こんにちは、
JMP 17で作成したR関数を呼び出す簡単なスクリプトがいくつかあります。JMPを最新バージョン（19.0.4）にアップグレードしたところ、これらのスクリプトが動作しなくなりました。RをPython環境に統合する方法についてのドキュメントが少し不足しているため、ご助力いただければ幸いです。
Names default to here (1);
dt = current data table ();
nw = New Window ("ENSEMBL_ID COLUMN SELECTION",
<< Modal,
Text Box ("Select the ENSEMBL_ID column"),
lcol = Col List Box (Data Table (dt),
All,
width (500)
),
Button Box ("OK", scol = lcol << get selected; switch = 1),
Button Box ("CANCEL", switch = 0; Throw(1)),
);
If (switch,
enbl_col_list = as column (scol) << get values ();
r init();
R send (enbl_col_list);
R Submit( "\[library(biomaRt)
library("org.Hs.eg.db")
library("AnnotationDbi")
output <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = enbl_col_list, keytype = "ENSEMBL", column = "SYMBOL")
output_df <- as.data.frame (output)
print(output_df)
]\");
dt_out = r get (output_df);
R Term (),
Throw (1));
ありがとう。
最高、
TS
JMP 19 の R の素晴らしい紹介はこちらです:
スクリプターズクラブの録画: JMP 19でRが復活 - RとPythonの統合を探る
コードを調整する必要はないようです。
R をインストールし、R から R コマンドで使用されるライブラリをインストールするだけです。
次にJSLコードを実行すると、JMPはPython / rpy2経由でRを制御します。
こんにちは、ホギさん
フィードバックありがとうございます。私のシステムでは、スクリプトが何も出力せずにクラッシュしてしまうのは奇妙です。
R の設定をチェックして、適切なパッケージがインストールされていることを確認します。
最高、
TS
JMPコミュニティの皆様、こんにちは。
スクリプトに問題を発見しました。JMPリストを文字列VECTORに変換するRコマンド「UNLIST(data)」を追加することで、メインコマンドが動作するようになりました。
最高、
TS
