Meine jüngste Tochter beobachtete kürzlich eine Wiederholung Hauptverbesserung mit Tim "The Tool Man" Taylor und seiner mock TV Show Werkzeugzeit . Sie sagte: „Dad, du und Tim, beide scheinen in Schwierigkeiten zu geraten, wenn sie mit Elektrowerkzeugen spielen.“ Meine Frau fügte hinzu, dass das Überschreiten eines statistischen Hochschulabschlusses den Ärgerkoeffizienten anscheinend erhöht habe. Meine heftigen Einwände wurden mit einer Erinnerung an mehrere Vorfälle in letzter Zeit getroffen, darunter auch, wie wir in diesem Jahr den größten Teil des Silvesterabends ohne Wasser ausgeben mussten, da ich ein leichtes Missgeschick mit Kupferfugen hatte, das ich in einem Badezimmerrenovierungsprojekt im Erdgeschoss geschwitzt hatte. OK, ich bin also ein DIY-Junkie und habe eine Garage voll mit Werkzeugen, aber das operative Wort in diesem Fall ist gering.
Natürlich würde kein Heimprojekt ohne eine Bohrmaschine sehr weit kommen, und ich habe drei: ein 18-V-Akku mit zwei Akkus, einen alten 3/8 ”Handwerker, der immer gut funktioniert, wenn diese verfluchten Akkus schwächer werden, und einen roten 1/2 ”Milwaukee komplett mit seitlichem Griff und Schwerlastfutter. Der Milwaukee eignet sich hervorragend für Mannerzeugnisse wie das Bohren von Löchern in Eisenbahnschwellen und das Mischen großer Chargen Thinset-Mörtels. Tim würde ihm ein "Urghh Urghh" geben (mein schwacher Versuch, seine Unterschrift zu buchstabieren Simian / Höhlenmensch / Scooby-Do / Chewbacca grunzen )
Was uns zum Thema dieses Blogs bringt: Drill Down. Genomics-Datensätze erfordern in der Regel statistische Tests, bei denen Zehntausende bis zu Millionen (und in manchen Fällen sogar Milliarden) statistische Tests durchgeführt werden, und wir stehen unmittelbar vor der Frage, wie die wichtigsten am effektivsten dargestellt und untersucht werden können. Die Idee hinter Drill Down ist, mit einer Übersichtsgrafik zu beginnen, die interessante Punkte hervorhebt und Sie interaktiv zoomen und mehr statistische oder grafische Details hierarchisch erhalten kann.
Ein prototypisches Beispiel für eine solche Übersichtsgrafik ist ein Vulkanplot, z. B. mit dem One-Way-ANOVA-Analyseverfahren von JMP Genomics:
Jeder Punkt repräsentiert ein Gen. Die X-Achse zeigt ein Maß der Änderung (zB eine Differenz zwischen kleinsten Quadraten) und die Y-Achse ist der entsprechende -log10-p-Wert. Das Diagramm hat aufgrund der statistischen Beziehung zwischen X und Y eine charakteristische V-Form. Die wichtigsten Punkte sind nach oben und ähneln Lavagesteinen, die aus einem Vulkan [hier Tim Taylor grunzen] ausbrechen, und den am wenigsten signifikanten - einem riesigen Mehrheit - sind am Boden schön überstürzt. Die Darstellungen sind dynamisch mit anderen Anzeigen wie Dendrogrammen und parallelen Darstellungen verknüpft, komplett mit Streichen und Zoomen, Funktionen, die in R. nicht verfügbar sind. (Historische Anmerkung: Ich glaube, Greg Gibson und ich prägten den Begriff "Vulkanplot" in einem Nature Nature Paper von 2001. )
Nachdem Sie die gewünschten Punkte im Vulkan ausgewählt haben, gehen Sie zum Fenster "Aktionsschaltflächen", das verschiedene Drilldown-Funktionen bietet:
Drill Down mit solchen Aktionsschaltflächen unterscheidet sich von Google Earth. Sie können ausgefeilte statistische Analysen zu den ausgewählten Punkten starten und dabei entweder die SAS- oder JMP-Funktionalität voll ausnutzen. Beispiel: „Fit Model zur Eingabe von Daten für ausgewählte Zeilen und zur Darstellung von LS-Mitteln“ startet die Fit Model-Plattform von JMP für die ausgewählten Gene (unter Verwendung des gleichen Modells, das Sie ursprünglich angegeben haben) und erstellt eine informative integrierte Mischung aus statistischen Tabellen und Grafiken. Wenn Sie auf „OneWay-Mittel nach Chromosom und Position zeichnen“ klicken, werden Einwegmodelle in einen SAS-Datenschritt eingefügt und anschließend Diagramme wie folgt generiert:
In diesem Fall werden die Expressionsprofile von drei Behandlungsbedingungen entlang eines sehr kurzen Abschnitts des Genoms aufgezeichnet. Die Breite der Konfidenzbänder ist interaktiv einstellbar. Die Darstellung wird mit einer Gen-Track-Annotation versehen, die automatisch aus einer im ursprünglichen JMPG-Dialog angegebenen Zusatzdatei eingefügt wurde. Sie können weiter nach unten gehen und verschiedene Webseiten aufrufen, die den interessierenden Genen entsprechen.
Also "Urghh Urghh" für Drill Down! Es ist an einigen anderen Stellen in JMP Genomics verfügbar (z. B. Mehrdimensionales Skalieren und Predictive Modeling) und Sie können in zukünftigen Releases mehr erwarten.
Übrigens ist das Badprojekt jetzt fertig und wunderschön geworden. Alle drei Bohrer waren praktisch (wenn Sie sich den Milwaukee ausleihen möchten, lassen Sie es mich wissen). Die Fertigstellung dauerte nur vier Monate und kostete nur dreimal mehr als unsere ursprüngliche High-End-Schätzung. Noch wichtiger ist, dass die Gesprächspartner glücklich sind (zumindest bis zum Beginn des nächsten Baumarktprojekts). 
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