JMPゲノミクスvs. 教育用オープンソースソフトウェア私は昔と面白い会話をしました JMPゲノミクス JMP Genomicsが無料のGenomicsソフトウェアツールとどう違うのかについての見込み客からの（さらに別の）質問の後に、オープンソースと商用ソフトウェアについての先日のユーザー。これは物議を醸すトピックかもしれません、そして私が書くものに同意しない人はたくさんいます。しかし、この件についてのこのユーザーの意見は、私自身の意見と、JMPでここにいる多くの意見と共鳴しました。 SAS 私達の商用ソフトウェア製品を顧客が彼らに支払うお金の価値があるようにするために一生懸命働きます。このユーザーは長年のSASプログラマーであり、データ分析を行うためにオープンソースRを使用することに変換することを多面的に強いられています。ソフトウェア購入のための限られた予算にもかかわらず、彼女はSASソフトウェアにそれの大部分を使います。
この特定のユーザーは、JMP Genomicsが標準出力として提供する大規模データセットの直接的な視覚化が大好きです。私は彼女がどのようにアレイ分析のこの部分をセサミストリート分析と呼んだかが好きでした。使いやすい、相互接続された2-Dおよび3-D PCAプロット、散布図、箱ひげ図、およびカーネル密度推定プロットにより、生物学者は潜在的な外れ値を1つのプロットで直接選択し、そのデータグループが他のグループにある場所を簡単に見つけるプロット。これにより、データを直接可視化し、包括的な下流のデータ分析に進む前にデータ品質に関する決定を通知できます。JMP Genomicsのこの特別な強みは、JMPの驚くほどの視覚化機能、特にさまざまな種類の視覚化間の共通データテーブルへのリンクによってもたらされ、舞台裏で実行されているSASの生の処理能力を大いに補完します。
下流解析では、この共同可視化と選択により、ユーザーはクラスターヒートマップでサブセットを直接選択してから、火山プロットでそれらの点を可視化したり、別のデータテーブルで特定の遺伝子を見ることができます。クラスター図と火山プロットの着色も一貫しているため、ユーザーは一連の重要な違いを見るときに平均的な関係について視覚的に推測できます。JMPとSASはすでに素晴らしい組み合わせをしています、そして私がすでに発表したプレリリースJMP 8とSAS 9.2の印象的な新機能のセットから判断すると、統合はより良くなるでしょう。
自分の研究データ分析にRを使用する際に、このユーザーは、自分の主な予約の1つは、Rモジュールはどのプログラマでも書くことができるということであるとコメントしました。計算方法、およびコードのテスト結果 ある場合には、コードは非常に良くてよくテストされているかもしれませんが、他の場合にはそれは不安定でエラーを含んでいるかもしれません。このユーザーの意見では、Rを使用することに切り替えた場合、コードを確認してテストし、実際に依存している正確な結果が得られていることを確認する必要があります。彼女は、PROC MIXEDがJMP Genomics ANOVAおよびMixed Modelプロセスの下で実行されているという事実を気に入っているとコメントしました。結果を確認して再確認する必要なく、数値計算の正確さについて確信できるからです。
このユーザーは熱心なSASプログラマーですが、彼女は教育ツールとしてJMP Genomicsを使用しています。彼女は、プログラミングに慣れていない生物学者に、コマンドラインツールを使ってゲノムデータを分析するためのコードを書くことを教えることは、学期中のコースでは非常に貴重な時間を費やすと感じます。たとえば、欠損値についてデータテーブルをフィルタリングする演習では、Rを使用してナビゲートするのに25分かかりましたが、JMP GenomicsのSelect Where機能を使用してほんの2、3分で済みました。これは、そのような学生にJMP Genomicsを使用してデータを操作するように指示することの相対的な容易さのほんの一例にすぎません。しかし、特定のJMP Genomicsプロセスの背後にあるオープンなSASマクロコードを見たいという学生に興味があるのなら、彼女は学生にコードを見てもらい、追加の学習体験を提供することを喜んでいます。
私はこの特定の会話からより多くのメモを持っています。私のことを知っている人なら誰でも、私は定期的にノートに記入することを知っています - そして1年以上にわたって、普通の紙に手書きをキャプチャする新しいテキストキャプチャペンの発売を待っています。私はそれがついに利用可能になったことを報告してうれしいですそして私は1つを注文しました！このようなトピックに関する私の豊富な手書きのメモをブログ対応のテキストに取り込むプロセスをスピードアップする必要があることを知っておくと便利です。
Jeffrey Lehmanは書きました：私は少し違う状況にいます...ジェフリー・リーマン書きました：
私は少し違う状況にあります。私は約1年前に連邦庁内のグループに参加したSASプログラマーです。当局は伝統的にSPSSを使用してきました、なぜならその統計的応用のほとんどは人的要因の分野にあるからです。私が参加したグループは、生協学生がFRBになってからマネージャーになった数年前にJMPに移行しました。JMPはここで神格化されていますが、私は強固なSASの支持者です。
ここでは、複数のデータファイルやテーブルのインポート、データ操作、統計モデルの使用、グラフィックやレポートの生成など、プロジェクトの一部に取り組んできました。JMPでは、SASのフリーフォーマットエディタよりも、複数のテーブル、ダイアログボックス、および列構造の生成と管理の柔軟性が低いことがわかりました。さらに、SAS Macro Languageを使用して、20個のファイル（Data Stepを含むフラットファイル、またはProc SQLを使用したOracleテーブル、ループマクロ内の両方）をインポートおよびスタックするマクロループを作成できました。さらに、グラフィック、結果、表、およびレポートを出力するためのプログラマーのコントロールは、過度にフォーマットされたJMP出力からカットアンドペーストするよりもはるかに優れています。
私は自分の経験をマネージャに伝えました。マネージャはJMPがSASにできることなら何でもできると感じています。私はJSLガイドをレビューしました、そして、JSLによる明白な拡張性があるけれども、それは賛美されたそして複雑なマクロレコーダー言語のように思えます。それを公平に比較するために、2つのツールを比較したユーザーの投稿を調べてみましたが、ほとんど成功しませんでした。
私の質問は、SASがJMPとJSLの上に、そしてそれを超えて限界的な利益を持っているという懐疑論者をどのように納得させるかということでしょう。私はJMP JSLマニュアルのページを参照しました。これはJMPが何を使うべきかについての免責条項を提供します - SASへの敬意のコメントでさえ。
何かご意見は？
Jan Sutherlandは、次のように書いています。ヤン・サザーランド書きました：
こんにちはジェフリー、あなたはこれらの観察への反応を得たことがありますか？それを渡す気にしますか？私はSASとSPSSの両方で仕事をしてきましたが、JMP以前はオープンソースに興味を持っていました。
JMS
