生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)你好,
我的客户(Sandoz)询问 Fit Curve 中是否有使用自定义函数进行生物测定分析和平行性测试/等效性测试的选项。
“关于您一开始展示的生物测定,是否可以创建一个用户自定义的 4PL 模型来拟合生物测定数据的曲线?JMP 中的 4PL 模型使用以“e”为底的幂函数,而我们使用以“b”为底的模型,其中 b = 2。我想我们可以通过 JMP 脚本来解决这个问题吧?是否也可以像预定义模型那样进行并行性和等效性测试?”
更详细一些:
之所以使用不同的基数,是因为我们依赖经过验证的软件来计算生物测定的相对效价。该软件中实现的模型使用基数为 2,或者至少在项目开始时是这样设定的。
我打算主要将 JMP 用作筛选和探索性工具。在已验证的软件中,所有操作都会记录在审计跟踪中,这使得探索性分析相当耗时。例如,我们有时希望移除某个特定的稀释点,以评估等效性、平行性、R² 等适用性标准是否有所改善,或者评估该变化对相对效价估计值及其置信区间的影响。
在 JMP 中进行这些调查可以让我们快速评估数据中的微小变化如何影响整体结果,并显著加快评估过程。我认为 JMP 是一个非常有用的沙箱环境,可以在其中立即测试更改并实时查看其影响。
如前所述,我们目前在已验证的软件中执行这项工作,但每次修改都需要记录和说明理由。我已经在 JMP 中测试过该方法,效果很好。唯一的区别在于模型基础,这也是我联系您的原因。
我找不到在“拟合曲线”中更改基准或使用自定义函数的方法。我知道非线性平台可以做到这一点,但那样就无法进行并行性/等效性测试了。
我认为,考虑到已验证系统的具体情况,或许可以考虑在即将推出的 Fit Curve 生物测定分支中添加自定义选项。不过,我不确定这会对平行性和等效性测试产生怎样的影响,也就是说,如果允许更改基础函数或使用自定义函数,是否存在一些无法保证的假设。
@Valerie_Nedbal
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)如果您保存了“拟合曲线”平台中的参数化预测公式,就可以在“非线性”平台中使用相同的公式,并且可以对其进行修改。如果我理解正确,这应该能满足他们的需求。此外,“非线性”平台的参数化公式还带有滑块和优化器,可以快速且有趣地进行探索。
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)嗨,杰德,
如果我理解有误请指正,这样做可以让他们修改公式,看看效果如何,但他们仍然无法基于这个新公式进行并行性测试或等效性测试,而这正是他们想要做的,他们想要获得针对不同/自定义函数(而不是内置函数)的报告。
非线性平台的方法允许用户通过曲线分析器手动提取每条曲线的拐点,然后比较这些值。但他们无法像在“拟合曲线”功能中那样自动获得报告。
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)为了完整起见,这里列出愿望清单:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/Custom-4PL-Models-for-Exploratory-Bioassay-Analysis/idc-p/961041#M8609
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)谢谢分享,Martin。允许用户在 Fit Curve 中添加自定义模型的功能,这个想法已经被提过好几次了,但这有点超出了平台的功能范围。
向平台添加新的内置模型相对来说比较简单。只是想确认一下,这是客户希望我们添加的模型形式吗?

回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)@clay_barker我刚休假回来,联系了客户,以下是他的回复:
这是我们使用的4-PL模型,和您发布的非常相似:

其中 b 较小 = 2。这样做的目的是让用户可以自由选择 b 的值。
抱歉使用了不同的字母符号,但我认为意思仍然很清楚。虽然他们目前使用底数 b=2,但他们希望能够自由选择底数。
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)或许可以考虑实现这种通用模型,设置一个默认基准,并提供更改基准的选项(类似于我们在其他平台上更改 alpha 值和其他参数的方式)?
回复:生物测定分析 - 以 2 为底的 Log4p 模型(而非 e)我猜客户用的可能是 GraphPad Prism 之类的软件。那个程序用的是 log10 的取值范围,它的迭代求解方法略有不同。
新建一个公式列,然后对 X 列进行以 10 为底的对数转换,非常简单。“拟合平行性 > 相对效价”假设 X 列是以 10 为底的对数。您可以使用自然对数 (ln) 或任何其他转换,但由于尺度不同,每种转换都会得出不同的结果。在生物测定中,以 10 为底的对数转换是最常用的 X 列转换。我听说有人尝试使用以 2 为底的对数转换,但他们的结果当然与文献中的任何结果都不符。