Kann die Ergebnisse der Varianzanalyse mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo zusammen! Dies ist mein erster Beitrag hier. Ich bin Masterstudent und forsche zur Sanierung von Gewässern mithilfe von Sumpfpflanzen. Ich habe meine Daten mit JMP Student Edition analysiert, um Tukey-Tests durchzuführen und die statistische Signifikanz der Ergebnisse zu ermitteln. Dabei habe ich mich an einen Statistiker gewandt, der mich betreut hat. Da er nun im Urlaub ist, versuche ich, die gemeinsame Arbeit selbstständig zu wiederholen, erhalte aber nicht die gleichen Ergebnisse! Ich komme einfach nicht weiter.
Ich glaube, ich erinnere mich daran, dass wir Folgendes getan haben:
1. Importieren der unten abgebildeten Excel-Tabelle in JMP.
2. Klicken Sie auf Analysieren --> Modell anpassen.
3. Fügen Sie im daraufhin geöffneten Dialogfeld alle Spalten mit den Werten "Mean(pH, T1), Mean(pH, T2)" usw. in den Y-Teil unter "Rollenvariablen auswählen" ein.
4. Fügen Sie Spezies, Behandlung und Block in "Konstruktmodelleffekte" ein und führen Sie eine "Faktorielle bis Gradanalyse" durch, um sie miteinander in Beziehung zu setzen.
5. Führen Sie die Analyse als MANOVA durch und wählen Sie in den angezeigten Feldern die Optionen „Wiederholungsmessungen“ und „Zeit“ aus.
6. Wenn die Ergebnisse statistisch signifikant sind, führen Sie eine reguläre ANOVA (Standard Least Squares) mit jeder Spalte "Mean(pH, T1)" einzeln durch und legen Sie dabei den Fokus auf "Effect Leverage".
7. Gehen Sie im Fenster, das die Ergebnisse der ANOVA anzeigt, zu dem Feld mit dem kleinen roten Pfeil, auf dem „Art“ steht, und führen Sie einen Tukey-Test durch, um zu sehen, wie viele unterschiedliche Buchstaben jede Pflanzenart hat.
Hier habe ich das Gefühl, dass etwas nicht stimmt. Wir haben die pH-Wert-Tabelle gemeinsam erstellt, und ich habe die Ergebnisse in ein Word-Dokument übertragen (siehe Bild, lila und gelb markiert). Die Ergebnisse, die ich mit Unterstützung des Statistikers erstellt habe, befinden sich links, die, die ich selbstständig berechnet habe, rechts. Wie Sie sehen, weicht der Tukey-Test leicht ab, als ich die Berechnung zur Sicherheit wiederholt habe. Beim Betrachten des Mittelwerts der kleinsten Quadrate ist nur der Wert der Kontrollgruppe anders. Ich denke, das ist der entscheidende Punkt.
Ich habe in Statistik nicht viel gelernt, außer in einem Kurs, den ich vor zwölf Jahren im Grundstudium belegt habe. Ich verstehe es im Grunde nur oberflächlich, so nach dem Motto: „Ein anderer Buchstabe im Tukey-Test bedeutet, dass wir die Werte als unterschiedlich zählen können.“ Aber ich verstehe nicht wirklich, wie das Ganze funktioniert.
Ich glaube, ich habe irgendetwas übersehen, weshalb meine Ergebnisse leicht von seinen abweichen. Laut meinen Notizen zu den Fixeffekttests für die pH-Wochen war bei der gemeinsamen Durchführung nur die Kategorie „Arten“ signifikant (rot), als ob Prob > F vorläge. Als ich es gerade alleine versucht habe, waren jedoch sowohl Arten als auch Behandlung rot markiert. Da stimmt etwas nicht.
Zur Verdeutlichung: Das Experiment bestand darin, fünf verschiedene Pflanzenarten in Mikrokosmen (Eimern) zu halten, die wir mit drei verschiedenen Verschmutzungsgraden (0 %, 30 % und 70 %) bewässerten, und ihren Gesundheitszustand sowie die Bedingungen des Wassers, in dem sie sich befanden, über einen Zeitraum von 12 Wochen zu überwachen, einschließlich des pH-Werts.
Ich hoffe, ich konnte mein Problem verständlich schildern! Bitte lassen Sie mich wissen, falls Sie weitere Informationen benötigen, die zur Klärung beitragen könnten.
Vielen Dank für Ihre Hilfe!
Grundlagen der Datenanalyse und ModellierungBetreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo @PersuasionRam10 ,
Willkommen auf den Community-Seiten. Wir hoffen, wir können Ihnen helfen. Allerdings ist es schwierig, da wir Ihre Daten nicht haben und die beiden von Ihnen beschriebenen Fälle nicht reproduzieren können.
Können Sie die Daten teilen – auch anonymisierte Daten wären hilfreich?
Während Sie lernen, JMP für Ihre Analysen zu nutzen, empfehle ich Ihnen dringend Folgendes: Wenn Sie eine Analyse durchführen und sich nicht mehr an alle einzelnen Schritte erinnern, klicken Sie einfach auf die rote Schaltfläche (Dreieck) neben der obersten Analyseebene (z. B. „Y durch X anpassen“ oder „Multivariat“) und wählen Sie „Skript speichern“ > „In Datentabelle speichern“. Anschließend können Sie das Skript öffnen und alle Einstellungen einsehen, die zu dieser Analyse geführt haben. Das ist äußerst hilfreich und spart Ihnen viel Zeit.
Wenn Sie die Daten in einer anonymisierten Tabelle bereitstellen können (Menü: Tabellen > Anonymisieren), wäre das ein guter Ausgangspunkt, damit andere Ihre Ergebnisse nachvollziehen können. Falls Sie die Daten anonymisieren, wäre es hilfreich, der Community mitzuteilen, welche Spalten für welche Variable (z. B. Y oder X) verwendet werden sollen. Sie können die wichtigen Details ausblenden, wir benötigen aber dennoch die Information, welche Spalten wo verwendet werden müssen. Unten sehen Sie einen Screenshot der Beispieldaten aus der Datei „BigClass.jmp“ im Originalzustand und in anonymisierter Form, damit Sie die Auswirkungen auf die Datentabelle erkennen können.
Ich hoffe, das hilft!
DS
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo, vielen Dank für die Hilfe! Klar, ich kann meine Daten teilen. Ich habe hier eine .jmp-Datei angehängt. Meinten Sie das mit „Daten teilen“? (Ich habe nur darauf geachtet, dass sie keine Namen oder Ähnliches enthält. Die Spaltennamen und so weiter stören mich aber nicht, da dies nur ein Teil eines größeren Projekts ist.)
Ich muss herausfinden, ob es signifikante Unterschiede zwischen den Arten hinsichtlich des pH-Werts gibt, welche Auswirkungen die Behandlung hat und ob es einen Wechselwirkungseffekt zwischen Art und Behandlung gibt. Dazu habe ich Tukey-Tests verwendet.
Vielen Dank auch für den Tipp mit dem Teilen des Skripts. Ich habe es gleich getan.
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo @PersuasionRam10 ,
Vielen Dank für das Hochladen Ihrer Datentabelle. Nachdem ich mir Ihre Daten angesehen und Ihre Beiträge gelesen habe, habe ich einige Anmerkungen/Fragen.
1. Welche JMP-Version verwenden Sie? Ich weiß, dass Sie die Studentenversion nutzen, aber wie lautet die Versionsnummer? Ich frage, weil JMP bei manchen Updates bestimmte Berechnungen korrigiert, was zu leicht abweichenden Werten führen kann (z. B. bei Wahrscheinlichkeit > F). Diese Unterschiede betreffen aber meist nur die fünfte oder sechste Nachkommastelle. Sie könnten auch herausfinden, welche Version Ihr Statistikprofessor verwendet. Ich selbst nutze beispielsweise JMP Pro 19.0.3 und erhalte beim Tukey-HSD-Test für die Kontrollgruppe mit der Methode der kleinsten Quadrate den Wert 6,9819. Ihr Screenshot zeigt für denselben Wert 6,9810.
2. Einem Ihrer Screenshots zufolge haben Sie eine Spalte als Zufallseffekt hinzugefügt. Stimmt das? In einem Ausschnitt des Berichts steht „Fixed Effect Tests“, was bedeutet, dass mindestens eine Variable als Zufallseffekt berücksichtigt werden muss. Welche verwenden Sie? Ist es „Block“? Oder hat die Spalte ein anderes Attribut, wie z. B. „Mixture Effect“ oder „Excluded Effect“?
3. Handelte es sich um ein geplantes Experiment? War es ein Versuchsdesign (DOE)? Falls ja, mit welchem Modell haben Sie im Versuchsdesign begonnen? Dies ist ebenfalls ein wichtiger Ausgangspunkt – falls es sich tatsächlich um ein Versuchsdesign handelte, wovon es auszugehen scheint, da die Verteilungen von Art, Behandlung und Block darauf hindeuten, dass die Faktoren gleichmäßig verteilt sind.
4. Ich kann die Zahlen in Ihren Screenshots nachvollziehen, in denen Sie Ihre Ergebnisse mit denen des Statistikprofessors vergleichen. Die linke Seite der Screenshots kann ich jedoch nicht reproduzieren. Ich vermute, dass hier ein Zufallseffekt eine Rolle spielt, aber wir wissen nicht, welcher Faktor verwendet wurde.
5. Bezüglich Punkt 2 und 4: Ich kann die von Ihnen geteilten DFDen-Werte in Ihrem Fixed-Effects-Bericht nicht reproduzieren. Dies liegt wahrscheinlich an Ihrer Definition von Zufallseffekten und den anderen von Ihnen definierten Modelleffekten. Ich sehe, dass Species*Treatment einen hohen Prob > F-Wert und einen sehr niedrigen Logworth-Wert aufweist. Daher ist dieser Faktor wahrscheinlich nicht wichtig (zumindest nicht für Mean(pH,T1)). Ich habe die anderen Mean(ph,T*)-Spalten noch nicht untersucht, da ich die von Ihnen gezeigten Fälle nicht reproduzieren kann.
6. Werden Zeilen von der Analyse ausgeschlossen? Dies könnte Auswirkungen auf einige der Berechnungen haben.
7. Führen Sie irgendwelche Transformationen an Ihren Spalten durch, wie z. B. Logarithmieren Sie Ihre Y-Werte oder verwenden Sie Modelleffekte?
Danke!,
DS
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.1. Mal sehen... anscheinend verwende ich die JMP Student Edition 19.0.1. Ich bin mir nicht sicher, welche Version mein Mentor verwendet, aber wir haben alles auf meinem Computer gemacht, also war es überall Version 19.0.1.
2. Ja, genau. Ich habe alle Effekte in „Modelleffekte erstellen“ mit zufälligen Blockeffekten erstellt. Daher waren Block, Spezies*Block und Behandlung*Block alle zufällig.
3. Ich denke schon... Ich bin mir nicht ganz sicher, was genau mit „designiertem Experiment“/DOE hier gemeint ist. Es war ein Experiment, das ich durchgeführt habe, bei dem wir vier Blöcke mit je 18 Eimern hatten, die entweder mit verschiedenen Pflanzen bepflanzt waren oder leer, und die unterschiedlich stark verschmutzt wurden.
4. Meines Wissens stammt die linke Seite des Screenshots ebenfalls aus derselben Excel-Tabelle wie die von mir beigefügte, und auch dort haben wir die Blockeffekte zufällig gestaltet.
6. Ich glaube nicht... alle 72 Zeilen sollten einbezogen werden.
7. Habe gerade alle meine Notizen durchgesehen... sieht so aus, als hätten wir diesmal nichts logarithmisch transformiert.
Danke! :cara_que_sonríe_con_ojos_sonrientes:
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo @PersuasionRam10 ,
Danke für die zusätzlichen Informationen. Nur zur Info: Mit dem @-Symbol können Sie bestimmte Personen in den Community-Foren markieren. Das ist hilfreich, da die betreffende Person so über neue Nachrichten benachrichtigt wird.
Was Ihre Daten betrifft, fällt mir nur ein, dass sich in der Spalte „Behandlung“ für die Kontrollarten ein Tippfehler befindet. Wenn Sie sich die Verteilungen von Art, Behandlung und Block ansehen, fällt auf, dass in Block 2 für die Kontrollgruppe eine Behandlung von 30 % mehr vorkommt als in allen anderen Blöcken. War das so beabsichtigt oder handelt es sich um einen Tippfehler? Ich habe versucht, die Spalte „Behandlung“ zu duplizieren und entweder Zeile 30 oder 34 auf den entsprechenden Wert zu ändern, aber auch damit kann ich Ihre Ergebnisse, die links in Ihrem ursprünglichen Beitrag stehen, nicht reproduzieren. Die Ergebnisse auf der rechten Seite Ihres Beitrags kann ich hingegen problemlos nachbilden.
Vielleicht sollten Sie die ursprünglichen Rohdaten noch einmal überprüfen und sicherstellen, dass keine Tippfehler oder Fehler enthalten sind, die falsch analysiert wurden.
Ein Versuchsplan (DOE) dient dazu, viele Faktoren, die eine Reaktion beeinflussen könnten, effizient zu testen. Wenn ich beispielsweise einen eigenen Versuchsplan basierend auf Ihren drei Faktoren erstelle (Art mit sechs Stufen, Behandlung mit drei Stufen und Block mit vier Stufen) und 72 Durchläufe erzwinge, generiert JMP einen Versuchsplan, der gleichmäßig über alle drei Faktoren verteilt ist. Das ist ein Grund, warum ich vermute, dass ein oder mehrere Tippfehler vorliegen.
Haben Sie die von Ihnen geteilte Datentabelle durch Zusammenfassung einer anderen Datentabelle erstellt? Ein Blick auf die ursprünglichen Rohdaten kann manchmal helfen, festzustellen, wo etwas anders gemacht wurde.
Ansonsten klingt Ihr Ansatz richtig. Überprüfen Sie aber bitte anhand der Rohdaten, ob Sie für Ihre Analyse den richtigen Datensatz verwenden.
Ich hoffe, das hilft!
DS
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.@SDF1
Hallo! Ich wollte mich nur kurz für Ihre Hilfe vor ein paar Wochen bedanken. Ich habe die Lösung gefunden, warum meine Daten etwas anders waren! Ich musste im Dialogfenster den Block von „Kontinuierlich“ auf „Nominal“ ändern. Danach entsprach der Mittelwert der kleinsten Quadrate des Steuerelements im Tukey-Test wieder dem erwarteten Wert.
Betreff: Kann die Ergebnisse der ANOVA mit Messwiederholung für den Tukey-Test nicht reproduzieren... Ich habe das Gefühl, dass ich etwas falsch mache.Hallo @PersuasionRam10 ,
Es freut mich, dass Sie die vorherigen Ergebnisse reproduzieren konnten. Beachten Sie jedoch, dass JMP meines Wissens Zufallsvariablen in Modellen auf stetige (möglicherweise auch ordinale) Variablen beschränkt, nominale Variablen aber meines Wissens nicht zulässt. Schön, dass Sie einige Probleme gelöst haben und Ihre Arbeit fortsetzen können!
DS
