Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA a misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao a tutti! Questo è il mio primo post qui. Sono uno studente magistrale che sta conducendo una ricerca sulla bonifica dell'inquinamento idrico utilizzando piante di palude. Ho analizzato i miei dati con JMP Student Edition per fare dei test di Tukey e scoprire quali risultati sono statisticamente significativi con uno statistico che mi ha seguito. Ma ora è in vacanza e ho cercato di replicare il lavoro che abbiamo fatto insieme da solo, ma non ottengo gli stessi risultati! Quindi mi sono imbattuto in un ostacolo.
Ecco cosa mi sembra di ricordare che facessimo:
1. importare il foglio Excel illustrato di seguito in JMP.
2. fare clic su Analizza --> Adatta modello
3. Nella finestra di dialogo che si apre, inserisci tutte le colonne "Media(pH, T1), Media(pH, T2)", ecc. nella parte Y sotto "Scegli variabili di ruolo".
4. inserire Specie, Trattamento e Blocco in "Effetti modello di costruzione" ed eseguire un "fattoriale per grado" per metterli in relazione tra loro.
5. Eseguendolo come manova e selezionando "misure ripetute" e "tempo" nelle caselle visualizzate.
6. Se i risultati sono statisticamente significativi, eseguire un'ANOVA regolare (personalità "Minimi quadrati standard") con ciascuna colonna "Media (pH, T1)" individualmente con enfasi su "Leva dell'effetto".
7. Nella finestra che mostra i risultati dell'ANOVA, nella casella con la piccola freccia rossa che dice "Specie" esegui un test di Tukey e osserva quali lettere diverse ha ciascuna specie di pianta.
Questa è la parte in cui ho la sensazione che qualcosa non vada. Abbiamo compilato insieme questo foglio di calcolo del pH e ho inserito i risultati in un documento Word, evidenziato in viola e giallo, che vedete qui. Quelli che ho fatto con l'esperto di statistica sono a sinistra, quelli che ho fatto da solo sono a destra. Come potete vedere, quando l'ho ripetuto da solo per assicurarmi di aver eseguito correttamente il procedimento, il test di Tukey è leggermente diverso... quando guardo la "Media dei minimi quadrati", solo quello sul Controllo è un numero diverso. Quindi penso che questa debba essere la chiave.
Non ho ricevuto molta istruzione in statistica, a parte un corso che ho seguito 12 anni fa all'università. Mi sembra di capirla solo a livello di un cavernicolo, tipo "una lettera diversa nel test di Tukey significa che possiamo considerarle diverse". Ma non ho una comprensione approfondita di come funzionino davvero queste cose.
Ho la sensazione di aver saltato un passaggio o qualcosa del genere, ed è per questo che i miei risultati sono leggermente diversi dai suoi. Inoltre, secondo i miei appunti nei test a effetto fisso per le settimane del pH, solo la categoria "Specie" aveva un valore di Prob > F significativo (rosso) quando l'abbiamo fatto insieme, ma quando l'ho provato da solo, Specie E Trattamento sono rossi... quindi so che sta succedendo qualcosa di strano.
Se può essere utile, l'esperimento consisteva nel disporre cinque specie diverse di piante in microcosmi (secchi) che abbiamo annaffiato con tre diversi livelli di inquinamento (0%, 30% e 70%) e nel monitorare la loro salute e le condizioni dell'acqua in cui si trovavano per 12 settimane, compreso il pH.
Spero di aver spiegato bene il mio problema! Fammi sapere se hai bisogno di altre informazioni che potrebbero aiutarti a chiarire le cose.
Grazie mille per il tuo aiuto!
Analisi e modellazione dei dati di baseRe: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao @PersuasionRam10 ,
Benvenuti nelle pagine della community. Speriamo di potervi aiutare. Tuttavia, una cosa che rende tutto più difficile è non avere i vostri dati e non essere in grado di riprodurre entrambe le situazioni che state vivendo.
È possibile condividere i dati? Anche in forma anonima sarebbe utile.
Mentre impari a usare JMP nelle tue analisi, una cosa che consiglio VIVAMENTE è che ogni volta che esegui qualsiasi tipo di analisi e potresti non ricordare tutti i piccoli passaggi, puoi sempre andare al pulsante scottante (triangolo) accanto all'analisi di livello più alto (ad esempio, Adatta Y per X o Multivariata) e selezionare Salva script > Nella tabella dati. Puoi quindi tornare allo script e vedere tutte le impostazioni che hanno generato quell'analisi. È estremamente utile e ti fa risparmiare tempo.
In ogni caso, se puoi condividere i dati in una tabella anonima (Menu: Tabelle > Anonimizza), questo potrebbe essere un ottimo punto di partenza, in modo che altri possano provare a replicare ciò che stai ottenendo. Se li rendi anonimi, potrebbe essere utile far sapere alla community quali colonne utilizzare per quale variabile, ad esempio Y o X. Puoi nascondere i dettagli importanti, ma avremmo comunque bisogno di sapere quali colonne devono essere utilizzate e dove. Di seguito è riportato uno screenshot dei dati di esempio di Big Class.jmp, sia originali che anonimi, in modo da sapere cosa succede alla tabella dati.
Spero che questo ti aiuti!
DS
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao, grazie per il tuo aiuto! Certo, posso condividere i miei dati. Ho allegato un file .jmp, è questo che intendevi con "condividere i dati"? (Mi sono solo assicurato che non contenesse nomi o altro, non mi dispiace che i nomi delle colonne e altre informazioni siano visibili, visto che si tratta solo di una parte di un progetto più ampio.)
Ho bisogno di scoprire se c'è una differenza significativa tra le specie sul pH, quale effetto ha il trattamento e se c'è un effetto specie*trattamento, e per questo ho utilizzato i test di Tukey.
Grazie anche per il consiglio di condividere lo script. L'ho fatto subito.
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao @PersuasionRam10 ,
Grazie per aver caricato la tua tabella dati. Dopo aver esaminato i dati e letto quanto hai pubblicato, ho un paio di osservazioni/domande.
1. Quale versione di JMP stai usando? So che stai usando un'edizione per studenti, ma qual è il numero di versione? Lo chiedo perché in alcuni aggiornamenti JMP corregge alcuni calcoli, il che potrebbe portare a valori leggermente diversi (ad esempio con Prob > F), ma di solito differiscono per le cifre decimali più alte, come la quinta o la sesta. Potresti anche voler scoprire quale versione sta usando il professore di statistica. Ad esempio, sto usando JMP Pro 19.0.3 e ottengo 6,9819 per CONTROL con la media quadratica minima quando eseguo il test Tukey HSD su Species, e il tuo screenshot mostra 6,9810 per lo stesso valore.
2. In base a uno dei tuoi screenshot, sembra che tu abbia inserito una colonna come Effetto Casuale, è vero? Mostri un frammento del report che riporta "Test a Effetto Fisso", il che significa che una variabile deve essere inclusa come Effetto Casuale. Quale stai usando? È "Blocco"? Oppure alla colonna che stai usando è assegnato un Attributo diverso, come "Effetto Miscela" o "Effetto Escluso"?
3. Si trattava di un esperimento progettato? Era un DOE? In tal caso, con quale modello avete iniziato nel DOE? Anche questo è un punto di partenza importante, se si trattava davvero di un DOE, e in un certo senso sembra così perché se si osservano le distribuzioni di Specie, Trattamento e Blocco, sembra che i dati siano distribuiti uniformemente tra i diversi fattori.
4. Posso riprodurre i tuoi numeri negli screenshot in cui confronti i tuoi risultati con quelli ottenuti con il professore di statistica, ma non riesco a riprodurre la parte sinistra degli screenshot. Immagino che sia qui che entra in gioco qualcosa legato agli effetti casuali, ma non sappiamo cosa sia stato usato come effetto casuale.
5. In relazione ai punti 2 e 4: non sto riproducendo i valori DFDen nel report Effetto fisso che hai condiviso, e questo è probabilmente dovuto a ciò che stai definendo come Casuale e agli altri effetti del modello che stai definendo. Vedo che Species*Treatment ha un valore Prob > F elevato e un valore Logworth molto basso, quindi probabilmente non è un fattore importante (almeno per Mean(pH,T1) -- Non ho ancora esaminato le altre colonne Mean(ph,T*) perché non riesco a riprodurre entrambe le istanze che stai mostrando.
6. Ci sono righe escluse dall'analisi? Questo potrebbe influire su alcuni calcoli.
7. Stai eseguendo delle trasformazioni sulle tue colonne, come Log per Y o Model Effects?
Grazie!,
DS
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.1. Vediamo... sembra che io stia usando JMP Student Edition 19.0.1. Non sono sicuro di quale versione usi il mio mentore, ma abbiamo fatto tutto sul mio computer, quindi era tutto 19.0.1.
2. Sì, esatto. Ho creato tutti quelli in Construct Model Effects con effetti casuali di Blocco. Quindi Blocco, Specie*Blocco e Trattamento*Blocco erano tutti casuali.
3. Credo di sì... Non sono sicuro di cosa significhi esattamente "esperimento progettato"/DOE. Ho allestito un esperimento in cui avevamo quattro blocchi da 18 secchi con piante diverse, o senza piante, e li abbiamo sottoposti a diversi livelli di inquinamento.
4. Per quanto ne so, anche il lato sinistro dello screenshot proviene dallo stesso foglio di calcolo Excel che ho allegato e anche in quello abbiamo reso casuali gli effetti Blocco.
6. Non credo... tutte le 72 righe dovrebbero essere incluse.
7. Ho appena controllato tutti i miei appunti... sembra che questa volta non abbiamo trasformato nulla in modo logaritmico.
Grazie! :smiling_face_with_smiling_eyes:
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao @PersuasionRam10 ,
Grazie per le informazioni aggiuntive. Inoltre, giusto per tua informazione, se usi il simbolo @, puoi taggare persone specifiche nei forum della community. Questo è utile perché avvisa quella persona di una comunicazione.
Per quanto riguarda i tuoi dati, l'unica cosa che mi viene in mente è che c'è un errore di battitura da qualche parte nella colonna "Trattamento" per la specie di CONTROLLO. Se guardi le distribuzioni di Specie, Trattamento e Blocco, c'è un trattamento extra del 30% nel Blocco 2 per CONTROLLO rispetto a tutti gli altri blocchi. Era una scelta intenzionale o è un errore di battitura? Ho provato a duplicare la colonna "Trattamento" e a modificare la riga 30 o 34 con il valore alternativo, ma questo non mi permette ancora di riprodurre i risultati che si trovano a sinistra del tuo post originale. Riesco comunque a riprodurre perfettamente i risultati mostrati a destra del tuo post.
Forse sarebbe meglio tornare ai dati grezzi originali e assicurarsi che non ci siano errori di battitura o errori analizzati in modo errato.
Un DOE è un disegno sperimentale e viene utilizzato per testare molti fattori che potrebbero influenzare una risposta, e per farlo in modo efficiente. Infatti, quando creo il mio DOE basato sui tuoi 3 fattori: Specie a 6 livelli, Trattamento a 3 livelli e Blocco a 4 livelli, e forzo 72 esecuzioni, JMP genera un DOE distribuito uniformemente su tutti e tre i fattori. Questo è uno dei motivi per cui penso che ci sia un errore di battitura, o più di uno.
Hai generato la tabella dati che hai condiviso riassumendo una tabella dati diversa? A volte, tornare ai dati grezzi originali può aiutare a individuare eventuali differenze.
Altrimenti, direi che il tuo approccio sembra corretto. Verifica semplicemente, utilizzando i dati grezzi, che il set di dati che stai utilizzando per la tua analisi sia corretto.
Spero che questo ti aiuti!
DS
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.@SDF1
Ciao! Volevo solo ringraziarti per l'aiuto che mi hai dato un paio di settimane fa. E ho trovato la risposta al perché i miei risultati erano leggermente diversi! Dovevo cambiare il Blocco da "Continuo" a "Nominale" nella finestra di dialogo. Quando l'ho fatto, la media dei minimi quadrati del Controllo nel test di Tukey è tornata al valore che avrebbe dovuto essere.
Re: Non riesco a replicare i risultati dell'ANOVA delle misure ripetute per il test di Tukey... ho la sensazione di sbagliare qualcosa.Ciao @PersuasionRam10 ,
Sono contento di sapere che sei riuscito a riprodurre i risultati precedenti. Una cosa da tenere presente, però, è che credo che JMP limiti le variabili casuali nei modelli a quelle continue (forse anche ordinali), ma non credo che consenta che le variabili nominali siano casuali. Sono comunque contento di sapere che hai risolto alcuni problemi e che sei in grado di procedere con il tuo lavoro!
DS
