ハイスループットオミクス技術の急速な発展に伴い、複雑な生物学的データの堅牢かつスケーラブルな解析を可能にする、統合された使いやすいツールの必要性が高まっています。JMP Proでは、Genomics Studioという新しいアドインを導入しました。これは、遺伝学、RNAシーケンス、マイクロバイオーム、シングルセル、プロテオミクス、マルチオミクスという6つの生物学的領域を中心に、エンドツーエンドのオミクス解析を体系的に整理したもので、それぞれの領域で研究者が既に使用している手法や用語に基づいたガイド付きワークフローが提供されます。
厳格な直線的なパイプラインではなく、各ワークフローは、インポート、前処理、分析の手順の推奨シーケンスを示しており、ユーザーはデータや質問に応じて、これらの手順を任意の順序で、全部または一部実行できます。グローバルキーワード検索では、該当するツールやプラットフォームが名前で直接表示されるため、経験豊富なユーザーはメニュー操作を完全に省略できます。Genomics Studioは主にJMPのネイティブ統計エンジンに基づいて構築されています。JMPがまだ特定の分析を提供していない場合、プラットフォームは追加サポートとしてPythonを呼び出し、オプションでRやBioconductorに接続してさらに詳細な分析を行うことができます。これらすべてにおいて、ユーザーはツールや環境を切り替える必要はありません。
このプラットフォームは現在、6つのドメイン全体にわたって、品質管理、欠損データの補完、正規化（構成的マイクロバイオームデータに対するCLR正規化を含む）、PCA、PCoA、UMAP、ライデンクラスタリングなどの探索的および多変量解析、GWAS、予測モデリング、差次的発現および存在量テスト、濃縮分析、PERMANOVA、分散成分、マーカー遺伝子同定、CCAによるマルチオミクス統合などの推論およびモデリング手法をサポートしています。各手法はドキュメントと引用に直接リンクしており、完了した解析は、アドインやJMPライセンスなしで表示できる自己完結型のHTMLレビューとしてエクスポートできます。
Genomics Studioは現在も活発に開発が進められており、その適用範囲は時間とともに拡大しています。どのステップでもPythonスクリプトやR接続を呼び出すことができるため、アーキテクチャを変更することなく新しいメソッドを追加できます。統計的な厳密さと、ガイド付きで検索可能なインターフェースを組み合わせることで、Genomics Studioは高度なオミクス解析への障壁を下げつつ、解析の深みを維持します。これにより、ワークフローの断片化を減らし、ライフサイエンス分野における発見を加速させる統合環境を提供します。
