Por Chris Kirchberg y Scott Wise – Equipo de habilitación global de JMP
Muchos clientes han preguntado recientemente cómo crear gráficos de volcanes en JMP. El gráfico del volcán es un gráfico popular que se utiliza cuando se examinan muchos valores p y comparaciones medias entre dos condiciones. Utilizado ampliamente en la investigación clínica y genómica, también es una herramienta de detección muy potente en entornos industriales donde se miden muchos parámetros.
El valor de usar un gráfico de volcán es que no solo le permite ver rápidamente los valores p de interés más significativos (vistos desde el registro de los valores p trazados en el eje Y), sino que también puede tener una idea de la dirección. y fuerza entre las comparaciones (visto desde la ubicación en la Diferencia o “Cambio de Pliegue” trazado en el Eje X). Por ejemplo, los puntos indicados en el gráfico siguiente con las flechas siguientes representarían pares de comparación con valores p muy significativos y grandes diferencias direccionales.
Volcano Plot (Source: Wikipedia) Gráfico de volcán (Fuente: Wikipedia) Para crear un gráfico de volcán en JMP, puede obtener todos los cálculos necesarios calculados desde la Plataforma de detección de respuesta. Para demostrar los pasos a seguir, utilizaremos el archivo de datos de muestra JMP "Drosophila Aging", que analiza los datos de expresión genética de microarrays sobre los efectos del envejecimiento de la mosca de la fruta ( Drosophila melanogaster ) por cepa (llamada Línea en los datos). Primero fuimos a la plataforma Process Screening (en Analizar – Modelado – Process Screening en JMP 12 y en Screening – Process Screening en JMP 13). Esto nos permitirá explorar las relaciones entre muchos pares de variables. En el cuadro de diálogo de la plataforma, coloque todas las columnas continuas para comparar (desde log2in_TMS1 hasta log2in_CG11317) en el cuadro Respuesta Y y la Línea en el cuadro X. Tenga en cuenta que los gráficos de volcanes suelen funcionar mejor cuando las columnas a medir ya se han transformado en sus valores logarítmicos (ya que esto facilita la representación gráfica), pero no siempre es necesario hacerlo en los datos sin procesar.
Luego presione Aceptar para ejecutar la Evaluación de respuestas que nos dará la comparación de "Línea" para cada columna. Esto proporciona una ventana de Detección de respuesta y una tabla de Valor P separada. Esta tabla nos dará los datos del valor P para el eje Y de nuestro gráfico de volcán. 
Luego seleccionamos Guardar medias de comparación debajo del triángulo rojo del encabezado de la ventana de detección de respuesta. Esto abre una nueva tabla sin título con muchos detalles numéricos de las comparaciones de medias. Ahora tenemos la columna Diferencia que podemos trazar en el eje X de nuestro Gráfico de volcán. Observe también que hay un gráfico preestablecido guardado en esta tabla de datos que muestra el valor logarítmico práctico por diferencia práctica relativa. Si bien este es un gráfico similar en algunos aspectos, no es lo mismo que el Gráfico del volcán, tal como está diseñado para graficar las diferencias prácticas y las estadísticas de comparación de Logworth práctico. Como estos cálculos "prácticos" no son vitales para realizar el gráfico del volcán, nos centraremos en lo que necesitamos de las tablas.
Para obtener todos los datos necesarios de estas dos tablas en una sola ubicación para graficar, hicimos una unión de columnas desde el menú Tablas para fusionar la tabla Sin título con la tabla PValues. Configuramos este cuadro de diálogo para que coincida con la columna "Y" común que contiene el ID de la columna de comparación y terminamos con una nueva tabla "maestra" a la que llamamos Volcano Plot Data. Ahora tenemos acceso tanto a los datos de diferencias como a los datos del valor p para crear el gráfico que deseamos.
Todo lo que queda por hacer es abrir Graph Builder y crear nuestro Gráfico de volcán. Con la información de esta tabla combinada, existen muchas opciones para el tipo de Parcela de Volcán que podemos crear. El primer paso es abrir un Generador de gráficos en blanco desde el Menú de gráficos. Luego arrastramos la columna Diferencia hacia el Eje X. Para el eje Y, tenemos la opción de utilizar LogWorth (el –Log 10 del valor p de comparación) o FDR (False Discovery Rate) LogWorth (los mismos valores logarítmicos frente a una estimación más conservadora del valor p que minimiza la posibilidad de falsos descubrimientos). Preferimos usar FDR LogWorth y arrastrarlo al eje Y. El último paso fue colocar una línea de referencia en el eje Y para ayudar a sacar a la luz nuestros importantes puntos de valor FDR P. Al hacer clic derecho en el eje Y del gráfico, colocamos una línea de referencia en 1,3, que es el nivel de FDR LogWorth que equivaldría al 95% de confianza en la significancia (un límite de valor p de ~0,05).
En el gráfico siguiente podemos ver que solo dos puntos (log2in_TMS1 = 1,948 FDR LogWorth y log2in_BcDNA_GH06717 = 1,367 FDR LogWorth) están por encima de la línea de referencia de FDR LogWorth 1.3 (más del 95% de confianza en la diferencia estadística en la comparación de medias). Además, podemos decir por la diferencia de dirección que en ambos casos la media de la línea "SAM" es menor que la media de la línea "ORE", como lo indican los valores negativos. Por último, la magnitud de la diferencia nos diría que el punto significativo más lejano (log2in_TMS1 = -0,533) tiene una diferencia mayor que el siguiente punto significativo (log2in_BcDNA_GH06717 = -0,319).
En resumen, Volcano Plot ayuda a visualizar comparaciones de niveles medios entre muchas columnas de medidas para que podamos elegir rápidamente no solo lo que es significativo, sino también qué tan grandes y en qué dirección son las diferencias.
