La mia figlia più giovane ha guardato di recente una replica di Migliorie di casa con Tim "The Tool Man" Taylor e il suo finto programma televisivo Tempo dell'utensile . Ha detto "Papà, tu e Tim entrambi sembra che ti mettano un sacco di problemi quando giochi con gli utensili elettrici". Mia moglie ha aggiunto che il lancio di un grado statistico nel mix sembra aver aumentato il coefficiente di difficoltà. Le mie veementi obiezioni sono state accolte con un promemoria di diversi incidenti recenti, compreso il modo in cui abbiamo passato la maggior parte dell'anno a New York senza acqua a causa di un leggero incidente con l'articolazione di rame che avevo sudato in un progetto di ristrutturazione del bagno al piano di sotto. OK, quindi sono un drogato fai-da-te e ho un garage pieno di strumenti, ma la parola chiave in questo caso è leggera.
Ovviamente nessun progetto di casa potrebbe arrivare molto lontano senza un trapano elettrico, e ne ho tre: un cordless da 18V con doppia batteria, un artigiano da 3/8 "vecchio stile che funziona alla grande ogni volta che quelle batterie maledette si indeboliscono, e un rosso 1/2 "Milwaukee completo di maniglia laterale e mandrino pesante. Il Milwaukee è ottimo per le cose degli uomini come praticare i fori nelle traversine delle ferrovie e mescolare grandi quantità di malta thinset. Tim gli avrebbe dato un "Urghh Urghh" (il mio debole tentativo di scrivere la sua firma simian / caveman / Scooby-Do / Chewbacca grunt )
Il che ci porta al tema di questo blog: Drill Down. I set di dati genomici in genere richiedono la conduzione di decine di migliaia a milioni (e in alcuni casi anche di miliardi) di test statistici e ci troviamo immediatamente di fronte a come presentare e esplorare i più significativi in modo più efficace. L'idea alla base di Drill Down è di iniziare con una grafica riassuntiva che evidenzia punti interessanti e consente di eseguire zoom interattivi su di essi e ottenere più dettagli statistici o grafici gerarchicamente.
Un esempio prototipico di tale grafico riassuntivo è una trama vulcanica, ad esempio generata dal processo analitico ANOVA ad una via di JMP Genomics:
Ogni punto rappresenta un gene. L'asse X traccia una certa misura del cambiamento (ad esempio una differenza tra i mezzi minimi quadrati) e l'asse Y è il corrispondente -log10 valore-p. La trama ha una caratteristica forma a V a causa della relazione statistica tra X e Y. I punti più significativi sono verso l'alto e assomigliano a rocce laviche eruttanti da un vulcano [inserire il grugnito di Tim Taylor qui] e quelli meno significativi - un vasto maggioranza - sono ben overstruck in fondo. I grafici sono collegati dinamicamente ad altri display come dendrogrammi e grafici paralleli, completi di spazzolamento e zoom, funzionalità non disponibili in R. (Nota storica: credo che Greg Gibson ed io abbiamo coniato il termine "trama vulcano" in un documento Nature Genetics del 2001. )
Dopo aver selezionato i punti desiderati nel vulcano, vai alla finestra di "Pulsanti di azione", che offre una varietà di funzionalità Drill Down:
Eseguire il drill down con tali pulsanti di azione è diverso dallo zoom alla Google Earth; è possibile avviare sofisticate analisi statistiche sui punti selezionati, sfruttando appieno le funzionalità SAS o JMP. Ad esempio, "Adatta il modello ai dati di input per le righe selezionate ei mezzi LS del tracciato" lancia la piattaforma del modello Fit di JMP sui geni selezionati (utilizzando lo stesso modello specificato in origine) e produce un mix integrato informativo di tabelle e grafici statistici. Facendo clic su "Traccia OneWay Means by Chromosome and Position" si adatta ai modelli a senso unico in un passaggio Data SAS e quindi genera grafici come il seguente:
In questo caso i profili di espressione di tre condizioni di trattamento sono tracciati lungo una sezione molto breve del genoma. La larghezza delle bande di confidenza è regolabile in modo interattivo e la trama è impreziosita dall'annotazione della traccia genica che è stata automaticamente incorporata da un file supplementare specificato nella finestra di dialogo JMPG iniziale. Puoi approfondire ulteriormente e visualizzare varie pagine web corrispondenti a geni di interesse.
Quindi "Urghh Urghh" per Drill Down! È disponibile in pochi altri posti in Genomics JMP (es Scaling multidimensionale e modellazione predittiva) e puoi aspettarti di più nelle versioni future.
A proposito, quel progetto per il bagno è finito e si è rivelato magnificamente. Tutte e tre le esercitazioni sono state utili (se vuoi prendere in prestito il Milwaukee, per favore fatemelo sapere). Ci sono voluti solo quattro mesi per completare e costano solo 3 volte più della nostra stima iniziale di fascia alta. Ancora più importante, gli interlocutori sono felicemente silenziosi (almeno fino all'inizio del prossimo progetto di miglioramento domestico) 
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