高通量組學技術的快速發展催生了對整合化、使用者友善工具的需求,這些工具能夠對複雜的生物數據進行穩健且可擴展的分析。在 JMP Pro 中,我們推出了 Genomics Studio,這是一個全新的插件,它圍繞著六大生物學領域——遺傳學、RNA-seq、微生物組、單細胞、蛋白質組學和多組學——組織端到端的組學分析。每個領域都擁有其專屬的引導式工作流程,這些工作流程基於該領域研究人員已使用的方法和術語構建而成。
每個工作流程並非採用僵化的線性流程,而是提供一系列建議的導入、預處理和分析步驟,使用者可以根據自身資料和問題,以任意順序執行全部或部分步驟。全域關鍵字搜尋功能可直接按名稱尋找符合的工具或平台,讓經驗豐富的使用者無需進行選單導覽。 Genomics Studio 主要基於 JMP 的原生統計引擎構建;對於 JMP 尚未提供的特定分析,該平台會調用 Python 作為補充支持,並可選擇連接到 R 和 Bioconductor 以擴展功能——所有這些操作都無需用戶切換工具或環境。
該平台目前支持六大領域的質量控制、缺失數據插補和標準化(包括用於組成微生物組數據的CLR標準化);探索性和多元分析,例如PCA、PCoA、UMAP和Leiden聚類;以及推斷性和建模方法,包括GWAS、預測建模、差異表達和豐度檢測、富集分析、PERMANOVA、方差分量、標記基因識別以及通過CCA進行的多組學聯合整合。每種方法都直接連結到其文件和引用,完成的分析可以匯出為獨立的HTML報告,無需任何外掛程式或JMP許可證即可查看。
Genomics Studio 正在積極開發中,其覆蓋領域也在不斷擴展;由於任何步驟都可以呼叫 Python 腳本或 R 連接,因此無需更改架構即可添加新方法。 Genomics Studio 將嚴謹的統計方法與引導式、可搜尋的介面相結合,降低了高級組學分析的門檻,同時保持了分析深度——提供了一個統一的環境,減少了工作流程碎片化,並加速了生命科學領域的發現。