Hola,
Tengo un par de scripts sencillos que invocan funciones de R que creé en JMP 17. Actualicé JMP a la última versión (19.0.4) y estos scripts ya no funcionan. La documentación sobre la integración de R en el entorno Python es un poco escasa, por lo que agradecería mucho su ayuda.
Names default to here (1);
dt = current data table ();
nw = New Window ("ENSEMBL_ID COLUMN SELECTION",
<< Modal,
Text Box ("Select the ENSEMBL_ID column"),
lcol = Col List Box (Data Table (dt),
All,
width (500)
),
Button Box ("OK", scol = lcol << get selected; switch = 1),
Button Box ("CANCEL", switch = 0; Throw(1)),
);
If (switch,
enbl_col_list = as column (scol) << get values ();
r init();
R send (enbl_col_list);
R Submit( "\[library(biomaRt)
library("org.Hs.eg.db")
library("AnnotationDbi")
output <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = enbl_col_list, keytype = "ENSEMBL", column = "SYMBOL")
output_df <- as.data.frame (output)
print(output_df)
]\");
dt_out = r get (output_df);
R Term (),
Throw (1));
Gracias.
Mejor,
TS
Aquí hay una excelente introducción a R en JMP 19:
Grabación del Club de Scripters: R está de vuelta en JMP 19 - Explorando la integración de R y Python
Parece que no es necesario ajustar el código.
Simplemente instale R y desde R instale las bibliotecas que se utilizan en el comando R.
Luego ejecute el código JSL y JMP controlará R a través de Python / rpy2
Hola Hogi,
Gracias por tus comentarios. Es extraño que, en mi sistema, el script se bloquee sin generar ningún resultado.
Comprobaré mi configuración de R para asegurarme de que tengo instalado el paquete correcto.
Mejor,
TS
Hola comunidad JMP,
Encontré el problema en mi script. Necesitaba incluir un comando R UNLIST(data) para convertir la lista JMP en un vector de cadena para que el comando principal funcionara.
Mejor,
TS
