Salut,
J'ai quelques scripts simples qui appellent des fonctions R que j'ai créées avec JMP 17. Après la mise à jour de JMP vers sa dernière version (19.0.4), ces scripts ne fonctionnent plus. La documentation concernant l'intégration de R dans l'environnement Python étant assez sommaire, votre aide serait précieuse.
Names default to here (1);
dt = current data table ();
nw = New Window ("ENSEMBL_ID COLUMN SELECTION",
<< Modal,
Text Box ("Select the ENSEMBL_ID column"),
lcol = Col List Box (Data Table (dt),
All,
width (500)
),
Button Box ("OK", scol = lcol << get selected; switch = 1),
Button Box ("CANCEL", switch = 0; Throw(1)),
);
If (switch,
enbl_col_list = as column (scol) << get values ();
r init();
R send (enbl_col_list);
R Submit( "\[library(biomaRt)
library("org.Hs.eg.db")
library("AnnotationDbi")
output <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = enbl_col_list, keytype = "ENSEMBL", column = "SYMBOL")
output_df <- as.data.frame (output)
print(output_df)
]\");
dt_out = r get (output_df);
R Term (),
Throw (1));
Merci.
Meilleur,
TS
Voici une excellente introduction à R dans JMP 19 :
Enregistrement du Scripters Club : R fait son grand retour dans JMP 19 - Exploration de l'intégration de R et Python
Il semblerait que le code n'ait pas besoin d'être modifié.
Il suffit d'installer R, puis d'installer à partir de R les bibliothèques utilisées par la commande R.
Exécutez ensuite le code JSL ; JMP contrôlera alors R via Python/ rpy2.
Salut Hogi,
Merci pour votre retour. C'est étrange, sur mon système, le script plante sans produire aucun résultat.
Je vais vérifier ma configuration R pour m'assurer que j'ai bien installé le bon package.
Meilleur,
TS
Bonjour la communauté JMP,
J'ai trouvé le problème dans mon script. Il me fallait inclure une commande R UNLIST(data) pour convertir la liste JMP en un vecteur de chaînes de caractères afin que la commande principale fonctionne.
Meilleur,
TS
