고처리량 오믹스 기술의 급속한 성장은 복잡한 생물학적 데이터를 강력하고 확장 가능하게 분석할 수 있는 통합적이고 사용자 친화적인 도구에 대한 필요성을 야기했습니다. JMP Pro에서는 유전학, RNA-seq, 미생물군집, 단일 세포, 단백질체학, 다중 오믹스 등 6개 생물학적 영역을 중심으로 엔드투엔드 오믹스 분석을 체계화한 새로운 애드인인 Genomics Studio를 선보입니다. 각 영역은 해당 분야 연구자들이 이미 사용하고 있는 방법론과 용어를 기반으로 구축된 맞춤형 워크플로우를 제공합니다.
엄격한 선형 파이프라인 대신, 각 워크플로는 사용자가 데이터와 질문에 따라 전체 또는 부분적으로, 또는 원하는 순서대로 실행할 수 있는 가져오기, 전처리 및 분석 단계의 권장 순서를 제시합니다. 전역 키워드 검색을 통해 일치하는 도구 또는 플랫폼을 이름으로 직접 찾을 수 있으므로 숙련된 사용자는 메뉴 탐색을 완전히 건너뛸 수 있습니다. Genomics Studio는 주로 JMP의 기본 통계 엔진을 기반으로 구축되었으며, JMP에서 아직 제공하지 않는 분석 기능의 경우 Python을 추가로 지원하고, 필요에 따라 R 및 Bioconductor와 연결하여 더 광범위한 분석을 수행할 수 있습니다. 이 모든 작업은 사용자가 도구나 환경을 전환할 필요 없이 가능합니다.
현재 이 플랫폼은 6개 영역에 걸쳐 품질 관리, 결측치 대체 및 정규화(구성 미생물군 데이터에 대한 CLR 정규화 포함), PCA, PCoA, UMAP, 라이덴 클러스터링과 같은 탐색적 및 다변량 분석, 그리고 GWAS, 예측 모델링, 차등 발현 및 풍부도 검정, 농축 분석, PERMANOVA, 분산 성분, 마커 유전자 식별, CCA를 통한 다중 오믹스 공동 통합과 같은 추론 및 모델링 방법을 지원합니다. 모든 방법은 관련 문서 및 참고 문헌에 직접 연결되며, 완료된 분석 결과는 추가 기능이나 JMP 라이선스 없이도 볼 수 있는 독립적인 HTML 검토 파일로 내보낼 수 있습니다.
지노믹스 스튜디오는 지속적으로 개발되고 있으며, 시간이 지남에 따라 지원 영역이 확장될 예정입니다. 모든 단계에서 파이썬 스크립트나 R 연결을 호출할 수 있으므로 아키텍처 변경 없이 새로운 메서드를 추가할 수 있습니다. 지노믹스 스튜디오는 통계적 정확성과 검색 가능한 인터페이스를 결합하여 고급 오믹스 분석에 대한 진입 장벽을 낮추면서도 분석의 깊이를 유지합니다. 이를 통해 워크플로우의 파편화를 줄이고 생명 과학 분야에서 발견을 가속화하는 통합 환경을 제공합니다.
