JMP中大像腳的圖像分析這是一隻大像腳底的圖片。正如你可能從這張照片中猜到的那樣，這不是一個非常快樂的大象。被囚禁的大象經常花時間在人行道或其他堅硬的表面上行走。這不是他們習慣的基質，也不是大像腳的設計目標。因此，這頭大象的腳已經出現瘡，在某些情況下，這些瘡甚至會被感染。這頭大象的看護人正在提供治療，但是大象繼續在他的腳上行走，造成進一步的傷害。因此，看護人員不知道治療是否有所幫助。
我收到了這張照片的副本，上面有關於圖像分析的問題： 有沒有辦法可以量化地測量足部的狀況，以便隨著時間的推移可以確定治療是否具有積極作用？
看圖像，我可以看到腳的所有區域基本上分為三類：
有些區域呈褐色，代表了大像腳的正常顏色。那些地區很健康。有些區域有一些橙色。那些是已經發展成瘡的區域。然後在瘡口有白色區域。這些是瘡已經發展成感染並且現在充滿了膿液的區域。通過將整個腳分成這三個水桶，我覺得我們可以測量一下腳的狀況。重要的是忽略背景，圖像中那些不顯示腳底的區域，以免扭曲我們的結果。
我將圖像讀入JSL（JMP腳本語言）並從圖像中獲取像素值紅色 ，綠色和藍色 （ RGB ）值作為單獨的矩陣。然後我可以將這些單個矩陣轉換成一個矩陣，代表所有三個顏色分量。
img = 新圖片 （ “elephantFoot.jpg” ）;
{r，g，b} = img << getPixels（ “RGB” ）;
colr = RGBColor （r，g，b）;
但通常情況下，最好用RGB以外的顏色方案分析顏色。所以我真的想要一種顏色方案中的顏色 HLS ，代表色調 ，亮度和飽和 。色調基本上是顏色的色調，亮度是亮度，飽和度是多少顏色而不是白色多少。幸運的是，JMP提供了一種從RGB轉換為HLS的方法。
{hue，lit，sat} = ColorToHLS （COLR）;
現在我在HLS中有了顏色，我可以創建一個像素值的JMP數據表。
dt = 新表 （ “像素數據” ，
newColumn （ “色調” ，設定值（色調）），
newColumn （ “上火” ，設定值（點亮）），
newColumn （ “SAT” ，設定值（sat））
）;
這樣做的原因是我可以使用JMP的一些統計功能來分析我的數據。我很好奇我的顏色值的細分，所以我決定創建一個分配每種顏色成分。
分配（連續分配（ 柱 （：hue），Outlier Box Plot（ 0 ）））;
分配（連續分配（ 柱 （：點燃），離群箱圖（ 0 ）））;
分配（連續分配（ 柱 （：sat），Outlier Box Plot（ 0 ）））;
這是結果。
通過查看我的發行版，我可以很好地猜測我的數據中要查找的值，以確定哪些像素是棕色，橙色或白色。我處理每個像素，由我的數據表中的一行數據表示，我能夠對每個像素進行分類。然後我可以報告我的結果 。
為了生成我的報告，我選擇了所有缺失的值（代表背景區域的所有像素）並將它們設置為隱藏/排除。然後，我從像素數據表中生成了一個匯總表。然後我可以使用Graph Builder生成我的圖形。
結果是大約一半的腳狀況良好。對於不正常的一半，約30％患有瘡，另外20％被感染。我們現在可以量化腳的狀況。通過這樣做，我們可以確定腳的狀況，並知道治療是否有幫助。
大像腳的形象通過一個叫做的組織來找我 WildTrack 。WildTrack致力於保護瀕危物種以及野生動物的整體健康。
WildTrack是JMP的客戶，將在即將到來的網絡廣播中出現，分析說 。如果您發現這篇博文有趣，我建議您註冊並參加網絡直播。我可以向你保證，他們的談話總是引人入勝，內容豐富。和往常一樣，請讓我知道你的想法。
John Ponte寫道：Sandeep，我之前發布的鏈接......約翰龐特中寫道：
Sandeep，我在之前的回復中發布的鏈接是指向描述該技術的視頻的鏈接（ https://www.youtube.com/watch?v=wSkUwgNbv2g ）。您還可以在JMP文件交換中找到一些可以幫助您的JSL代碼。在Scripts下尋找ImageToDatatable.jsl（ https://community.jmp.com/docs/DOC-6100 ）。這將向您展示如何打開圖像並從像素值生成數據表。或者，您可以使用圖像分析器為您生成數據表（ https://community.jmp.com/docs/DOC-7181 ）。
順便說一句，如果你要來探索（兩週後在北卡羅來納州卡里），請來和我談談，我可以幫助你。我將在開發人員工作站以及四處閒逛。
Sandeep寫道：約翰，你有一個教程視頻嗎？桑迪普中寫道：
約翰，你有沒有為我學習這種技術的教程視頻？
約翰龐特寫道：順便說一句，JMP發布了一個YouTube視頻...約翰龐特中寫道：
順便說一句，JMP發布了一段YouTube視頻，描述了分析大像腳的過程。它包含有關該過程的更多詳細信息。如果您發現此帖子很有趣，您也可以欣賞該視頻。
在這裡能找到它： https://www.youtube.com/watch?v=wSkUwgNbv2g
請享用！
約翰龐特寫道：羅德里戈，JMP工作在一個標準化的col ...約翰龐特中寫道：
羅德里戈，
JMP在標準化顏色空間中工作，這意味著所有值都在0.0到1.0之間。看看我的色調分佈，我發現我的大多數值都低於0.125。但是，我也看到一些值高於0.9。這讓我知道我應該尋找什麼樣的價值來分隔我的顏色。
在JSL中，您需要做的是遍歷每行（代表一個像素），查看色調和光的值。在您的情況下，您將尋找綠色，黃色和棕色。黃色和棕色具有非常相似的色調值，因為它們都由等量的紅色和綠色組成。它們通過亮度區分，或者在這種情況下是光的值。黃色的亮度值比棕色值高。綠色將具有比黃色和棕色更高的色調值。因此，使用色調和亮度值，您應該能夠區分顏色。
看看你的光分佈，看看你是否有三個不同的分組。最高值可能是您的黃色像素，最低值可能是您的棕色像素，中間的值可能是您的綠色像素。從那開始，看看是否能給出正確的答案。您可以像使用像腳一樣生成新圖像，以驗證您的答案。如果你沒有得到正確的答案，你可以在比較中調整你的價值範圍。
我希望這有幫助！
羅德里戈寫道：親愛的約翰，我按照你的劇本得到了......羅德里戈中寫道：
親愛的約翰，
我按照你的腳本獲得了H，L，S的像素值。現在，我需要處理每個像素並識別綠色，黃色和棕色。我是怎麼做到的我迷失在這一部分：“通過查看我的發行版，我可以很好地猜測我的數據中要查找的值，以確定哪些像素是棕色，橙色或白色。我處理每個像素，由我的數據表中的一行數據表示，我能夠對每個像素進行分類。然後我可以報告我的結果。“
任何建議將被認真考慮。謝謝！
約翰龐特寫道：一句話 - 手動！我收到很多......約翰龐特中寫道：
一句話 - 手動！我從人們那裡收到很多圖片，詢問他們如何識別圖像中感興趣的區域。不幸的是，我不能花費我想或不需要的時間來開發完整的解決方案。所以我試著給他們一個快速的解決方案以及他們如何進一步發展它的想法。快速解決方案是使用另一個軟件包（我使用Gimp）簡化黑背。但是在JMP / JSL中，您可以開發出不同的邊緣檢測技術，可以為您識別大像腳的邊緣。事實上，我在WildTrack的一些工作中展示了這方面的一個例子，在那裡他們識別出動物在圖像中的足跡。你可以在這裡找到關於這個的視頻： http://www.youtube.com/watch?v=VjjcdCDXx9M
斯科特寫道：偉大的工作約翰！我很驚訝JMP能......斯科特中寫道：
偉大的工作約翰！我很驚訝JMP可以用於各種各樣的應用程序。
我很好奇你是如何刪除圖像的背景的。當背景不均勻時，您是如何識別背景像素的？
約翰龐特寫道：嗯，首先讓我打消神話......約翰龐特中寫道：
好吧，首先讓我消除我是專家的神話！雖然，如果你看到我的老闆，我鼓勵你告訴他你認為我是。謝謝你這麼說。
其次，雖然我熟悉MATLAB，但我覺得我對這兩個產品之間的有效比較並不了解。我已經和一些使用MATLAB的JMP用戶進行了交談，他們似乎很滿意。對於那些用戶（預告警報），請確保查看JMP版本11中的一些新功能。
除了統計功能之外，我在JMP中非常喜歡的一個功能是JMP的腳本語言JSL。這篇文章展示瞭如何將圖像帶入JMP並使用JSL將其轉換為數據表。將圖像作為數據後，您就可以獲得JMP的所有統計功能。現在，您可以使用判別分析或聚類來分析圖像。我正在讀一本關於這個主題的書。它被稱為測量形狀，由F.布倫特尼爾和約翰C.拉斯。所以我認為這些功能的組合使JMP成為圖像處理的強大工具。它允許用戶創建自己的解決方案，而無需實際實現該功能。
amit bothra寫道：嗨約翰，偉大的帖子。我很驚訝...... amit Bothra 中寫道：
你好，約翰，
很棒的帖子。我對JMP的能力感到驚訝。作為專家，您如何將JMP的圖像處理功能與Matlab等專用軟件進行比較。
Sky＆Zoe寫道：這是分析的一個很好的例子......天空與佐伊中寫道：
這是一個很好的例子，說明JMP的分析能力如何用於改善病理學治療的決策。如此多的醫學成像仍然依賴於專家的視覺評估而不是量化。
該應用經過改進後，可以在標準化評估傷口癒合方式隨時間推移（或以其他方式）方面有很大的應用。John擁有開箱即用的真正才能，我們相信他為JMP成像所做的工作將在各個領域都有巨大的應用。
約翰龐特寫道：當答案c ...我有點驚訝約翰龐特中寫道：
當答案顯示大約50％正常時，我有點驚訝。但後來我意識到壞區域（橙色和白色）顯示為較大的區域，好的區域（棕色）顯示為較小的區域，較長的區域和較差的區域。我認為當你看到很多較小的區域和較小的區域時，人們會認為較大的區域會更大。
錯誤計算是個好主意。這是我為客戶提供的快速（但可用）解決方案。除了這個解決方案，我還給了他們一些關於如何改進它的想法。我不想帶走他們所有的樂趣。
感謝您的評論！
Scott Moore寫道：非常酷。幾個想法。電子...斯科特摩爾中寫道：
很酷。幾個想法。眼睛非常善於分析模式。我原本以為棕色的比例接近35％。如果您在分析之前先做出假設，然後進行比較，那將會很有趣。我還想看到某種錯誤計算。雖然非常好的過程和解決問題的好方法。
