私の一番下の娘が最近、の再放送を見ていました家の修繕 Tim "The Tool Man" Taylorと彼のモックテレビ番組をフィーチャーツールタイム 。彼女は、「パパ、あなたとティムは両方とも、電動工具で遊ぶと多くの問題に遭遇するようだ」と述べた。私の妻は、統計学の学位をミックスに投入することは問題係数を高めたようだと付け加えた。私の階下の浴室改修プロジェクトで汗をかいていた銅の接合部のわずかな事故のために私たちが今年大晦日の大半を水なしで過ごした方法を含む最近の事件を思い出して私の激怒の異議は満たされた。それで、私はDIYの中毒者で、道具がいっぱい入ったガレージを持っていますが、この例での有効な言葉はわずかです。
もちろん、家庭用のプロジェクトは電動ドリルなしではそれほど遠くありません。私は3つ持っています。デュアルバッテリーの18Vコードレス、古いバッテリーの3/8インチ。サイドハンドルとヘビーデューティーチャックを備えたミルウォーキー。ミルウォーキーは鉄道関係の穴を開けることと細いモルタルの大きいバッチを混ぜることのような人のもののために素晴らしいです。ティムはそれに「Urghh Urghh」(彼の署名を綴るための私の微妙な試み)をそれに与えるでしょうサル/穴居人/ Scooby-Do / Chewbacca grunt )
これで、このブログのトピック「ドリルダウン」につながります。ゲノミクスデータセットは、通常、何万から何百万(そして場合によっては数十億)の統計的テストを実施することを必要とし、そして我々はすぐに最も効果的に提示しそして探究する方法に直面している。ドリルダウンの背後にある考え方は、興味深い点を強調表示し、それらを対話的に拡大して、より統計的またはグラフィカルな詳細を階層的に取得できるようにする要約グラフィックから始めることです。
そのような要約グラフの原型的な例は、例えばJMP Genomicsの一元配置分散分析プロセスによって生成されるような火山プロットです。

各点は遺伝子を表します。X軸は何らかの変化の尺度(例:最小二乗平均の差)を表し、Y軸は対応する-log10 p値です。プロットはXとYの間の統計的関係のために特徴的なV字型をしています。最も重要な点は頂上に向かっており、火山から噴火する溶岩岩に似ています。大多数 - 一番下でうまく行き過ぎています。プロットは樹状図や平行プロットのような他の表示に動的にリンクされ、Rでは利用できない、ブラッシングとズーミングを備えています。)
火山で希望の点を選択したら、さまざまなドリルダウン機能を提供する「アクションボタン」のウィンドウに移動します。

このようなアクションボタンでドリルダウンするのは、Google Earthのズームとは異なります。SASまたはJMPの機能を最大限に活用して、選択したポイントについて高度な統計分析を開始できます。たとえば、「選択した行とプロットのLS平均の入力データにモデルをフィット」は、選択した遺伝子に対してJMPのフィットモデルプラットフォームを(最初に指定したのと同じモデルを使用して)起動し、統計表とグラフィックの有益な統合ミックスを生成します。「染色体と位置による一方向平均のプロット」をクリックすると、SASデータステップの一方向モデルにフィットし、次のようなグラフが生成されます。

この場合、3つの処理条件の発現プロファイルがゲノムの非常に短い部分に沿ってプロットされている。信頼帯の幅は対話的に調整可能であり、プロットは最初のJMPGダイアログで指定された補足ファイルから自動的に組み込まれた遺伝子トラックアノテーションで装飾されています。さらに掘り下げて、関心のある遺伝子に対応するさまざまなWebページを開くことができます。
ドリルダウンのための「Urghh Urghh」です。JMP Genomicsの他のいくつかの場所で利用可能です(例: 多次元スケーリングおよび予測モデリング)を使用すると、将来のリリースでさらに多くのことが期待できます。
ちなみに、その浴室プロジェクトは現在完成していて美しく判明しています。3つの訓練はすべて役に立ちました(ミルウォーキーを借りたいのなら私に知らせてください)。完成までにわずか4か月かかり、当初のハイエンド見積もりの3倍のコストしかかかりませんでした。さらに重要なことに、対話者は喜んで黙っています(少なくとも次の住宅改善プロジェクトが始まるまで)。
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