Das rasante Wachstum von Hochdurchsatz-Omics-Technologien hat den Bedarf an integrierten, benutzerfreundlichen Werkzeugen geschaffen, die eine robuste und skalierbare Analyse komplexer biologischer Daten ermöglichen. In JMP Pro stellen wir Genomics Studio vor, ein neues Add-in, das die durchgängige Omics-Analyse in sechs biologischen Domänen organisiert: Genetik, RNA-Seq, Mikrobiom, Einzelzellanalyse, Proteomik und Multi-Omics. Jede Domäne bietet einen eigenen, geführten Workflow, der auf den Methoden und der Terminologie basiert, die Forschende in dieser Domäne bereits verwenden.
Anstelle einer starren, linearen Pipeline bietet jeder Workflow eine vorgeschlagene Abfolge von Import-, Vorverarbeitungs- und Analyseschritten, die Benutzer je nach Daten und Fragestellung in beliebiger Reihenfolge, vollständig oder teilweise ausführen können. Eine globale Stichwortsuche zeigt das passende Tool oder die passende Plattform direkt anhand des Namens an, sodass erfahrene Benutzer die Menünavigation komplett umgehen können. Genomics Studio basiert primär auf der nativen Statistik-Engine von JMP. Wo JMP eine bestimmte Analyse noch nicht anbietet, greift die Plattform auf Python als zusätzliche Unterstützung zurück und kann optional Verbindungen zu R und Bioconductor für eine umfassendere Abdeckung herstellen – alles ohne dass der Benutzer Tools oder Umgebungen wechseln muss.
Die Plattform unterstützt in den sechs Bereichen Qualitätskontrolle, Imputation fehlender Daten und Normalisierung (einschließlich CLR-Normalisierung für kompositionelle Mikrobiomdaten); explorative und multivariate Analysen wie PCA, PCoA, UMAP und Leiden-Clustering; sowie inferenzielle und Modellierungsmethoden wie GWAS, prädiktive Modellierung, Tests auf differentielle Genexpression und -häufigkeit, Anreicherungsanalyse, PERMANOVA, Varianzkomponentenanalyse, Markergenidentifizierung und die gemeinsame Integration von Multi-Omics-Daten mittels CCA. Jede Methode ist direkt mit ihrer Dokumentation und Zitation verlinkt, und abgeschlossene Analysen können als eigenständige HTML-Dokumentation exportiert werden, für deren Anzeige keine Add-ons oder JMP-Lizenz erforderlich sind.
Genomics Studio wird aktiv weiterentwickelt und sein Anwendungsbereich stetig erweitert. Da jeder Schritt ein Python-Skript oder eine R-Verbindung aufrufen kann, lassen sich neue Methoden ohne Architekturänderungen hinzufügen. Durch die Kombination statistischer Genauigkeit mit einer intuitiven, durchsuchbaren Oberfläche senkt Genomics Studio die Einstiegshürde für fortgeschrittene Omics-Analysen und bewahrt gleichzeitig die analytische Tiefe. So entsteht eine einheitliche Umgebung, die die Fragmentierung von Arbeitsabläufen reduziert und die Forschung in den Lebenswissenschaften beschleunigt.
