JMP基因組學與 開源教學軟件我和很長時間都進行了有趣的對話 JMP基因組學用戶前幾天關於開源與商業軟件之後（另一個）詢問潛在客戶關於JMP Genomics與免費基因組學軟件工具的不同之處。這可能是一個有爭議的話題，有很多人不同意我寫的內容。然而，該用戶對該主題的看法引起了我自己的觀點以及JMP和JMP的許多觀點的共鳴 SAS 我們努力使我們的商業軟件產品物有所值，客戶為他們付出的代價。該用戶是一位長期的SAS程序員，受到來自多方的巨大壓力，轉而使用開源R進行數據分析。儘管購買軟件的預算有限，但她將大部分時間用在SAS軟件上。
這個特殊的用戶喜歡JMP Genomics提供的大型數據集的直觀可視化作為標準輸出。我喜歡她如何將這部分數組分析稱為芝麻街分析 - 就像在“這些東西中哪一個不像另一個？”易於使用，互連的2-D和3-D PCA圖，散點圖，箱線圖和核密度估計圖使生物學家可以直接在一個圖中直接選擇潛在的異常值，並查看該組數據在另一個圖中的位置地塊。這允許在進行全面的下游數據分析之前直接可視化數據並通知有關數據質量的決策。JMP Genomics的這種特殊優勢來自於JMP中令人驚嘆的可視化功能，特別是不同類型的可視化與公共數據表之間的鏈接，並極大地補充了在幕後運行的SAS的原始處理能力。
在下游分析中，這種聯合可視化和選擇允許用戶直接選擇聚類熱圖中的子集，然後在火山圖中可視化這些點，或在單獨的數據表中查看特定基因。聚類圖和火山圖之間的著色也是一致的，允許用戶在查看一組顯著差異時對平均關係進行視覺推斷。JMP和SAS已經完美結合，從我已經看到的令人印象深刻的預發布JMP 8和剛剛發布的SAS 9.2的新功能集來看，集成只會變得更好。
在使用R進行自己的研究數據分析時，該用戶評論說她的一個主要保留是R模塊可以由任何程序員編寫，讓她懷疑程序員編寫代碼的假設，數字的準確性。計算，以及代碼的測試情況。在某些情況下，代碼可能非常好並經過良好測試，但在其他情況下，它可能不穩定並包含錯誤。該用戶的意見是，如果她切換到使用R，她將有義務自己檢查和測試代碼，以確保它實際上提供了她所依賴的準確結果。她評論說，她喜歡PROC MIXED在JMP Genomics ANOVA和混合模型流程下運行的事實，因為她可以確定數值計算的準確性，而無需檢查和重新檢查結果。
雖然該用戶是專門的SAS程序員，但她使用JMP Genomics作為教學工具。她認為，教授不熟悉編程的生物學家用命令行工具編寫用於分析基因組數據的代碼會在一學期的課程中消耗太多寶貴的時間。例如，過濾數據表中缺失值的過程需要學生使用R進行導航25分鐘，但使用JMP Genomics中的Select Where功能只需要幾分鐘。這只是指導這些學生使用JMP Genomics操縱數據相對容易的許多例子之一。但是，如果學生有興趣看到特定JMP基因組學過程背後的開放SAS宏代碼，她非常樂意引導學生完成代碼並提供額外的學習體驗。
我從這個特定的對話中得到了更多的筆記 任何了解我的人都知道我會定期填寫筆記本 - 並且一直在等待發布一個新的文本捕獲筆，該筆在常規紙上捕獲筆跡超過一年。我很高興地報告說它終於可用了，我訂購了一個！很高興知道這應該加快將關於諸如此類主題的大量手寫筆記捕獲到博客就緒文本中的過程。
Jeffrey Lehman寫道：我的情況略有不同......杰弗裡雷曼中寫道：
我的情況略有不同。我是SAS程序員，大約一年前加入聯邦機構的一個集團。原子能機構傳統上使用SPSS，因為其大部分統計應用都屬於人為因素。幾年前我加入的團隊轉變為JMP，當時一個合作學生成為美聯儲，然後是經理。JMP在這裡被神化了，而我是一個死硬的SAS支持者。
我在這裡開展了一些項目，需要導入多個數據文件或表格，數據操作，統計模型的使用以及圖形和報告的生成。我發現JMP中的多個表，對話框和列結構的生成和管理不如SAS的自由格式編輯器。此外，使用SAS宏語言，我能夠編寫一個宏循環來導入並堆疊或合併20個文件（使用Proc SQL的數據步驟或Oracle表的平面文件 - 兩種情況都在循環宏中）。此外，我發現程序員對輸出圖形，結果，表格和報告的控制要比嘗試從過度格式化的JMP輸出中剪切和粘貼好得多。
我向經理傳達了我的經驗，他覺得JMP可以做任何SAS可以做的事情。我已經回顧了JSL指南，儘管JSL具有明顯的可擴展性，但它似乎是一種美化和復雜的宏記錄器語言。為了給它一個公平的比較，我試圖找到用戶的帖子，比較這兩個工具很少或沒有成功。
我想我的問題是如何說服一個懷疑論者認為SAS在JMP和JSL之外有其他優勢。我確實參考了JMP JSL手冊的頁面，該手冊提供了關於JMP應該被使用的免責聲明 - 即使是對SAS的恭敬評論。
有什麼想法嗎？
Jan Sutherland寫道：嗨杰弗裡，你有沒有得到一個...簡·薩瑟蘭中寫道：
杰弗裡，你有沒有對這些觀察得到回應？小心傳遞它嗎？我曾經使用過SAS和SPSS，但是在JMP之前，我真的對開源感興趣，所以我做了很多閱讀，特別注意os不太準確的反對意見。
JMS
