No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.¡Hola a todos! Esta es mi primera publicación. Soy estudiante de maestría e investigo sobre la remediación de la contaminación del agua con plantas de humedales. He estado revisando mis datos con JMP Student Edition para realizar pruebas de Tukey y determinar qué resultados son estadísticamente significativos con un estadístico que me ha estado dando clases particulares. Pero ahora él está de vacaciones y he estado intentando replicar el trabajo que hicimos juntos, ¡pero no obtengo los mismos resultados! Así que me he topado con un muro.
Esto es lo que creo recordar que hicimos:
1. Importar la hoja de Excel que se muestra a continuación a JMP.
2. Haga clic en Analizar --> Ajustar modelo
3. En el cuadro de diálogo que se abre, coloque todas las columnas "Media(pH, T1), Media(pH, T2)", etc. en la parte Y debajo de "Seleccionar variables de rol".
4. Coloque Especies, Tratamiento y Bloque en "Efectos del Modelo de Construcción" y haga "factorial a grado" para ponerlos en relación entre sí.
5. Ejecútelo como un manova y elija "medidas repetidas" y "tiempo" en los cuadros que aparecen.
6. Si los resultados son estadísticamente significativos, realice un ANOVA regular (personalidad de "Mínimos Cuadrados Estándar") con cada columna "Media (pH, T1)" individualmente y con énfasis en "Apalancamiento del Efecto".
7. En la ventana que muestra los resultados de ese anova, vaya al cuadro con la pequeña flecha roja que dice "Especie" y haga una prueba de Tukey, y vea qué letras diferentes tiene cada especie de planta.
Aquí es donde siento que algo anda mal. Hicimos juntos esta hoja de cálculo de pH y pasé los resultados a un documento de Word, que se muestra aquí, resaltado en morado y amarillo. Los que hice con la ayuda del estadístico están a la izquierda, y los que hice solos, a la derecha. Como pueden ver, cuando lo repetí por mi cuenta para asegurarme de que el proceso era correcto, la prueba de Tukey es ligeramente diferente... cuando miro la "Media de mínimos cuadrados", solo la del control tiene un número diferente. Así que creo que esa debe ser la clave.
No he recibido mucha formación en estadística, salvo una clase que tomé hace 12 años en la licenciatura. Siento que la entiendo a un nivel cavernícola, como si "diferentes letras en la prueba de Tukey significan que podemos contarlas como diferentes". Pero no entiendo a fondo cómo funciona esto realmente.
Siento que debo haberme saltado algo, por eso mis resultados son ligeramente diferentes a los suyos. Además, según mis notas en las pruebas de efectos fijos de las semanas de pH, solo la categoría "Especie" tuvo una probabilidad > F significativa (en rojo) cuando lo hicimos juntos, pero cuando lo intenté solo hace un momento, la especie y el tratamiento están en rojo... así que sé que algo raro está pasando.
Si sirve de ayuda, el experimento consistía en tener cinco especies diferentes de plantas en microcosmos (baldes) que regamos con tres niveles distintos de contaminación (0%, 30% y 70%) y monitoreamos su salud y las condiciones del agua en la que estaban durante 12 semanas, incluido el pH.
Espero haber explicado bien mi problema. Si necesitas más información, no dudes en avisarme.
¡Muchas gracias por tu ayuda!
Análisis y modelado de datos básicosRe: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.Hola @PersuasionRam10 ,
Bienvenido a las páginas de la comunidad. Esperamos poder ayudarte. Sin embargo, algo que lo dificulta es no tener tus datos ni poder reproducir ambos casos de lo que estás experimentando.
¿Podrías compartir los datos? Incluso de forma anónima sería útil.
Mientras aprendes a usar JMP en tus análisis, te recomiendo ENCARECIDAMENTE que, siempre que realices cualquier tipo de análisis y no recuerdes todos los pasos, puedas ir al botón rojo (triángulo) junto al análisis de nivel superior (por ejemplo, Ajustar Y por X o Multivariante) y seleccionar Guardar script > En tabla de datos. Luego, puedes volver a ese script y ver qué configuración se utilizó para obtener ese análisis. Es extremadamente útil y te ahorra tiempo.
De todos modos, si puede compartir los datos en una tabla anonimizada (Menú: Tablas > Anonimizar), este podría ser un buen punto de partida para que otros puedan intentar replicar lo que obtiene. Si los anonimiza, podría ser útil informar a la comunidad qué columnas usar para cada variable, por ejemplo, Y o X. Puede mantener los detalles importantes ocultos, pero aún así necesitaríamos saber qué columnas usar en cada caso. A continuación, se muestra una captura de pantalla de los datos de ejemplo de Big Class.jmp, tanto originales como anonimizados, para que sepa qué efecto tiene en la tabla de datos.
¡Espero que esto ayude!
DS
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.Hola, ¡gracias por tu ayuda! Claro, puedo compartir mis datos. Adjunto un archivo .jmp. ¿A eso te referías con "compartir los datos"? (Me aseguré de que no tuviera nombres ni nada; no me importa tener los nombres de las columnas y demás, ya que esto es solo una parte de un proyecto más grande).
Necesito averiguar si hay una diferencia significativa entre las especies en el pH, qué efecto tiene el tratamiento y si hay un efecto especie*tratamiento, y he estado usando pruebas de Tukey para ello.
Gracias también por el consejo de compartir el guion. Lo hice.
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.Hola @PersuasionRam10 ,
Gracias por subir tu tabla de datos. Después de revisar lo que tienes y leer lo que has publicado, tengo un par de observaciones/preguntas.
1. ¿Qué versión de JMP usas? Sé que usas la edición para estudiantes, pero ¿cuál es el número de versión? Pregunto porque en algunas actualizaciones, JMP corrige ciertos cálculos, lo que puede generar valores ligeramente diferentes (como con Prob > F), pero suelen diferir en decimales más altas, como el 5.º o el 6.º. Quizás también quieras averiguar qué versión usa el profesor de estadística. Por ejemplo, yo uso JMP Pro 19.0.3 y obtengo 6.9819 para CONTROL con la Media Mínima Cuadrada al realizar la prueba HSD de Tukey en Especies, y tu captura de pantalla muestra 6.9810 para ese mismo valor.
2. Según una de tus capturas de pantalla, parece que has incluido una columna como Efecto Aleatorio, ¿es cierto? Muestras un fragmento del informe que dice "Pruebas de Efectos Fijos", lo que significa que se debe incluir una variable como Efecto Aleatorio. ¿Cuál estás usando? ¿Bloque? ¿O la columna que estás usando tiene un atributo diferente, como Efecto de Mezcla o Efecto Excluido?
3. ¿Fue este un experimento diseñado? ¿Fue un experimento de diseño de dominio (DOE)? De ser así, ¿con qué modelo se inició el DOE? Este también es un punto de partida importante: si realmente fue un DOE, lo cual parece ser cierto, ya que si se observan las distribuciones de especies, tratamientos y bloques, parece que los factores se distribuyen uniformemente entre ellos.
4. Puedo reproducir tus cifras en las capturas de pantalla donde comparas tus resultados con los que obtuviste con el profesor de estadística, pero no puedo reproducir el lado izquierdo de las capturas. Supongo que aquí es donde entra en juego algo relacionado con los efectos aleatorios, pero desconocemos qué se ha utilizado como efecto aleatorio.
5. En relación con los puntos 2 y 4: No reproduzco los valores de DFDen en el informe de efectos fijos que compartiste, probablemente debido a lo que defines como aleatorio y a los otros efectos del modelo que defines. Veo que Especies*Tratamiento tiene un valor alto de Prob > F y un valor de Logworth muy bajo, por lo que probablemente no sea un factor importante (al menos para la Media(pH,T1)). Aún no he revisado otras columnas de Media(pH,T*) porque no puedo reproducir ambos casos que muestras.
6. ¿Se excluyen filas del análisis? Esto podría afectar algunos cálculos.
7. ¿Está realizando alguna transformación en sus columnas, como el logaritmo para Y o los efectos del modelo?
¡Gracias!,
DS
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.1. Veamos... parece que estoy usando JMP Student Edition 19.0.1. No estoy seguro de qué versión usa mi mentor, pero lo hicimos todo en mi computadora, así que era la 19.0.1.
2. Sí, así es. Creé todos los efectos de Construir Modelo con efectos aleatorios de Bloque. Así que Bloque, Especie*Bloque y Tratamiento*Bloque fueron aleatorios.
3. Creo que sí... No estoy seguro de qué significa exactamente un "experimento diseñado"/DOE. Fue un experimento que organicé: teníamos cuatro bloques de 18 cubos con diferentes plantas, o sin ellas, y les aplicamos diferentes niveles de contaminación.
4. Hasta donde yo sé, el lado izquierdo de la captura de pantalla también es de la misma hoja de cálculo de Excel que adjunté, y en esa también hicimos que los efectos de bloque fueran aleatorios.
6. No lo creo... se deberían incluir las 72 filas.
7. Acabo de revisar todas mis notas... parece que no transformamos nada logarítmicamente esta vez.
¡Gracias! :cara_sonriente_con_ojos_sonrientes:
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.Hola @PersuasionRam10 ,
Gracias por la información adicional. Además, para tu información, si usas el símbolo @, puedes etiquetar a personas específicas en los foros de la comunidad. Esto es útil, ya que notifica a esa persona de una comunicación.
En cuanto a tus datos, lo único que se me ocurre es que hay una errata en la columna "Tratamiento" de la especie de CONTROL. Si observas las distribuciones de especies, tratamiento y bloque, hay un 30 % más de tratamiento en el bloque 2 para CONTROL que en todos los demás bloques. ¿Fue intencional o es una errata? He intentado duplicar la columna "Tratamiento" y cambiar la fila 30 o la 34 al valor alternativo, pero esto sigue sin permitirme reproducir los resultados que aparecen a la izquierda de tu publicación original. Sin embargo, puedo reproducir perfectamente los resultados que se muestran a la derecha.
Tal vez sea mejor volver a los datos originales sin procesar y asegurarse de que no haya errores tipográficos ni equivocaciones que se hayan analizado incorrectamente.
Un DOE es un diseño experimental que se utiliza para probar diversos factores que podrían influir en una respuesta, y para hacerlo de forma eficiente. De hecho, cuando creo mi propio DOE basado en tus 3 factores: especie de 6 niveles, tratamiento de 3 niveles y bloque de 4 niveles, y fuerzo 72 ejecuciones, JMP genera un DOE distribuido uniformemente entre los tres factores. Por eso creo que hay una o más erratas.
¿Generaste la tabla de datos que compartiste resumiendo otra tabla? Revisar los datos originales a veces puede ayudar a determinar dónde se hizo algo diferente.
De lo contrario, diría que tu enfoque es correcto. Simplemente verifica con los datos sin procesar que el conjunto de datos que estás usando para tu análisis sea el correcto.
¡Espero que esto ayude!
DS
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.@SDF1
¡Hola! Solo quería agradecerles por su ayuda hace un par de semanas. ¡Encontré la respuesta a por qué mis datos eran ligeramente diferentes! Necesitaba cambiar el bloque de "Continuo" a "Nominal" en la ventana de diálogo. Al hacerlo, la media de mínimos cuadrados del control en la prueba de Tukey volvió al valor que debía.
Re: No puedo replicar los resultados del ANOVA de medidas repetidas para la prueba de Tukey... siento que estoy haciendo algo mal.Hola @PersuasionRam10 ,
Me alegra saber que pudiste reproducir los resultados anteriores. Sin embargo, es importante tener en cuenta que creo que JMP restringe las variables aleatorias en los modelos a continuas (quizás también ordinales), pero no creo que permita que las variables nominales sean aleatorias. ¡Me alegra saber que has resuelto algunos problemas y que puedes avanzar con tu trabajo!
DS
