Je n'arrive pas à reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression que je fais quelque chose de mal.Bonjour à tous ! C'est mon premier message ici. Je suis en master et je fais des recherches sur la dépollution de l'eau grâce aux plantes de zones humides. J'ai analysé mes données avec JMP Student Edition pour effectuer des tests de Tukey et déterminer quels résultats sont statistiquement significatifs, avec l'aide d'un statisticien qui me suit dans mes recherches. Malheureusement, il est actuellement en vacances et j'essaie de reproduire le travail que nous avons fait ensemble, mais je n'obtiens pas les mêmes résultats ! Je suis donc bloquée.
Voici ce dont je me souviens :
1. Importer la feuille Excel illustrée ci-dessous dans JMP.
2. Cliquez sur Analyser --> Ajuster au modèle
3. Dans la boîte de dialogue qui s'ouvre, placez toutes les colonnes « Moyenne(pH, T1), Moyenne(pH, T2), » etc. dans la partie Y sous « Sélectionnez les variables de rôle ».
4. Placez les espèces, le traitement et le bloc dans « Construire les effets du modèle » et effectuez une « factorielle au degré » pour les mettre en relation les uns avec les autres.
5. L'exécuter en tant que MANOVA et choisir « mesures répétées » et « temps » dans les cases qui apparaissent.
6. Si les résultats sont statistiquement significatifs, effectuez une ANOVA régulière (« moindres carrés standard ») avec chaque colonne « Moyenne(pH, T1) » individuellement avec une mise en évidence de « l'effet de levier ».
7. Dans la fenêtre qui affiche les résultats de cette ANOVA, dans la case avec la petite flèche rouge qui dit « Espèce », effectuez un test de Tukey et voyez quelles lettres différentes chaque espèce de plante possède.
C'est à ce moment-là que je sens que quelque chose cloche. Nous avons créé ce tableau de pH ensemble, et j'ai saisi les résultats dans un document Word (voir image, surlignés en violet et jaune). Les résultats obtenus avec l'aide du statisticien sont à gauche, ceux que j'ai obtenus seule sont à droite. Comme vous pouvez le constater, lorsque j'ai refait l'expérience seule pour vérifier que je maîtrisais la procédure, le test de Tukey est légèrement différent… En observant la moyenne des moindres carrés, seule la valeur du contrôle diffère. Je pense donc que c'est là le point crucial.
Je n'ai pas reçu beaucoup de formation en statistiques, hormis un cours suivi il y a douze ans à l'université. J'ai l'impression de ne comprendre que très sommairement les statistiques : « une lettre différente au test de Tukey signifie qu'on peut les considérer comme différentes ». Mais je ne comprends pas vraiment comment cela fonctionne.
J'ai l'impression d'avoir oublié une étape, ce qui explique la légère différence entre mes résultats et les siens. De plus, d'après mes notes sur les tests à effets fixes pour les semaines de pH, seule la catégorie « Espèces » présentait une probabilité > F significative (en rouge) lors de nos tests communs. Or, en refaisant le test seul, les catégories « Espèces » et « Traitement » sont toutes deux en rouge… Je sais donc qu'il y a un problème.
Si cela peut aider, l'expérience consistait à avoir cinq espèces de plantes différentes dans des microcosmes (seaux) que nous avons arrosés avec trois niveaux de pollution différents (0 %, 30 % et 70 %) et à surveiller leur santé et les conditions de l'eau dans laquelle elles se trouvaient pendant 12 semaines, y compris le pH.
J'espère avoir bien expliqué mon problème ! N'hésitez pas à me demander toute information supplémentaire qui pourrait nous aider à y voir plus clair.
Merci beaucoup pour votre aide !
Analyse et modélisation de données de baseRe: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.Salut @PersuasionRam10 ,
Bienvenue sur les pages de la communauté. Nous espérons pouvoir vous aider. Cependant, il est difficile de résoudre ce problème car nous n'avons pas accès à vos données et ne pouvons pas reproduire les deux cas de figure que vous rencontrez.
Pourriez-vous partager les données ? Même anonymisées, elles seraient utiles.
Lorsque vous apprenez à utiliser JMP pour vos analyses, je vous recommande vivement de toujours cliquer sur le bouton rouge (triangle) situé à côté de l'analyse principale (par exemple, « Ajuster Y par X » ou « Multivariée ») et de sélectionner « Enregistrer le script » > « Dans une table de données ». Vous pourrez ainsi consulter tous les paramètres utilisés pour réaliser cette analyse. C'est extrêmement pratique et cela vous fera gagner un temps précieux.
Quoi qu'il en soit, si vous pouvez partager les données dans un tableau anonymisé (Menu : Tableaux > Anonymiser), ce serait un excellent point de départ pour que d'autres puissent tenter de reproduire vos résultats. Si vous anonymisez les données, il serait utile d'indiquer à la communauté quelles colonnes utiliser pour chaque variable, par exemple Y ou X. Vous pouvez masquer les informations importantes, mais nous aurions tout de même besoin de savoir quelles colonnes utiliser et pour quelle variable. Vous trouverez ci-dessous une capture d'écran des données d'exemple Big Class.jmp, à l'état original et après anonymisation, afin que vous puissiez constater l'effet sur le tableau de données.
J'espère que cela vous aidera !
DS
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.Bonjour, merci pour votre aide ! Bien sûr, je peux partager mes données. J'ai joint un fichier .jmp ; est-ce bien de cela dont vous parliez ? (Je me suis juste assuré qu'il ne contenait aucun nom ni autre information ; cela ne me dérange pas que les noms de colonnes soient visibles, car il ne s'agit que d'une partie d'un projet plus vaste.)
Je dois déterminer s'il existe une différence significative de pH entre les espèces, quel est l'effet du traitement et s'il existe une interaction espèce*traitement, et j'utilise pour cela le test de Tukey.
Merci également pour le conseil concernant le partage du script. Je l'ai fait.
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.Salut @PersuasionRam10 ,
Merci d'avoir mis en ligne votre tableau de données. Après l'avoir examiné et avoir lu votre message, j'ai quelques remarques et questions.
1. Quelle version de JMP utilisez-vous ? Je sais que vous utilisez une version étudiante, mais quel est le numéro de version ? Je vous pose la question car certaines mises à jour de JMP corrigent certains calculs, ce qui peut entraîner des valeurs légèrement différentes (comme avec Prob > F), mais ces différences se situent généralement au niveau des décimales les plus élevées, comme la 5e ou la 6e. Il serait également utile de vous renseigner sur la version utilisée par votre professeur de statistiques. Par exemple, j’utilise JMP Pro 19.0.3 et j’obtiens 6,9819 pour CONTROL avec la méthode des moindres carrés lors du test HSD de Tukey sur Species, tandis que votre capture d’écran affiche 6,9810 pour cette même valeur.
2. D'après l'une de vos captures d'écran, il semble que vous ayez inclus une colonne comme effet aléatoire. Est-ce exact ? Vous montrez un extrait du rapport indiquant « Tests à effets fixes », ce qui implique qu'une variable doit être incluse comme effet aléatoire. Lequel utilisez-vous ? S'agit-il d'un effet de bloc ? Ou bien la colonne en question possède-t-elle un autre attribut, comme « Effet de mélange » ou « Effet exclu » ?
3. S'agissait-il d'une expérience planifiée ? D'un plan d'expériences (DOE) ? Si oui, quel modèle avez-vous utilisé au départ ? C'est un point de départ important : il s'agit bien d'un DOE, ce qui semble probable car la distribution des espèces, des traitements et des blocs montre que les facteurs sont répartis de manière homogène.
4. Je parviens à reproduire les chiffres de vos captures d'écran où vous comparez vos résultats avec ceux obtenus avec le professeur de statistiques, mais je n'arrive pas à reproduire la partie gauche. Je suppose que c'est lié aux effets aléatoires, mais nous ignorons la nature de ces effets.
5. En lien avec les points 2 et 4 : je ne parviens pas à reproduire les valeurs DFDen de votre rapport à effets fixes, probablement en raison de votre définition de l’effet aléatoire et des autres effets du modèle. J’observe que l’effet Espèce*Traitement présente une valeur Prob > F élevée et une valeur Logworth très faible ; il ne s’agit donc probablement pas d’un facteur important (du moins pour la moyenne de pH et de T1). Je n’ai pas encore examiné les autres colonnes de moyenne de pH et de T* car je ne peux pas reproduire les deux cas que vous présentez.
6. Des lignes sont-elles exclues de l'analyse ? Cela pourrait avoir une incidence sur certains calculs.
7. Effectuez-vous des transformations sur vos colonnes, comme un logarithme pour votre Y ou des effets de modèle ?
Merci!,
DS
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.1. Voyons voir… il semblerait que j’utilise JMP Student Edition 19.0.1. Je ne sais pas quelle version utilise mon mentor, mais nous avons tout fait sur mon ordinateur, donc c’était la version 19.0.1.
2. Oui, c'est exact. J'ai créé tous les effets du modèle de construction avec des effets aléatoires de type bloc. Ainsi, les effets bloc, espèce*bloc et traitement*bloc étaient tous aléatoires.
3. Je crois que oui… Je ne suis pas sûr de comprendre exactement ce que signifie « plan d’expérience conçu » (DOE) dans ce contexte. Il s’agissait d’une expérience que j’ai mise en place avec quatre blocs de 18 seaux contenant soit différentes plantes, soit aucun, et auxquels on appliquait différents niveaux de pollution.
4. À ma connaissance, la partie gauche de la capture d'écran provient également de la même feuille de calcul Excel que celle que j'ai jointe, et nous avons également rendu les effets de bloc aléatoires dans celle-ci.
6. Je ne pense pas... les 72 lignes devraient être incluses.
7. Je viens de vérifier toutes mes notes... il semblerait que nous n'ayons rien transformé logarithmiquement cette fois-ci.
Merci ! :cara_que_sonríe_con_ojos_sonrientes:
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.Salut @PersuasionRam10 ,
Merci pour ces informations complémentaires. Par ailleurs, sachez que le symbole @ permet de mentionner des personnes spécifiques sur les forums de la communauté. Cela est utile car la personne concernée est ainsi notifiée de votre message.
Concernant vos données, la seule explication que je vois est une erreur de frappe dans la colonne « Traitement » pour l'espèce témoin. Si vous regardez la répartition des espèces, des traitements et des blocs, vous constaterez un surdosage de 30 % pour le groupe témoin dans le bloc 2. Est-ce intentionnel ou s'agit-il d'une erreur ? J'ai essayé de dupliquer la colonne « Traitement » et de modifier la ligne 30 ou 34, mais cela ne me permet toujours pas de reproduire les résultats affichés à gauche de votre message initial. En revanche, je parviens parfaitement à reproduire les résultats affichés à droite.
Il serait peut-être judicieux de revenir aux données brutes originales et de vérifier qu'il n'y a pas de fautes de frappe ou d'erreurs d'analyse.
Un plan d'expériences (DOE) sert à tester efficacement de nombreux facteurs susceptibles d'influencer une réponse. En effet, lorsque je crée mon propre DOE à partir de vos trois facteurs (Espèce à 6 niveaux, Traitement à 3 niveaux et Bloc à 4 niveaux) et que je force 72 simulations, JMP génère un DOE réparti uniformément entre les trois facteurs. C'est pourquoi je pense qu'il y a une ou plusieurs erreurs de frappe.
Avez-vous généré le tableau de données que vous avez partagé en synthétisant un autre tableau de données ? Consulter les données brutes d'origine peut parfois aider à identifier les différences.
Sinon, votre approche me semble correcte. Vérifiez tout de même, à l'aide des données brutes, que l'ensemble de données utilisé pour votre analyse est bien le bon.
J'espère que cela vous aidera !
DS
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.@SDF1
Salut ! Je voulais juste te remercier de m'avoir aidé il y a quelques semaines. J'ai trouvé la raison de la légère différence dans mes résultats ! Il fallait que je change le type de bloc de « Continu » à « Nominal » dans la boîte de dialogue. Après ça, la moyenne des moindres carrés du contrôle dans le test de Tukey est redevenue correcte.
Re: Impossible de reproduire les résultats de l'ANOVA à mesures répétées pour le test de Tukey... j'ai l'impression de faire quelque chose de mal.Salut @PersuasionRam10 ,
Je suis ravi d'apprendre que vous avez pu reproduire les résultats précédents. Il faut toutefois savoir que JMP limite les variables aléatoires des modèles aux variables continues (et peut-être aussi ordinales), mais je ne pense pas qu'il autorise les variables nominales à être aléatoires. Quoi qu'il en soit, je suis content que vous ayez trouvé des solutions et que vous puissiez poursuivre vos travaux !
DS
