생물학적 검정 분석 - 밑수가 e 대신 2인 Log4p 모델안녕,
제 고객사(Sandoz)에서 Fit Curve에서 생물학적 분석 및 평행성 테스트/동등성 테스트를 위해 사용자 정의 함수를 사용할 수 있는 옵션이 있는지 문의했습니다.
“처음에 보여주신 생물학적 분석에 대해 질문드립니다. 생물학적 분석 데이터의 곡선 맞춤을 위해 사용자가 지정한 4PL 모델을 생성하는 것이 가능할까요? JMP에서 4PL 모델은 밑이 "e"인 거듭제곱을 사용하는데, 저희는 밑이 "b"이고 b=2인 모델을 사용합니다. JMP 스크립트를 사용하면 이 문제를 해결할 수 있을 것 같은데, 미리 정의된 모델처럼 병렬 처리 및 동등성 검정도 수행할 수 있을까요?”
좀 더 자세히 설명하자면:
다른 기준값을 사용하는 이유는 생물학적 검정의 상대적 효능을 계산하는 데 검증된 소프트웨어를 사용하기 때문입니다. 해당 소프트웨어에 구현된 모델은 기준값을 2로 사용하는데, 적어도 프로젝트 시작 당시에는 그렇게 지정되었습니다.
저는 JMP를 주로 선별 및 탐색 도구로 사용하려고 합니다. 검증된 소프트웨어에서는 모든 작업이 감사 추적에 기록되므로 탐색적 분석에 시간이 많이 소요됩니다. 예를 들어, 특정 희석 지점을 제거하여 동등성, 평행성, R² 등의 적합성 기준이 개선되는지 평가하거나, 해당 변경이 상대 효능 추정치 및 신뢰 구간에 미치는 영향을 평가하는 데 관심이 있는 경우가 있습니다.
JMP에서 이러한 조사를 수행하면 데이터의 작은 변화가 전체 결과에 어떤 영향을 미치는지 신속하게 평가할 수 있습니다. 또한 평가 프로세스 속도를 크게 향상시킬 수 있습니다. JMP는 변경 사항을 즉시 테스트하고 그 영향을 실시간으로 검토할 수 있는 유용한 샌드박스 환경이라고 생각합니다.
앞서 언급했듯이, 현재 검증된 소프트웨어에서 이 작업을 수행하고 있지만, 각 수정 사항에는 문서화 및 타당성 검토가 필요합니다. JMP에서 해당 접근 방식을 이미 테스트해 본 결과 잘 작동했습니다. 유일한 차이점은 모델 기반이므로 이 부분에 대해 문의드린 것입니다.
Fit Curve에서 기준값을 변경하거나 사용자 지정 함수를 사용하는 방법을 찾을 수 없었습니다. 비선형 플랫폼에서는 가능하겠지만, 그러면 평행성/등가성 테스트를 할 수 없다는 것을 알고 있습니다.
검증된 시스템의 맥락을 고려해 볼 때, Fit Curve의 향후 생물학적 분석 기능에 사용자 정의 옵션을 추가하는 것도 하나의 방안이 될 수 있을 것 같습니다. 다만, 기본 함수를 변경하거나 사용자 정의 함수를 사용하는 옵션이 추가될 경우 병렬성 및 동등성 테스트에 어떤 영향을 미칠지, 즉 기존 가정을 보장할 수 없게 되는 부분이 있을지는 확실하지 않습니다.
@Valerie_Nedbal
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델Fit Curve 플랫폼에서 매개변수화된 예측 공식을 저장하면 Nonlinear 플랫폼에서 동일한 공식을 사용할 수 있고 수정할 수도 있습니다. 제가 제대로 이해했다면, 이것이 그들이 원하는 결과를 제공할 것입니다. 게다가 Nonlinear 플랫폼의 매개변수화된 공식에는 슬라이더와 최적화 도구가 있어서 탐색을 빠르고 흥미롭게 할 수 있습니다.
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델안녕하세요, 제드.
제 생각이 틀렸다면 고쳐주세요. 이렇게 하면 수식을 변경하고 어떻게 적용되는지 확인할 수는 있겠지만, 새 수식을 기반으로 병렬성 테스트나 동등성 테스트를 수행할 수는 없을 겁니다. 그런데 그들이 원하는 건 내장 함수가 아닌 다른/사용자 지정 함수에 대한 보고서를 얻는 것입니다.
비선형 플랫폼에서의 접근 방식은 사용자가 프로파일러를 통해 각 곡선의 변곡점을 수동으로 추출하고 해당 값을 비교할 수 있도록 합니다. 하지만 Fit Curve에서처럼 보고서가 자동으로 생성되지는 않습니다.
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델완전성을 기하기 위해 위시리스트 항목을 추가합니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/Custom-4PL-Models-for-Exploratory-Bioassay-Analysis/idc-p/961041#M8609
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델이 정보를 공유해 주셔서 감사합니다, 마틴. Fit Curve에 사용자가 사용자 지정 모델을 지정할 수 있는 기능을 추가하는 것에 대한 논의는 여러 번 있었지만, 플랫폼의 기능 범위를 벗어나는 것 같습니다.
플랫폼에 새로운 내장 모델을 추가하는 것은 비교적 간단합니다. 다만, 고객이 추가하기를 원하는 모델 형식이 맞는지 확인하는 것이 중요합니다.
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델@clay_barker 방금 휴가에서 돌아와 고객에게 확인했는데, 고객의 답변은 다음과 같습니다.
저희가 사용하는 4-PL 모델이 바로 이것입니다.您이 게시하신 것과 매우 유사합니다.
여기서 작은 b는 2입니다. 이 아이디어는 사용자가 b 값을 자유롭게 선택할 수 있도록 하는 것이었습니다.
표기법이 달라서 죄송하지만, 내용은 충분히 이해될 거라고 생각합니다. 현재는 b=2를 밑으로 사용하고 있지만, 밑을 자유롭게 선택할 수 있기를 원합니다.
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델이 일반적인 모델을 기본 기준값과 기준값을 변경할 수 있는 옵션(다른 플랫폼에서 알파 값이나 다른 매개변수를 변경하는 방식과 유사하게)을 함께 구현하는 것이 좋은 아이디어일 수 있습니다.
제목: 생물학적 분석 - 밑이 e 대신 2인 Log4p 모델 관련제 생각엔 고객이 GraphPad Prism 같은 프로그램을 사용하고 있을 것 같습니다. 그 프로그램은 log10을 사용하고, 반복 계산 방식이 약간 다를 뿐입니다.
새로운 수식 열을 만들고 X 열을 log10으로 변환하는 것은 매우 쉽습니다. 적합도 평행성 > 상대 효능은 X가 log10 변환된 값이라고 가정합니다. ln이나 다른 변환을 사용할 수도 있지만, 각 변환마다 척도가 다르기 때문에 결과도 달라집니다. 생물학적 분석에서 log10은 X 열 변환에 가장 일반적으로 사용되는 변환입니다. log2를 사용해 본 사람도 있다고 들었지만, 당연히 그 결과는 기존 문헌의 결과와 일치하지 않았습니다.
