CIAO,
Ho un paio di semplici script che richiamano funzioni R che ho creato in JMP 17. Ho aggiornato JMP all'ultima versione (19.0.4) e questi script non funzionano più. La documentazione sull'integrazione di R nell'ambiente Python è un po' scarna, quindi il vostro aiuto sarebbe molto apprezzato.
Names default to here (1);
dt = current data table ();
nw = New Window ("ENSEMBL_ID COLUMN SELECTION",
<< Modal,
Text Box ("Select the ENSEMBL_ID column"),
lcol = Col List Box (Data Table (dt),
All,
width (500)
),
Button Box ("OK", scol = lcol << get selected; switch = 1),
Button Box ("CANCEL", switch = 0; Throw(1)),
);
If (switch,
enbl_col_list = as column (scol) << get values ();
r init();
R send (enbl_col_list);
R Submit( "\[library(biomaRt)
library("org.Hs.eg.db")
library("AnnotationDbi")
output <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = enbl_col_list, keytype = "ENSEMBL", column = "SYMBOL")
output_df <- as.data.frame (output)
print(output_df)
]\");
dt_out = r get (output_df);
R Term (),
Throw (1));
Grazie.
Migliore,
TS
Ecco un'ottima introduzione a R in JMP 19:
Registrazione dello Scripters Club: R è tornato in JMP 19 - Esplorazione dell'integrazione tra R e Python
sembra che il codice non debba essere modificato.
Basta installare R e da R installare le librerie utilizzate nel comando R.
Quindi esegui il codice JSL e JMP controllerà R tramite Python / rpy2
Ciao Hogi,
Grazie per il tuo feedback. È strano che sul mio sistema lo script si blocchi senza produrre alcun output.
Controllerò la mia configurazione R per assicurarmi di aver installato il pacchetto corretto.
Migliore,
TS
Ciao comunità JMP,
Ho trovato il problema nel mio script. Dovevo includere un comando R UNLIST(data) per convertire l'elenco JMP in una stringa VECTOR, in modo che il comando principale funzionasse.
Migliore,
TS
