生物学的アッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルこんにちは、
私の顧客（サンド社）から、Fit Curveでバイオアッセイ分析およびパラレリズムテスト／同等性テストにカスタム関数を使用するオプションがあるかどうか尋ねられました。
“冒頭で示していただいたバイオアッセイについてですが、バイオアッセイデータの曲線フィッティング用に、ユーザー指定の4PLモデルを作成することは可能でしょうか？JMPの4PLモデルは底が「e」のべき乗を使用していますが、私たちは底が「b」（b=2）のモデルを使用しています。これはJMPスクリプトで解決できるのでしょうか？また、事前定義されたモデルのように、並列性や等価性のテストも実行できるのでしょうか？”
もう少し詳しく説明すると：
異なる基準値を用いる理由は、生物学的アッセイの相対効力を計算するために、検証済みのソフトウェアに依存しているためです。そのソフトウェアに実装されているモデルは、基準値を2としています。少なくとも、プロジェクト開始時にはそのように指定されていました。
私の意図としては、JMPを主にスクリーニングおよび探索的分析ツールとして使用することです。検証済みのソフトウェアでは、すべての操作が監査証跡に記録されるため、探索的分析にはかなりの時間がかかります。例えば、特定の希釈点を削除して、同等性、並行性、R²などの適合性基準が改善されるかどうか、あるいはその変更が相対効力推定値とその信頼区間に与える影響を評価することに関心を持つ場合があります。
JMPでこれらの調査を実施することで、データのわずかな変更が全体の結果にどのような影響を与えるかを迅速に評価できます。また、評価プロセスも大幅にスピードアップします。JMPは、変更を即座にテストし、その影響をリアルタイムで確認できる便利なサンドボックス環境だと考えています。
前述のとおり、現在この作業は検証済みのソフトウェアで行っていますが、変更を加えるたびに文書化と正当性の証明が必要です。JMPで既にこの手法をテスト済みで、問題なく動作しています。唯一の違いはモデルベースであるため、ご連絡させていただきました。
Fit Curveで基準値を変更したり、カスタム関数を使用したりする方法が見つかりませんでした。非線形プラットフォームであれば可能だとは思いますが、その場合、並列性／等価性のテストができなくなります。
検証済みシステムの状況を考慮すると、Fit Curveの次期バイオアッセイブランチにカスタムオプションを追加することも検討する価値があると思います。ただし、それが並列性および等価性テストにどのような影響を与えるかは不明です。つまり、ベースを変更したりカスタム関数を使用したりするオプションがある場合、保証できない前提条件があるかどうかは分かりません。
@Valerie_Nedbal
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルFit Curveプラットフォームでパラメータ化された予測式を保存すれば、同じ式をNonlinearプラットフォームで使用したり、変更したりできます。私の理解が正しければ、これで彼らが求めているものが手に入るはずです。さらに、Nonlinearプラットフォームのパラメータ化された式にはスライダーとオプティマイザーがあり、探索を迅速かつ興味深いものにしてくれます。
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルこんにちは、ジェドさん。
もし間違っていたら訂正してください。これなら、数式を変更してどのように適合するかを確認できますが、この新しい数式に基づいて並列性テストや等価性テストを実行することはできません。そして、彼らがやりたいことは、組み込み関数ではなく、別の/カスタム関数に対してのみこれらのレポートを取得することなのです。
非線形プラットフォームのアプローチでは、プロファイラを使用して各曲線の変曲点を手動で抽出し、それらの値を比較することができます。ただし、Fit Curveのようにレポートが自動的に取得されるわけではありません。
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデル参考までに、希望リストの項目を以下に示します。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/Custom-4PL-Models-for-Exploratory-Bioassay-Analysis/idc-p/961041#M8609
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルマーティンさん、この情報を共有していただきありがとうございます。Fit Curveにユーザーがカスタムモデルを指定できる機能を追加するという要望は何度かありましたが、プラットフォームの範囲を超えているのが現状です。
プラットフォームに新しい組み込みモデルを追加するのは比較的簡単です。念のため確認ですが、お客様が追加を希望されているモデルはこの形式でよろしいでしょうか？
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデル@clay_barker休暇から戻ってきて、お客様に確認したところ、以下のような返信がありました。
これは私たちが使用している4PLモデルで、あなたが投稿したものと非常によく似ています。
ここで、bは2である。ユーザーがbの値を自由に選択できるようにするのが狙いだった。
文字表記が異なっていて申し訳ありませんが、それでも意味は伝わると思います。現在は基数b=2を使用していますが、基数を自由に選択できるようにしたいと考えています。
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルこの汎用モデルを、デフォルトのベースと、そのベースを変更するオプション（他のプラットフォームでアルファ値やその他のパラメータを変更するのと同様）を備えた形で実装するのは良いアイデアかもしれません。
Re: バイオアッセイ分析 - eの代わりに底2を用いたLog4pモデルおそらく顧客はGraphPad Prismのようなソフトウェアを使っているのでしょう。あのプログラムはlog10を使用しており、反復解法も少し異なります。
新しい数式列を作成して、X列をlog 10変換するのは非常に簡単です。適合パラレリズム > 相対効力は、xがlog10であることを前提としています。lnや他の変換を使用することもできますが、スケールが異なるため、それぞれ異なる結果になります。バイオアッセイでは、log10がX列の最も一般的な変換です。log2を使用しようとした人がいると聞いたことがありますが、当然ながら、その結果は文献のどの結果とも一致しませんでした。
