Was hat diesen Wunschwunsch ausgelöst?
Aktuell verwendet das in JMP (JMP Pro 19.0.0) integrierte 4PL-Modell (Vier-Parameter-Logistik) eine Exponentialfunktion mit der Basis e, während unsere validierte Bioassay-Analysesoftware ein 4PL-Modell mit der Basis b = 2 verwendet. Aufgrund dieses Unterschieds können die Ergebnisse von JMP nicht direkt mit denen unseres validierten Workflows verglichen werden.
Unser Team verwendet validierte Software zur Berechnung relativer Wirkstärken und zur Durchführung von Bioassay-Analysen. Da jedoch jede Aktion in der Software protokolliert wird, sind explorative Analysen sehr zeitaufwendig. Beispielsweise erfordert die Untersuchung, ob das Entfernen einer bestimmten Verdünnungsstufe aus dem Bioassay Eignungskriterien wie Äquivalenz, Parallelität oder R² verbessert, für jede Änderung eine Dokumentation und Begründung.
JMP bietet eine hervorragende Umgebung, um Daten schnell zu analysieren und zu verstehen, wie sich Änderungen auf die Assay-Performance auswirken. Die fehlende Möglichkeit, ein benutzerdefiniertes 4PL-Modell mit einer anderen logarithmischen Basis zu definieren, schränkt jedoch unsere Einsatzmöglichkeiten von JMP als Screening- und Explorationswerkzeug ein, ohne die Konsistenz mit unseren validierten Berechnungen zu beeinträchtigen.
Welche Verbesserung würden Sie sich wünschen?
Ich wünsche mir, dass JMP benutzerdefinierte 4PL-Modelle unterstützt, sodass die Benutzer die in der Kurvenanpassungsgleichung verwendete Exponential-/Logarithmusbasis festlegen können (z. B. Basis 2 anstelle der aktuellen Implementierung zur Basis e).
Darüber hinaus wäre es von Vorteil, wenn benutzerdefinierte 4PL-Modelle dieselbe Bioassay-Funktionalität nutzen könnten, die derzeit für die vordefinierten Modelle von JMP verfügbar ist, einschließlich:
- Berechnungen der relativen Wirkstärke
- Parallelitätsprüfung
- Äquivalenztest
- Schätzung des Konfidenzintervalls
- Kombinierte Berechnung der relativen Wirkstärke unter Verwendung von Homogenitäts- oder Heterogenitätstests
- Weitere Metriken zur Eignung und Vergleichbarkeit von Bioassays
Im Idealfall könnten Benutzer innerhalb der Bioassay-Plattform oder über eine Skriptschnittstelle (JSL) eine benutzerdefinierte Modellformel definieren und dann den Standard-Bioassay-Analyse-Workflow auf dieses Modell anwenden.
Beispielhafter Anwendungsfall:
- Passen Sie ein kundenspezifisches 4PL-Modell mit Basis 2 an.
- Eignungskriterien für Testverfahren festlegen und bewerten.
- Ausgewählte Verdünnungspunkte entfernen oder hinzufügen.
- Beobachten Sie unmittelbar die Auswirkungen auf die Schätzungen der relativen Wirkstärke, die Konfidenzintervalle, die Äquivalenz, die Parallelität und die Güte der Anpassung.
- Nutzen Sie die Ergebnisse für eine explorative Bewertung, bevor Sie die formale Analyse in validierter Software durchführen.
Warum ist diese Idee wichtig?
Diese Idee könnte den Wert von JMP als Instrument zur Erforschung von Bioassays und zur Entscheidungsunterstützung erheblich steigern.
Es würde Folgendes gewährleisten:
- Übereinstimmung mit validierten Arbeitsabläufen: Die Benutzer konnten die exakte Modellspezifikation, die in der validierten Software verwendet wurde, nachbilden, was das Vertrauen beim Vergleich der Ergebnisse erhöhte.
- Schnellere explorative Datenanalyse: Wissenschaftler könnten Datenqualitätsprobleme, Ausreißer und alternative Anpassungsszenarien schnell untersuchen, ohne den Aufwand validierter Systeme tragen zu müssen.
- Verbesserte Effizienz: Die Auswirkungen von Datenänderungen auf die relative Wirksamkeit, Konfidenzintervalle, Äquivalenz und Parallelität können in Echtzeit beurteilt werden.
- Größere Flexibilität: Organisationen, die kundenspezifische oder Standard-Assaymodelle verwenden, könnten JMP nutzen, ohne Kompromisse bei ihren etablierten Modellspezifikationen eingehen zu müssen.
- Einsatz von JMP in regulierten Umgebungen: JMP könnte als leistungsstarke Sandbox-Umgebung zur Bewertung des Testverhaltens vor der formalen Analyse und Berichterstattung dienen.
Die Implementierung ist für Version 20 geplant.
