Ma plus jeune fille regardait récemment une rediffusion de Amélioration de l'habitat mettant en vedette Tim "The Tool Man" Taylor et son émission de télévision simulée Temps outil . Elle a déclaré: «Papa, Tim et toi semblez avoir beaucoup de problèmes en jouant avec des outils électriques.» Ma femme a ajouté que le fait d'ajouter un degré statistique à la combinaison semble avoir augmenté le coefficient de trouble. Mes objections véhémentes ont été rappelées à plusieurs incidents récents, y compris la façon dont nous avons passé la majeure partie du réveillon du Nouvel An cette année sans eau à cause d'un léger incident avec un joint en cuivre que j'avais transpiré dans un projet de rénovation de salle de bain en bas. OK, je suis donc un junkie de bricolage et j'ai un garage rempli d'outils, mais le mot clé dans ce cas est léger.
Bien sûr, aucun projet à la maison n’irait très loin sans une perceuse électrique, et j’en ai trois: un téléphone sans fil 18 V avec deux batteries, un artisan de la vieille école 3/8 ”qui fonctionne très bien lorsque ces batteries maudites faiblissent, et un 1/2 rouge ”Milwaukee complet avec poignée latérale et mandrin robuste. Le Milwaukee est idéal pour les hommes, comme percer des trous dans les traverses de chemin de fer et mélanger de gros lots de mortier à base de thinset. Tim lui donnerait un "Urghh Urghh" (ma faible tentative d'épeler sa signature simian / homme des cavernes / Scooby-Do / Chewbacca grunt )
Ce qui nous amène au sujet de ce blog: Drill Down. Les ensembles de données génomiques nécessitent généralement la réalisation de dizaines de milliers (voire de milliards) de tests statistiques, et nous sommes immédiatement confrontés à la manière de présenter et d’exploiter au mieux les plus importants. L'idée derrière Drill Down est de commencer par un graphique récapitulatif qui met en évidence les points intéressants et vous permet de les zoomer de manière interactive et d'obtenir davantage de détails statistiques ou graphiques hiérarchiquement.
Un exemple prototype de ce type de graphique de synthèse est un graphique de volcan, par exemple tel que généré par le processus analytique d'ANOVA à voie unique de JMP Genomics:
Chaque point représente un gène. L'axe des X représente une mesure du changement (par exemple, une différence entre les moyennes des moindres carrés) et l'axe des Y correspond à la valeur p –log10 correspondante. La parcelle a une forme en V caractéristique en raison de la relation statistique entre X et Y. Les points les plus significatifs sont situés vers le haut et ressemblent à des roches de lave émergeant d'un volcan [insérer ici le grognement de Tim Taylor] et les moins significatifs - un vaste majorité - sont bien surmenés en bas. Les tracés sont liés dynamiquement à d’autres affichages, tels que des dendrogrammes et des tracés parallèles, avec brossage et zoom, fonctions non disponibles dans R. (note historique: Je crois que Greg Gibson et moi-même avons inventé le terme «tracé de volcan» dans un document de 2001 de Nature Genetics. )
Après avoir sélectionné les points désirés sur le volcan, accédez à la fenêtre «Boutons d’action», qui offre diverses possibilités d’exploration:
Drill Down avec de tels boutons d’action est différent du zoom à la Google Earth; vous pouvez lancer des analyses statistiques sophistiquées sur les points sélectionnés, en tirant pleinement parti des fonctionnalités SAS ou JMP. Par exemple, «Ajuster le modèle aux données d'entrée pour les lignes sélectionnées et les moyens de tracé LS» lance la plate-forme Fit Model de JMP sur les gènes sélectionnés (en utilisant le même modèle que vous avez spécifié à l'origine) et génère un mélange informatif intégré de tableaux statistiques et de graphiques. Cliquez sur «Tracer OneWay Means selon le chromosome et la position» pour insérer des modèles unidirectionnels dans une étape de données SAS, puis générer des graphiques tels que:
Dans ce cas, les profils d'expression de trois conditions de traitement sont tracés le long d'une très courte section du génome. La largeur des bandes de confiance est réglable de manière interactive et le tracé est agrémenté d'une annotation de piste de gène qui a été automatiquement intégrée à partir d'un fichier supplémentaire spécifié dans la boîte de dialogue JMPG initiale. Vous pouvez approfondir et afficher diverses pages Web correspondant aux gènes d'intérêt.
Alors “Urghh Urghh” pour Drill Down! Il est disponible dans quelques autres endroits de JMP Genomics (par exemple Modélisation multidimensionnelle et prédictive) et vous pouvez vous attendre à plus dans les versions futures.
À propos, ce projet de salle de bain est maintenant terminé et magnifiquement terminé. Les trois exercices sont très utiles (si vous voulez emprunter le Milwaukee, faites-le moi savoir). Il n'a fallu que quatre mois pour le mener à bien et ne nous a coûté que trois fois plus que notre estimation haute de gamme. Plus important encore, les interlocuteurs sont joyeusement silencieux (au moins jusqu'au début du prochain projet de rénovation domiciliaire) 
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