Mi hija menor estaba viendo recientemente una repetición de Mejoras para el hogar con Tim "The Tool Man" Taylor y su programa de televisión simulado Tiempo de herramienta . Ella dijo: "Papá, tú y Tim parecen tener muchos problemas al jugar con herramientas eléctricas". Mi esposa agregó que agregar un grado estadístico en la mezcla parece haber aumentado el coeficiente de problemas. Mis vehementes objeciones fueron recibidas con un recordatorio de varios incidentes recientes, incluida la forma en que pasamos la mayor parte de la víspera de Año Nuevo este año sin agua debido a un ligero contratiempo con el empalme de cobre que había sudado en un proyecto de renovación de un baño en la planta baja. De acuerdo, soy un adicto al bricolaje y tengo un garaje lleno de herramientas, pero la palabra clave en este caso es leve.
Por supuesto, ningún proyecto de casa llegaría muy lejos sin un taladro eléctrico, y tengo tres: un inalámbrico de 18V con baterías duales, un artesano de 3/8 ”de la vieja escuela que funciona de maravilla cuando se debilitan esas baterías malditas, y un 1/2 rojo. ”Milwaukee completo con mango lateral y mandril de servicio pesado. El Milwaukee es ideal para cosas de hombres como taladrar agujeros en las traviesas de ferrocarril y mezclar grandes lotes de mortero. Tim le daría un "Urghh Urghh" (mi débil intento de deletrear su firma simio / hombre de las cavernas / Scooby-Do / Chewbacca gruñe )
Lo que nos lleva al tema de este blog: Profundizar. Los conjuntos de datos genómicos generalmente requieren la realización de decenas de miles a millones (y en algunos casos incluso miles de millones) de pruebas estadísticas, e inmediatamente nos enfrentamos a la forma más efectiva de presentar y explorar las más significativas. La idea detrás de Drill Down es comenzar con un gráfico de resumen que resalte los puntos interesantes y le permita ampliarlos de forma interactiva y obtener más detalles estadísticos o gráficos jerárquicamente.
Un ejemplo prototípico de dicho gráfico de resumen es un gráfico de volcanes, por ejemplo, según lo generado por el Proceso analítico de ANOVA de una vía de JMP Genomics:
Cada punto representa un gen. El eje X grafica algunas medidas de cambio (por ejemplo, una diferencia entre medias de mínimos cuadrados) y el eje Y es el valor p -log10 correspondiente. La trama tiene una forma de V característica debido a la relación estadística entre X e Y. Los puntos más significativos son hacia la parte superior y se asemejan a las rocas de lava que emergen de un volcán [inserte aquí Tim Taylor gruñido] y los menos significativos, una vasta mayoría - están muy bien camuflados en la parte inferior. Las parcelas están vinculadas dinámicamente a otras pantallas como dendrogramas y parcelas paralelas, que se completan con el cepillado y el zoom, capacidades que no están disponibles en R. (Nota histórica: Creo que Greg Gibson y yo acuñamos el término "parcela de volcanes" en un artículo de Nature Genetics 2001). )
Después de seleccionar los puntos deseados en el volcán, vaya a la ventana de "Botones de acción", que ofrece una variedad de capacidades de Profundizar:
Profundizar con estos botones de acción es diferente de zoom a la Google Earth; puede iniciar análisis estadísticos sofisticados en los puntos seleccionados, aprovechando al máximo la funcionalidad SAS o JMP. Por ejemplo, “Ajustar modelo a datos de entrada para filas seleccionadas y Plot LS Means” lanza la plataforma JMP Fit Model en los genes seleccionados (utilizando el mismo modelo que originalmente especificó) y produce una combinación informativa integrada de tablas estadísticas y gráficos. Al hacer clic en “Plot OneWay Means by Chromosome and Position” se ajusta a los modelos unidireccionales en un paso de datos SAS y luego se generan gráficos como los siguientes:
En este caso, los perfiles de expresión de tres condiciones de tratamiento se representan en una sección muy corta del genoma. El ancho de las bandas de confianza se puede ajustar interactivamente y la gráfica se embellece con una anotación de seguimiento genético que se incorporó automáticamente desde un archivo complementario especificado en el cuadro de diálogo inicial de JMPG. Puede profundizar más y abrir varias páginas web correspondientes a genes de interés.
Así que "Urghh Urghh" para Drill Down! Está disponible en algunos otros lugares en JMP Genomics (por ejemplo, Escalamiento multidimensional y modelado predictivo) y puede esperar más en futuras versiones.
Por cierto, ese proyecto de baño ahora está terminado y resultó muy bien. Los tres ejercicios fueron útiles (si desea pedir prestado el Milwaukee, por favor, hágamelo saber). Tardó solo cuatro meses y costó solo 3 veces más que nuestra estimación inicial de alto nivel. Más importante aún, los interlocutores están felizmente en silencio (al menos hasta que comience el próximo proyecto de mejoras para el hogar) 
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