對特徵進行分組，或者指定具有開始和停止信息的單獨基因數據集，以按基因分組特徵，可選擇包含上游和下游區域。您可以使用新的分組變量在我們新的多SNP-Trait協會中一起分析一組SNP，或者在我們新的P值組合過程中總結p值。
總而言之，在結合通路和註釋信息時，JMP Genomics 5中有許多值得關注的新功能！
