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Importation de données à partir de lecteurs de plaques : Format malheureux n° 1 : "Boîtes multiples"

Je ne sais pas quel est le nom le plus approprié pour le format de données, mais je l'appelle "boîtes multiples". Dans ce format, chaque lecture de la plaque est sortie dans une grille. ou une case avec l'étiquette de la ligne et de la colonne, ainsi que le numéro lu. Chaque case est séparée par une rangée vide.

Il existe également une hypothèse selon laquelle les données brutes commencent à A: 1, c'est-à-dire dans Excel sur la première ligne du tableau dans la première colonne du tableau.

 

L'objectif du formatage des données est de convertir ce format en un nombre minimal de colonnes, où il y a une variable par colonne et une observation par ligne.  

Pour utiliser le script joint, allez dans Excel, sélectionnez la page entière et copiez-la (modifier, copier). Accédez ensuite à JMP et exécutez le script.

 

Le script comporte des parties intéressantes, comme la création d'un tableau à partir des données enregistrées dans le presse-papiers.

Tout le reste n'est qu'un formatage et une logique de base pour donner aux données une forme utile.

 

rev 2 note : la 2ème version du script fonctionne mieux

 

 

Names Default To Here( 1 );
dt = New Table( "raw data" );
dt << Bring Window To Front;
Main Menu( "paste" );

dt1 = Current Data Table() << Stack(
 columns(
  :Column 2,
  :Column 3,
  :Column 4,
  :Column 5,
  :Column 6,
  :Column 7,
  :Column 8,
  :Column 9,
  :Column 10,
  :Column 11,
  :Column 12,
  :Column 13
 ),
 Source Label Column( "Label" ),
 Stacked Data Column( "Data" )
);

dt1 = Current Data Table();

dt1 << New Column( "temp1", formula( If( Length( :Column 1, ) > 1, :Column 1, Lag( :temp1, 1 ) ) ) );

dt1 << New Column( "temp2", formula( If( :Column 1 != Lag( :Column 1, 1 ), 1, Lag( :temp2, 1 ) + 1 ) ) );

dt1 << New Column( "temp3", formula( If( :Column 1 == "" | Contains( :Column 1, ":" ) > 0, 1, 0 ) ) );

dt1 << New Column( "Well ID", formula( :Column 1 || Char( :temp2 ) ) );

dt1 << run formulas();

dt1:temp2 << Delete Formula;
dt1:temp3 << Delete Formula;
dt1:temp1 << set name( "Plate ID" );
:name("Well ID") << Delete Formula;
:name("Plate ID") << Delete Formula;

dt1 << Select Where( is missing (:Data) == 1 | is missing(:Column 1)==1);
dt1 << delete rows;

dt1:Column1 << set name( "Row ID" );
dt1:temp2 << set name( "Column ID" );

:Data<<SET selected=""></SET>

 

La plupart des instruments exportent les données du lecteur de plaques vers un fichier Excel ; cependant, le format des données est généralement difficile à formater avant de commencer l'analyse. Il s'agit d'une tentative de traiter l'un de ces formats

Objet : Importation de données à partir de lecteurs de plaques : Format n° 1 malheureux : "Boîtes multiples"

@Pieuvre - assurez-vous de mettre des virgules aux bons endroits lorsque vous ajoutez plus de colonnes à la liste. Il semble qu'il manque une virgule entre 13 et 14.

Objet : Importation de données à partir de lecteurs de plaques : Format n° 1 malheureux : "Boîtes multiples"

Bonjour @Byron_JMP J'ai des données au même format que vous avez montré mais au format 16x24 (384w). Je suis entré dans votre script jusqu'à la colonne 24 et j'ai exécuté le script. Mais la boîte de dialogue suivante s'est affichée

L'espace de noms "Column 13" n'est pas défini dans l'accès ou l'évaluation de 'Column 13:Column 14' , :Column 13:Column 14/*###*/

C'est la première fois que j'utilise JMP et je n'ai jamais écrit de script. Seriez-vous en mesure de partager quelle est l'erreur.

 

Merci