L'essor rapide des technologies omiques à haut débit a engendré un besoin d'outils intégrés et conviviaux permettant une analyse robuste et évolutive des données biologiques complexes. Dans JMP Pro, nous introduisons Genomics Studio, un nouveau module complémentaire qui organise l'analyse omique de bout en bout autour de six domaines biologiques : génétique, RNA-seq, microbiome, unicellulaire, protéomique et multi-omique. Chaque domaine propose un flux de travail guidé, conçu autour des méthodes et de la terminologie déjà utilisées par les chercheurs.
Au lieu d'un processus rigide et linéaire, chaque flux de travail propose une séquence d'importation, de prétraitement et d'analyse que l'utilisateur peut exécuter dans l'ordre de son choix, en totalité ou en partie, selon ses données et sa question. Une recherche globale par mot-clé permet de trouver directement l'outil ou la plateforme correspondante, ce qui permet aux utilisateurs expérimentés de s'affranchir de la navigation dans les menus. Genomics Studio repose principalement sur le moteur statistique natif de JMP ; lorsqu'une analyse donnée n'est pas encore disponible dans JMP, la plateforme fait appel à Python pour une prise en charge supplémentaire et peut se connecter en option à R et Bioconductor pour une couverture plus étendue, le tout sans que l'utilisateur ait à changer d'outil ou d'environnement.
Dans les six domaines étudiés, la plateforme prend actuellement en charge le contrôle qualité, l'imputation des données manquantes et la normalisation (y compris la normalisation CLR pour les données de composition du microbiome) ; les analyses exploratoires et multivariées telles que l'ACP, l'ACP en coordonnées principales (PCoA), l'UMAP et le clustering de Leiden ; ainsi que les méthodes d'inférence et de modélisation, notamment les GWAS, la modélisation prédictive, les tests d'expression différentielle et d'abondance, l'analyse d'enrichissement, la PERMANOVA, l'analyse des composantes de variance, l'identification des gènes marqueurs et l'intégration conjointe multi-omiques via l'ACC. Chaque méthode renvoie directement à sa documentation et à sa citation, et les analyses terminées peuvent être exportées sous forme de rapport HTML autonome, consultable sans module complémentaire ni licence JMP.
Genomics Studio est en développement actif et son champ d'application s'étend progressivement. Grâce à la possibilité d'appeler un script Python ou une connexion R à chaque étape, de nouvelles méthodes peuvent être ajoutées sans modification de l'architecture. Alliant rigueur statistique et interface intuitive et interrogeable, Genomics Studio facilite l'accès à l'analyse omique avancée tout en préservant la profondeur analytique. Il offre ainsi un environnement unifié qui réduit la fragmentation des flux de travail et accélère les découvertes en sciences de la vie.
