Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eCIAO,
Il mio cliente (Sandoz) mi ha chiesto se esiste un'opzione per utilizzare funzioni personalizzate in Fit Curve per l'analisi di bioassay e per il test di parallelismo/test di equivalenza.
“Riguardo al saggio biologico che hai mostrato all'inizio, è possibile creare un modello 4PL personalizzato per l'interpolazione dei dati del saggio biologico? In JMP, il modello 4PL utilizza una potenza con base "e", mentre noi utilizziamo un modello con base "b", dove b = 2. Immagino che si possa risolvere questo problema con uno script JMP? È possibile eseguire anche test di parallelismo ed equivalenza come in un modello predefinito?”
Un po' più dettagliato:
Il motivo per cui utilizziamo una base diversa è che ci affidiamo a un software validato per calcolare le potenze relative dei saggi biologici. Il modello implementato in tale software utilizza una base di 2, o almeno così è stato specificato all'inizio del progetto.
La mia intenzione sarebbe quella di utilizzare JMP principalmente come strumento di screening ed esplorazione. Nel software validato, ogni azione viene registrata nel registro delle attività, il che rende le analisi esplorative piuttosto dispendiose in termini di tempo. Ad esempio, a volte siamo interessati a rimuovere uno specifico punto di diluizione per valutare se i criteri di idoneità come equivalenza, parallelismo, R² e altri migliorano, oppure per valutare l'impatto di tale modifica sulla stima della potenza relativa e sui relativi intervalli di confidenza.
Eseguire queste indagini in JMP ci permetterebbe di valutare rapidamente come piccole modifiche ai dati influenzino il risultato complessivo. Inoltre, velocizzerebbe notevolmente il processo di valutazione. Considero JMP un utile ambiente di test in cui le modifiche possono essere verificate immediatamente e i relativi effetti analizzati in tempo reale.
Come già accennato, attualmente svolgiamo questo lavoro nel software validato, ma ogni modifica richiede documentazione e giustificazione. Ho già testato l'approccio in JMP e funziona bene. L'unica differenza è la base del modello, ed è per questo che vi ho contattato.
Non sono riuscito a trovare un modo per cambiare la base o utilizzare una funzione personalizzata in Fit Curve. So che sarebbe possibile con una piattaforma non lineare, ma in quel caso non ci sarebbe alcun test di parallelismo/equivalenza.
Penso che, tenendo conto del contesto del sistema validato, si potrebbe valutare l'aggiunta di un'opzione personalizzata anche al prossimo ramo di bioanalisi in Fit Curve. Tuttavia, non sono sicuro di come ciò influirebbe sui test di parallelismo ed equivalenza, ovvero se ci siano presupposti che non possono essere garantiti se è prevista la possibilità di modificare la base o utilizzare funzioni personalizzate.
@Valerie_Nedbal
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eSe si salva la formula di previsione parametrizzata dalla piattaforma Fit Curve, è possibile utilizzare la stessa formula nella piattaforma Nonlinear e modificarla. Se ho capito bene, questo fornirebbe loro ciò che desiderano. Inoltre, le formule parametrizzate della piattaforma Nonlinear dispongono di cursori e ottimizzatori che rendono l'esplorazione rapida e interessante.
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eCiao Jed,
Correggimi se sbaglio, ma questo permetterebbe loro di modificare la formula e vedere come si adatta, pur non potendo comunque eseguire test di parallelismo o di equivalenza basati su questa nuova formula, che è proprio ciò che desiderano fare: ottenere questi report per una funzione diversa/personalizzata anziché per quelle predefinite.
L'approccio nella piattaforma non lineare consentirà loro di estrarre manualmente i punti di flesso tramite il profiler per ogni curva e quindi confrontare questi valori. Tuttavia, non otterranno i report automaticamente come avviene in Fit Curve.
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eEcco la voce relativa alla lista dei desideri, per completezza:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/Custom-4PL-Models-for-Exploratory-Bioassay-Analysis/idc-p/961041#M8609
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eGrazie per aver condiviso questa informazione, Martin. L'aggiunta della possibilità per un utente di specificare modelli personalizzati per Fit Curve è stata discussa diverse volte, ma esula un po' dall'ambito della piattaforma.
Aggiungere nuovi modelli predefiniti alla piattaforma può essere relativamente semplice. È sufficiente accertarsi che si tratti effettivamente del modello che il cliente desidera che aggiungiamo.
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di e@clay_barker Sono appena tornato dalle vacanze e ho ricontattato il cliente, ecco la sua risposta:
Questo è il modello 4-PL che utilizziamo, molto simile a quello che hai pubblicato:
dove b piccolo = 2. L'idea era di permettere agli utenti di scegliere liberamente il valore di b.
Mi scuso per le diverse notazioni con le lettere, ma credo che sia comunque chiaro. Sebbene attualmente utilizzino una base b=2, vorrebbero poter scegliere liberamente la base.
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di ePotrebbe essere una buona idea implementare questo modello generale con una base predefinita e un'opzione per cambiarla (in modo simile a come modifichiamo i valori alpha e altri parametri in altre piattaforme)?
Oggetto: Re: Analisi del bioassay - Modello Log4p con base 2 invece di eScommetterei che il cliente sta usando qualcosa come GraphPad Prism. Quel programma usa il logaritmo in base 10 e la sua soluzione iterativa è solo leggermente diversa.
È facilissimo creare una nuova colonna con una formula e trasformare la colonna X con il logaritmo in base 10. Il parallelismo dell'adattamento > potenza relativa presuppone che la X sia logaritmo in base 10. Si potrebbe usare il logaritmo naturale (ln) o qualsiasi altra trasformazione, ma ognuna darebbe un risultato diverso perché la scala è diversa. Nei saggi biologici, il logaritmo in base 10 è la trasformazione più comune per la colonna X. Ho sentito di qualcuno che ha provato a usare il logaritmo in base 2, ma ovviamente nessuno dei suoi risultati corrispondeva a quelli presenti in letteratura.
