El rápido crecimiento de las tecnologías ómicas de alto rendimiento ha generado la necesidad de herramientas integradas y fáciles de usar que permitan un análisis robusto y escalable de datos biológicos complejos. En JMP Pro, presentamos Genomics Studio, un nuevo complemento que organiza el análisis ómico integral en torno a seis dominios biológicos: Genética, RNA-seq, Microbioma, Célula Única, Proteómica y Multiómica. Cada uno de estos dominios ofrece su propio flujo de trabajo guiado, basado en los métodos y la terminología que los investigadores ya utilizan.
En lugar de un flujo de trabajo rígido y lineal, cada flujo de trabajo presenta una secuencia sugerida de pasos de importación, preprocesamiento y análisis que el usuario puede ejecutar en cualquier orden, total o parcialmente, según sus datos y su pregunta. Una búsqueda global por palabra clave muestra la herramienta o plataforma correspondiente directamente por su nombre, lo que permite a los usuarios experimentados omitir por completo la navegación por menús. Genomics Studio se basa principalmente en el motor estadístico nativo de JMP; cuando JMP aún no ofrece un análisis determinado, la plataforma recurre a Python como soporte adicional y, opcionalmente, puede conectarse a R y Bioconductor para una mayor cobertura, todo ello sin que el usuario tenga que cambiar de herramientas o entornos.
En los seis dominios, la plataforma actualmente admite control de calidad, imputación de datos faltantes y normalización (incluida la normalización CLR para datos de microbioma composicional); análisis exploratorios y multivariados como PCA, PCoA, UMAP y agrupamiento de Leiden; y métodos inferenciales y de modelado, incluidos GWAS, modelado predictivo, pruebas de expresión diferencial y abundancia, análisis de enriquecimiento, PERMANOVA, componentes de varianza, identificación de genes marcadores e integración conjunta multiómica mediante CCA. Cada método enlaza directamente con su documentación y cita, y los análisis completados se pueden exportar como una revisión HTML independiente que no requiere ningún complemento ni licencia de JMP para su visualización.
Genomics Studio se encuentra en desarrollo activo, y su cobertura de dominios se amplía con el tiempo. Dado que cualquier paso puede ejecutar un script de Python o una conexión con R, se pueden añadir nuevos métodos sin necesidad de modificar la arquitectura. Al combinar el rigor estadístico con una interfaz guiada y con capacidad de búsqueda, Genomics Studio facilita el acceso al análisis ómico avanzado, preservando al mismo tiempo la profundidad analítica. Esto proporciona un entorno unificado que reduce la fragmentación del flujo de trabajo y acelera los descubrimientos en las ciencias de la vida.
