このウィッシュリストのリクエストのきっかけは何だったのでしょうか?
現在、JMP(JMP Pro 19.0.0)に組み込まれている4PL(4パラメータロジスティック)モデルは底eの指数関数を使用していますが、当社の検証済みバイオアッセイ分析ソフトウェアは底b=2の4PLモデルを使用しています。この違いのため、JMPの結果と当社の検証済みワークフローで生成された結果を直接比較することはできません。
当チームは、相対効力の計算や生物学的アッセイ分析に、検証済みのソフトウェアを使用しています。しかし、検証済みソフトウェアにおけるすべての操作は監査証跡に記録されるため、探索的分析には時間がかかります。例えば、生物学的アッセイから特定の希釈点を削除することで、同等性、並行性、R²などの適合性基準が改善されるかどうかを調査する場合、変更ごとに文書化と正当化が必要となります。
JMPは、データを迅速に探索し、変更がアッセイ性能にどのように影響するかを理解するための優れた環境です。しかし、異なる対数ベースを使用してカスタム4PLモデルを定義できないため、検証済みの計算との一貫性を維持しながら、JMPをスクリーニングおよび探索ツールとして使用する能力が制限されます。
どのような改善を望みますか?
JMPがユーザー定義の4PLモデルをサポートし、曲線フィッティング方程式で使用する指数/対数の底をユーザーが指定できるようにしてほしい(例えば、現在の底eではなく底2を指定できるようにする)。
さらに、ユーザー定義の4PLモデルが、JMPの事前定義モデルで現在利用可能なバイオアッセイ機能と同じ機能を活用できれば、非常に有益でしょう。具体的には、以下の機能が挙げられます。
- 相対効力計算
- 並列処理テスト
- 同等性試験
- 信頼区間推定
- 均一性試験または不均一性試験を用いた相対効力の複合計算
- その他の生物学的検定の適合性および比較可能性指標
理想的には、ユーザーはバイオアッセイプラットフォーム内またはスクリプトインターフェース(JSL)を介してカスタムモデル式を定義し、そのモデルに標準的なバイオアッセイ分析ワークフローを適用できることが望ましい。
使用例:
- ベース2を備えたカスタム4PLモデルを取り付けます。
- アッセイの適合性基準を設定し、評価する。
- 選択した希釈点を削除または追加します。
- 相対効力推定値、信頼区間、同等性、並行性、適合度指標への影響を即座に観察してください。
- 検証済みのソフトウェアで正式な分析を実行する前に、その結果を探索的評価に活用してください。
なぜこの考え方が重要なのか?
このアイデアは、JMPを生物学的アッセイの探索および意思決定支援ツールとしての価値を大幅に向上させる可能性がある。
それは以下を提供するだろう。
- 検証済みワークフローとの一貫性:ユーザーは検証済みソフトウェアで使用されているモデル仕様と完全に一致させることができ、結果を比較する際の信頼性が向上します。
- 探索的分析の迅速化:科学者は、検証済みのシステムに伴う負担なしに、データ品質の問題、外れ値、および代替適合シナリオを迅速に調査できる。
- 効率性の向上:データ変更が相対効力、信頼区間、同等性、および並行性に及ぼす影響をリアルタイムで評価することが可能になった。
- 柔軟性の向上:カスタムまたはデフォルトのアッセイモデルを使用している組織は、確立されたモデル仕様を損なうことなくJMPを使用できるようになります。
- 規制環境におけるJMPの導入:JMPは、正式な分析や報告を行う前にアッセイの挙動を評価するための強力なサンドボックス環境として機能する可能性がある。