JMP Genomics vs. 강의를위한 오픈 소스 소프트웨어나는 오랫동안 흥미로운 대화를 나눴다. JMP Genomics JMP Genomics가 무료 게놈 소프트웨어 툴과 다른 점에 대해 잠재 고객으로부터 (아직 또 다른) 질의를 한 후 상용 소프트웨어에 대한 오픈 소스와 사용자에 관해. 이것은 논쟁의 여지가있는 주제 일 수 있으며, 내가 쓰는 것에 동의하지 않을 사람들이 많이 있습니다. 그러나이 사용자에 대한이 사용자의 의견은 JMP에서 내 의견과 많은 사람들의 의견을 반영했으며 SAS 고객이 비용을 지불할만한 가치가있는 상용 소프트웨어 제품을 만들기 위해 열심히 노력하고 있습니다. 이 사용자는 여러면에서 오픈 소스 R을 사용하여 데이터 분석을 수행하도록 많은 압력을 받고있는 오랜 SAS 프로그래머입니다. 소프트웨어 구매 예산이 제한되어 있음에도 불구하고 SAS 소프트웨어에 많은 돈을 사용합니다.
이 특정 사용자는 JMP Genomics가 표준 출력으로 제공하는 대용량 데이터 세트를 직접적으로 시각화하는 것을 좋아합니다. 나는 세서미 스트리트 (Sesame Street) 분석에서이 부분을 어떻게 불러야 하는지를 좋아했습니다. "이 중 어떤 것이 다른 것과 비슷하지 않습니까?" 사용하기 쉽고 상호 연결된 2-D 및 3-D PCA 플롯, 산점도, 박스 플롯 및 커널 밀도 추정 플롯은 생물 학자가 한 플롯에서 직접적으로 특이점을 선택하고 그 데이터 그룹이 다른 곳에서 어디에 있는지 볼 수 있습니다 줄거리. 이를 통해 포괄적 인 다운 스트림 데이터 분석을 진행하기 전에 데이터를 직접 시각화하고 데이터 품질에 대한 결정을 알릴 수 있습니다. JMP Genomics의이 특별한 강점은 JMP의 놀라운 시각화 기능, 특히 다양한 유형의 시각화를 공통 데이터 테이블에 연결하는 것에서 비롯되며 장면 뒤에서 실행되는 SAS의 원시 처리 능력을 크게 보완합니다.
다운 스트림 분석에서이 공동 시각화 및 선택을 통해 사용자는 클러스터 히트 맵에서 하위 세트를 직접 선택한 다음 화산 플롯에서 이러한 포인트를 시각화하거나 별도의 데이터 테이블에서 특정 유전자를 볼 수 있습니다. 클러스터 다이어그램과 화산 플롯 간의 색상 지정도 일관성이 있으며 사용자는 중요한 차이 세트를 볼 때 평균 관계에 대한 시각적 인 추론을 할 수 있습니다. JMP와 SAS는 이미 훌륭한 조합을 이루고 있으며, JMP 8과 SAS 9.2의 새로운 기능 세트를 통해 이미 살펴본 통합 성은 더욱 향상 될 것입니다.
자신의 연구 데이터 분석을 위해 R을 사용할 때,이 사용자는 R 모듈이 어떤 프로그래머에 의해서도 쓰여질 수 있다는 프로그래머의 전제에 대한 의문을 품고, 계산 및 코드가 얼마나 잘 테스트되었는지에 대한 정보를 제공합니다. 경우에 따라 코드가 매우 훌륭하고 잘 테스트되었지만 다른 경우에는 불안정하고 오류가있을 수 있습니다. 이 사용자의 의견은 R을 사용하도록 전환 한 경우 실제로 자신이 의존 한 정확한 결과를 제공했는지 확인하기 위해 코드 자체를 검사하고 테스트해야한다고 생각했습니다. 그녀는 PROC MIXED가 JMP Genomics ANOVA 및 Mixed Model 프로세스 아래에서 실행된다는 사실을 좋아한다고 말하면서 결과를 확인하고 다시 검사 할 필요없이 수치 계산의 정확성을 확신 할 수 있기 때문입니다.
이 사용자는 SAS 프로그래머 전용이지만 JMP Genomics를 교육 도구로 사용합니다. 그녀는 프로그래밍에 익숙하지 않은 생물 학자에게 명령 줄 도구로 게놈 데이터 분석 코드를 작성하는 것은 한 학기 동안 너무 많은 시간을 소비한다고 생각합니다. 예를 들어 누락 된 값에 대한 데이터 테이블 필터링을 수행하면 학생들이 R을 사용하여 탐색하는 데 25 분이 걸렸지 만 JMP Genomics에서 Select Where 기능을 사용하면 몇 분이 걸렸습니다. 이것은 JMP Genomics로 데이터를 조작하도록 지시 한 상대적인 편의성의 많은 예 중 하나 일뿐입니다. 그러나 학생들이 주어진 JMP Genomics 프로세스 뒤에있는 공개 SAS 매크로 코드를 보는 데 관심이 있다면, 학생들은 코드를 학습하고 추가 학습 경험을 제공하는 것에 만족합니다.
이 특정 대화에서 더 많은 노트가 있습니다. 나를 아는 사람은 필자가 노트북을 정기적으로 채우는 것을 알고 있으며 1 년 이상 일반 종이에 필기를 캡처하는 새로운 텍스트 캡처 펜을 출시하기를 기다리고 있습니다. 나는 그것이 마침내 이용할 수있다라고보고하게 기쁘다. 그리고 나는 1를 주문했다! 이 기능이 블로그 주제에 대한 풍부한 필기 노트를 블로그 준비 텍스트로 캡처하는 프로세스를 가속화해야한다는 것을 알고 있습니다.
Jeffrey Lehman은 다음과 같이 적었습니다. 나는 약간 다른 상황에 처해있다. 제프리 리먼 쓴 :
나는 약간 다른 상황에 처해있다. 저는 1 년 전에 연방 기관 (Federal Agency)에서 그룹에 합류 한 SAS 프로그래머입니다. 대부분의 통계 응용 프로그램이 인적 요인의 영역에 있기 때문에 대행사는 전통적으로 SPSS를 사용했습니다. 내가 가입 한 그룹은 몇 년 전 조합원이 Fed가되었고 그 다음 매니저가되었을 때 JMP로 전환되었습니다. JMP는 여기에서 신원을 확인하는 반면, 나는 SAS를지지하는 사람이다.
저는 여러 개의 데이터 파일이나 테이블 가져 오기, 데이터 조작, 통계 모델 사용, 그래픽 및 보고서의 생성을 요구하는 프로젝트의 일부에 대해 작업했습니다. 필자는 SAS의 자유 형식 편집기보다 다중 테이블, 대화 상자 및 JMP에서 덜 유연한 열 구조의 생성 및 관리를 발견했습니다. 또한 SAS Macro Language를 사용하여 20 개의 파일 (데이터 스텝이있는 플랫 파일 또는 루프 매크로 내에서 Proc SQL을 사용하는 Oracle 테이블)을 가져 오거나 스택 또는 병합 할 수있는 매크로 루프를 작성할 수있었습니다. 또한 과도하게 형식화 된 JMP 출력에서 잘라내어 붙여 넣기를 시도하는 것보다 그래픽, 결과, 표 및 보고서를 출력하는 프로그래머의 제어 기능이 훨씬 뛰어납니다.
JMP가 SAS가 할 수있는 모든 일을 할 수 있다고 생각하는 관리자에게 내 경험을 전했습니다. JSL 가이드를 검토 한 결과, JSL의 확장 성은 분명하지만 영광스럽고 복잡한 매크로 레코더 언어처럼 보입니다. 공평한 비교를 위해 두 도구를 거의 또는 전혀 성공하지 못하는 사용자의 게시물을 찾으려고 노력했습니다.
제 질문은 SAS가 JMP와 JSL을 뛰어 넘는 한계 이익을 가지고 있다는 것을 회의론자에게 확신시키는 방법 일 것입니다. 나는 JMP JSL Manual의 페이지를 참조 하였는데, JMP JSL Manual은 SAS에 대한 논평이 있더라도 JMP를 사용해야하는 것에 대한 면책 조항을 제공합니다.
이견있는 사람?
잰 서덜랜드 (Jan Sutherland)는 다음과 같이 적었습니다. 안녕하세요, 제프리 (Jeffrey). 잰 서덜랜드 쓴 :
안녕하세요, 제프리,이 관측에 대한 응답을 받으셨습니까? 그것을 따라 가기 위해 신경을 써야합니까? 저는 SAS와 SPSS 모두와 협력 해 왔지만 JMP 이전에는 오픈 소스에 관심이 많았습니다. 따라서 많은 사람들이 독서를 많이하고 있습니다. 정확성이 떨어지는 것에 대해서는 특히주의를 기울여야합니다.
JMS
