Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 anstelle von eHallo,
Mein Kunde (Sandoz) fragte, ob es eine Möglichkeit gibt, benutzerdefinierte Funktionen in Fit Curve für Bioassay-Analysen und Parallaxen-/Äquivalenztests zu verwenden.
“Bezüglich des Bioassays, den Sie eingangs gezeigt haben: Ist es möglich, ein benutzerdefiniertes 4PL-Modell zur Kurvenanpassung von Bioassay-Daten zu erstellen? In JMP verwendet das 4PL-Modell eine Potenzfunktion mit der Basis „e“, während wir ein Modell mit der Basis „b“ verwenden, wobei b = 2. Ich nehme an, dass wir dies mit einem JMP-Skript lösen können? Ist es außerdem möglich, Parallelitäts- und Äquivalenztests wie in einem vordefinierten Modell durchzuführen?”
Etwas ausführlicher:
Der Grund für die Verwendung einer anderen Basis liegt darin, dass wir zur Berechnung der relativen Wirkstärken von Bioassays auf validierte Software zurückgreifen. Das in dieser Software implementierte Modell verwendet die Basis 2, zumindest war dies zu Beginn des Projekts so festgelegt.
Ich möchte JMP primär als Screening- und exploratives Werkzeug einsetzen. In der validierten Software wird jede Aktion im Audit-Trail protokolliert, was explorative Analysen sehr zeitaufwendig macht. Beispielsweise möchten wir manchmal einen bestimmten Verdünnungspunkt entfernen, um zu beurteilen, ob sich Eignungskriterien wie Äquivalenz, Parallelität, R² und andere verbessern, oder um die Auswirkungen dieser Änderung auf die relative Wirkstärkeschätzung und deren Konfidenzintervalle zu bewerten.
Die Durchführung dieser Untersuchungen in JMP würde es uns ermöglichen, schnell zu beurteilen, wie sich kleine Datenänderungen auf das Gesamtergebnis auswirken. Dies würde den Auswertungsprozess erheblich beschleunigen. Ich sehe JMP als nützliche Testumgebung, in der Änderungen sofort erprobt und ihre Auswirkungen in Echtzeit überprüft werden können.
Wie bereits erwähnt, führen wir diese Arbeiten derzeit in der validierten Software durch, jedoch erfordert jede Änderung eine Dokumentation und Begründung. Ich habe den Ansatz bereits in JMP getestet, und er funktioniert einwandfrei. Der einzige Unterschied liegt in der Modellbasis, weshalb ich mich an Sie gewandt habe.
Ich konnte in Fit Curve keine Möglichkeit finden, die Basis zu ändern oder eine benutzerdefinierte Funktion zu verwenden. Ich weiß, dass dies mit einer nichtlinearen Plattform möglich wäre, aber dort gibt es keinen Parallelitäts-/Äquivalenztest.
Ich denke, unter Berücksichtigung des Kontextes des validierten Systems, wäre es eine Option, dem kommenden Bioassay-Zweig in Fit Curve eine benutzerdefinierte Option hinzuzufügen. Allerdings bin ich mir nicht sicher, wie sich das auf die Parallelitäts- und Äquivalenztests auswirken würde, d. h. ob es Annahmen gibt, die nicht mehr gewährleistet werden können, wenn die Möglichkeit besteht, die Basis zu ändern oder benutzerdefinierte Funktionen zu verwenden.
@Valerie_Nedbal
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eWenn Sie die parametrisierte Vorhersageformel von der Fit-Curve-Plattform speichern, können Sie dieselbe Formel in der Nonlinear-Plattform verwenden und anpassen. Soweit ich das verstehe, entspricht dies ihren Wünschen. Darüber hinaus bieten die parametrisierten Formeln der Nonlinear-Plattform Schieberegler und Optimierer, die eine schnelle und interessante Erkundung ermöglichen.
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eHallo Jed,
Korrigieren Sie mich, wenn ich falsch liege, aber dies würde es ihnen ermöglichen, die Formel zu ändern und zu sehen, wie sie passt. Sie wären jedoch weiterhin nicht in der Lage, einen Parallelitätstest oder Äquivalenztests auf Basis dieser neuen Formel durchzuführen, und genau das wollen sie erreichen: Berichte für eine andere/benutzerdefinierte Funktion anstelle der integrierten Funktionen zu erhalten.
Der Ansatz der nichtlinearen Plattform ermöglicht es ihnen, mithilfe des Profilers manuell Wendepunkte für jede Kurve zu extrahieren und diese Werte anschließend zu vergleichen. Die Berichte werden jedoch nicht automatisch erstellt, wie es bei der Kurvenanpassung der Fall ist.
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eHier ist der vollständige Eintrag auf der Wunschliste:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/Custom-4PL-Models-for-Exploratory-Bioassay-Analysis/idc-p/961041#M8609
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eDanke fürs Teilen, Martin. Die Möglichkeit, benutzerdefinierte Modelle für Fit Curve festzulegen, wurde schon mehrmals angesprochen, liegt aber etwas außerhalb des Rahmens der Plattform.
Das Hinzufügen neuer integrierter Modelle zur Plattform kann jedoch relativ unkompliziert sein. Wir möchten lediglich sicherstellen, dass es sich um die vom Kunden gewünschte Modellform handelt.
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt e@clay_barker Ich bin gerade aus dem Urlaub zurück und habe beim Kunden nachgefragt. Hier ist seine Antwort:
Dies ist das 4-PL-Modell, das wir verwenden, sehr ähnlich dem, das Sie gepostet haben:
wobei b = 2. Die Idee war, den Benutzern die freie Wahl des Wertes von b zu ermöglichen.
Entschuldigung für die unterschiedliche Buchstabenschreibweise, aber ich denke, es ist trotzdem verständlich. Obwohl sie derzeit die Basis b=2 verwenden, möchten sie die Basis frei wählen können.
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eWäre es nicht sinnvoll, dieses allgemeine Modell mit einer Standardbasis und einer Option zur Änderung der Basis zu implementieren (ähnlich wie wir Alphas und andere Parameter auf anderen Plattformen ändern)?
Betreff: Bioassay-Analyse – Log4p-Modell mit Basis 2 statt eIch wette, der Kunde verwendet etwas wie GraphPad Prism. Dieses Programm verwendet Logarithmus zur Basis 10, und seine iterative Lösung ist etwas anders.
Es ist kinderleicht, eine neue Formelspalte zu erstellen und die X-Spalte mit Logarithmus zur Basis 10 zu transformieren. Die Anpassungsparallelität > relative Potenz setzt voraus, dass x logarithmisch zur Basis 10 transformiert ist. Man könnte auch den natürlichen Logarithmus (ln) oder jede andere Transformation verwenden, aber jede würde zu einem anderen Ergebnis führen, da die Skala unterschiedlich ist. In Bioassays ist die Transformation zur Basis 10 die gebräuchlichste Methode zur Transformation der X-Spalte. Ich habe von jemandem gehört, der versucht hat, den Logarithmus zur Basis 2 zu verwenden, aber natürlich stimmten seine Ergebnisse nicht mit den Literaturangaben überein.
