Tukey テストの反復測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。皆さん、こんにちは！初めての投稿です。私は修士課程の学生で、湿地植物を用いた水質汚染の改善に関する研究を行っています。JMP Student Editionを使ってデータを分析し、指導してくれている統計学者と一緒にTukey検定を行い、どの結果が統計的に有意かを調べてきました。ところが、今、彼が休暇中で、一緒に行った研究を一人で再現しようと試みているのですが、同じ結果が得られません！行き詰まっています。
私たちがやっていたと記憶しているのは次のことです:
1. 下図の Excel シートを JMP にインポートします。
2. 「分析」→「モデルの適合」をクリック
3. 開いたダイアログ ボックスで、「Mean(pH, T1)」、「Mean(pH, T2)」などの列をすべて「Pick Role Variables」の下の Y 部分に入力します。
4. 種、処理、ブロックを「モデル効果の構築」に入力し、「次数乗」を実行して、それらを相互に関係付けます。
5. これを manova として実行し、表示されるボックスで「反復測定」と「時間」を選択します。
6. 結果が統計的に有意な場合は、「効果のてこ入れ」を重視して、各「平均(pH、T1)」列を個別に通常の分散分析(「標準最小二乗」特性)を実行します。
7. その分散分析の結果を表示するウィンドウで、「種」と書かれた小さな赤い矢印のあるボックスに移動し、Tukey テストを実行して、各植物種にどのような異なる文字が付けられているかを確認します。
ここが何かがおかしいと感じている部分です。このpHスプレッドシートは一緒に作成したもので、その結果をWord文書にまとめました。ここに紫と黄色でハイライトした画像があります。統計学者の指導のもと作成したものが左側、自分で作成したものが右側です。ご覧の通り、手順が正しいか確認するために自分で繰り返し試してみたところ、Tukey検定の値がわずかに異なっていました…「最小二乗平均」を見ると、コントロール群の値だけが異なっています。これが原因ではないかと考えています。
12年前に大学で受けた授業以外、統計学についてはあまり教育を受けていません。「テューキー検定で文字が違うということは、異なるものとして数えられるということ」くらい、原始人レベルでしか理解していないような気がします。でも、統計学が実際にどのように機能するのか、深く理解しているわけではありません。
何か手順を間違えたような気がします。だから私の結果が彼のものと少し違うんです。それから、pH週の固定効果テストのメモによると、一緒にやった時は「種」カテゴリーだけがProb > Fで有意（赤）だったのですが、今一人でやってみたら種と処理の両方が赤になっていました…何かおかしいことが起こっていると思います。
ご参考までに、この実験では、ミクロコスモス（バケツ）に 5 種類の異なる植物を入れ、3 段階の汚染レベル（0%、30%、70%）の水を与え、植物の健康状態と pH 値を含む水の状態を 12 週間にわたって監視しました。
問題をうまく説明できたでしょうか？他に何か必要な情報があれば、お知らせください。状況を明確にするのに役立ちます。
ご協力本当にありがとうございました！
基本的なデータ分析とモデリングRe: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。こんにちは@PersuasionRam10さん、
コミュニティページへようこそ。お力添えできれば幸いです。しかし、一つ難しいのは、データが手元になく、同じ現象を再現できないことです。
データを共有していただけますか。匿名化されていても助かります。
JMPを使った分析方法を学んでいる中で、特にお勧めしたいのが、どんな分析を実行する時でも、細かい手順をすべて覚えていなくても、最上位レベルの分析（例えば「YとXの相関」や「多変量」）の横にある赤いボタン（三角形）をクリックして、「スクリプトを保存」>「データテーブルへ」を選択することです。そうすれば、そのスクリプトに戻って、その分析にどのような設定が使われていたかを確認できます。これは非常に便利で、時間の節約にもなります。
いずれにせよ、匿名化されたテーブル（メニュー：テーブル > 匿名化）でデータを共有できるなら、そこから始めるのが良いでしょう。そうすれば、他の人もあなたの結果と同じ結果を試すことができます。匿名化する場合は、どの列をどの変数（Y や X など）に使用するかをコミュニティに知らせておくと役立つでしょう。重要な詳細は伏せておくこともできますが、どの列をどこで使用する必要があるかは依然として必要です。以下は、Big Class.jmp サンプルデータのスクリーンショットです。元のデータと匿名化されたデータの両方が保存されており、データテーブルにどのような影響を与えるかがわかります。
これが役に立つことを願っています!
DS
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。こんにちは、ご協力ありがとうございます！もちろん、データを共有できます。.jmpファイルを添付しましたが、これがデータ共有のことですかね？（名前など何も入っていないことを確認しました。これは大きなプロジェクトの一部なので、列名などが公開されていても構いません。）
pH に関して種間に有意差があるかどうか、処理にはどのような効果があるか、種*処理効果があるかどうかを調べる必要があり、そのために Tukey テストを使用しています。
スクリプトを共有するというアドバイスもありがとうございます。早速そうしました。
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。こんにちは@PersuasionRam10さん、
データテーブルをアップロードしていただきありがとうございます。お持ちのデータと投稿内容を拝見し、いくつか気になる点や質問がございます。
1. お使いのJMPのバージョンは何ですか？学生版をご利用だと存じておりますが、バージョン番号は何番ですか？JMPのアップデートにより、特定の計算が修正され、若干異なる値（Prob > Fなど）が出る場合があります。ただし、通常は小数点以下5桁目や6桁目といった上位桁で異なります。統計学の教授が使用しているバージョンも確認されると良いかもしれません。例えば、私はJMP Pro 19.0.3を使用していますが、種に対するTukey HSD検定で最小二乗平均を用いたCONTROLの値は6.9819です。スクリーンショットでは、同じ値が6.9810と表示されています。
2. スクリーンショットの1つを見ると、ランダム効果として列を1つ追加しているように見えますが、これは事実でしょうか？レポートの一部に「固定効果テスト」と記載されていますが、これは1つの変数をランダム効果として追加する必要があることを意味します。どちらの変数を使用していますか？ブロックですか？それとも、混合効果や除外効果など、別の属性が設定されている列ですか？
3. これは計画実験でしたか？DOEでしたか？もしそうなら、DOEではどのようなモデルから始めましたか？これも重要な出発点です。もし本当にDOEだったとしたら、種、処理、ブロックの分布を見ると、様々な要因に均等に分布しているように見えるので、DOEのように見えます。
4. 統計学の教授に提出した他の結果と比較したスクリーンショットの数値は再現できますが、スクリーンショットの左側の数値は再現できません。ランダム効果に関連する何かがここに影響しているのではないかと推測していますが、ランダム効果として何が使われているのかは不明です。
5. 2と4に関連して：共有いただいた固定効果レポートのDFDen値が再現されていません。これは、ランダムと定義しているものと、定義している他のモデル効果に起因している可能性があります。Species*TreatmentのProb > F値が大きく、Logworth値が非常に低いため、重要な要因ではないと思われます（少なくともMean(pH,T1)については。他のMean(ph,T*)列については、ご提示いただいた両方の例を再現できないため、まだ確認していません）。
6. 分析から除外されている行はありますか？一部の計算に影響する可能性があります。
7. Y またはモデル効果の Log など、列に対して何らかの変換を実行していますか?
ありがとう！、
DS
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。1. そうですね…JMP Student Edition 19.0.1 を使用しているようです。指導教員がどのバージョンを使用しているかは分かりませんが、すべて私のコンピューターで実行したので、すべて 19.0.1 でした。
2. はい、その通りです。モデル効果の構築ではすべてブロックランダム効果を使って作成しました。つまり、ブロック、種*ブロック、処理*ブロックはすべてランダムです。
3. そうだと思います…ここでの「計画実験」/DOEが具体的に何を意味するのかよく分かりません。私が設定した実験では、18個のバケツが入った4つのブロックを用意し、それぞれに異なる植物を入れたもの、あるいは植物を入れないものを用意し、それぞれに異なるレベルの汚染を与えました。
4. 私の知る限り、スクリーンショットの左側も添付したものと同じ Excel スプレッドシートからのものであり、そのスプレッドシートでもブロック効果をランダムに設定しました。
6. そうは思いません... 72 行すべてが含まれるはずです。
7. すべてのメモを確認したところ、今回は何も対数変換していないようです。
ありがとう！:smiling_face_with_smiling_eyes:
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。こんにちは@PersuasionRam10さん、
追加情報をありがとうございます。ちなみに、@記号を使うと、コミュニティフォーラムで特定の人をタグ付けできます。タグ付けすると、その人に連絡が届くので便利です。
データに関して、私が考えられる唯一の点は、CONTROL種の「処理」列のどこかに誤植があるということです。種、処理、ブロックの分布を見ると、CONTROLのブロック2では、他のすべてのブロックよりも30%多い処理が1つあります。これは意図的なものでしょうか、それとも誤植でしょうか？「処理」列を複製し、行30または行34を別の値に変更してみましたが、それでも元の投稿の左側にある結果を再現できません。ただし、投稿の右側にある結果は完璧に再現できます。
おそらく、元の生データに戻って、誤って分析されたタイプミスや間違いがないことを確認してください。
DOEは実験計画法の一種で、反応に影響を与える可能性のある多くの因子を効率的にテストするために使用されます。実際、私があなたの3つの因子（6水準の種、3水準の処置、4水準のブロック）に基づいて独自のDOEを作成し、72回実行したところ、JMPは3つの因子すべてに均等に分散されたDOEを生成しました。これが、私がタイプミス、あるいは複数のタイプミスがあると考えている理由の一つです。
共有したデータテーブルは、別のデータテーブルを要約して生成しましたか？元の生データに戻ると、どこで何かが異なっていたかを判断するのに役立つ場合があります。
そうでなければ、あなたのアプローチは正しいと思います。分析に使用しているデータセットが正しいかどうかを、生データを使ってもう一度確認してください。
これが役に立つことを願っています!
DS
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。@SDF1
こんにちは！数週間前に助けていただき、ありがとうございます。私のデータが少し違っていた理由が分かりました！ダイアログウィンドウでブロックを「連続」から「名義」に変更する必要がありました。そうすると、Tukey検定におけるコントロールの最小二乗平均値が本来あるべき値に戻りました。
Re: Tukey テストの繰り返し測定 ANOVA 結果を再現できません... 何か間違っているような気がします。こんにちは@PersuasionRam10さん、
以前の結果を再現できたと聞いて嬉しいです。ただし、JMPではモデル内のランダム変数は連続変数（おそらく順序変数も）に制限されていると思いますが、名義変数はランダム変数にはできないと思います。とはいえ、いくつか問題を解決して、研究を進めることができると聞いて嬉しいです！
DS
