Hallo,
Ich habe ein paar einfache Skripte, die R-Funktionen aufrufen, die ich in JMP 17 erstellt habe. Nach dem Upgrade von JMP auf die neueste Version (19.0.4) funktionieren diese Skripte nicht mehr. Die Dokumentation zur Integration von R in die Python-Umgebung ist etwas dürftig, daher wäre Ihre Hilfe sehr willkommen.
Names default to here (1);
dt = current data table ();
nw = New Window ("ENSEMBL_ID COLUMN SELECTION",
<< Modal,
Text Box ("Select the ENSEMBL_ID column"),
lcol = Col List Box (Data Table (dt),
All,
width (500)
),
Button Box ("OK", scol = lcol << get selected; switch = 1),
Button Box ("CANCEL", switch = 0; Throw(1)),
);
If (switch,
enbl_col_list = as column (scol) << get values ();
r init();
R send (enbl_col_list);
R Submit( "\[library(biomaRt)
library("org.Hs.eg.db")
library("AnnotationDbi")
output <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = enbl_col_list, keytype = "ENSEMBL", column = "SYMBOL")
output_df <- as.data.frame (output)
print(output_df)
]\");
dt_out = r get (output_df);
R Term (),
Throw (1));
Danke schön.
Am besten,
TS
Hier ist eine hervorragende Einführung in R in JMP 19:
Aufzeichnung des Scripters Club: R ist zurück in JMP 19 – Erkundung der Integration von R und Python
Der Code muss anscheinend nicht angepasst werden.
Installieren Sie einfach R und installieren Sie von R aus die Bibliotheken, die im R-Befehl verwendet werden.
Führen Sie anschließend den JSL-Code aus – und JMP steuert R über Python / rpy2.
Hallo Hogi,
Danke für Ihr Feedback. Seltsamerweise stürzt das Skript auf meinem System ab, ohne irgendeine Ausgabe zu erzeugen.
Ich überprüfe meine R-Konfiguration, um sicherzustellen, dass ich das richtige Paket installiert habe.
Am besten,
TS
Hallo JMP-Community,
Ich habe den Fehler in meinem Skript gefunden. Ich musste den R-Befehl UNLIST(data) einfügen, um die JMP-Liste in einen String-Vektor umzuwandeln, damit der Hauptbefehl funktionierte.
Am besten,
TS
