Aiuto nell'esecuzione di una lucidatura medianaCiao,
Ho dati di screening basati su celle che mostrano un artefatto riga per riga che fa sì che le mie righe dispari (A, C, ecc.) abbiano un segnale leggermente inferiore rispetto alle righe pari (B, D, ecc.). Sebbene la soluzione perfetta sia mitigare la fonte di varianza nell'apparecchiatura, vorrei anche smussare i miei dati per recuperare e identificare meglio i risultati. Ho letto in diversi articoli che la correzione della mediana di Tukey viene utilizzata per lo screening dei dati per smussare la distorsione spaziale, ma non sono riuscito a capire come implementarla in JMP o se fosse già uno strumento integrato. So che potrei potenzialmente calcolare un'iterazione di questo metodo trovando le mediane di riga/colonna ed eseguendo i calcoli, ma ciò che rende questo strumento potente è la capacità di iterare su un numero n di cicli fino a ottenere una variazione trascurabile nelle mediane di riga e colonna. Mi chiedevo se qualcuno potesse aiutarmi a scrivere uno script o indicarmi un plug-in in grado di svolgere questa attività. Sarebbe bello avere una finestra con interfaccia grafica simile ad altri strumenti di analisi, in cui poter inserire la variabile y, le colonne di riga e colonna e quindi eventuali variabili "by". Inoltre, potenzialmente, una casella per inserire il numero di iterazioni o una sorta di test per i residui, in modo che possa dire automaticamente quando interrompere l'iterazione e mostrarmi i risultati di ogni iterazione alla fine. Sono molto nuovo di JMP, quindi è un argomento che mi sfugge, ma apprezzerei qualsiasi aiuto! Penso che potrebbe essere una potente aggiunta anche agli strumenti di analisi di screening, perché è stato dimostrato che migliora la fluidità dei dati e rende le chiamate di hit più affidabili. Grazie in anticipo!
-Anni
Link alle informazioni sulla lucidatura mediana:
https://en.wikipedia.org/wiki/Median_polish
Modellazione statistica avanzataAutomazione e scriptingRe: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaNon credo che JMP fornisca un polacco mediano, tuttavia l'interfaccia JMP per Python o R consentirà di accedere alle relative routine di polacco mediano.
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaInoltre, se vuoi semplicemente correggere la distorsione delle righe alternate, puoi farlo con pochi clic nell'interfaccia grafica. Puoi anche scegliere Standardizzato invece di Centrato.
Sembra comunque un esercizio di scripting divertente. Se dovessi scriverlo in JSL, probabilmente seguirei i passaggi di questo video .
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura mediana... e poi magari sostituire Col Media() con Col Median().
Per applicare la mediana polacca completa , i dati devono essere adatti a farlo...
- altrimenti molte informazioni preziose (essenziali!) vengono rimosse "accidentalmente".
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaUn altro approccio ...
Oh, questa volta non lo dirò.
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaTe lo dico io! Anche l'interfaccia grafica utente di normalizzazione di @hogi può fare la stessa cosa.
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaCiao Jim,
Grazie per la risposta. Speravo di evitare di dover costruire qualcosa e di sfruttare ciò che altri hanno già realizzato!
Grazie ancora,
Anni
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaCiao Jed,
Grazie per la risposta. Potresti descrivere più dettagliatamente cosa stai facendo in questo screenshot? Non ho familiarità con queste opzioni.
Per quanto riguarda lo scripting, sì, capisco i passaggi della lucidatura mediana, ma essendo iterativo, mi ci vorrebbe un po' di tempo per scrivere lo script/integrare la flessibilità. Speravo che qualcuno potesse aiutarmi a svilupparlo o indicarmi uno script che funzionasse già!
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaGrazie a entrambi!
Ho provato qualcosa di simile con le funzioni e ha migliorato leggermente i dati! Ho preso la mediana di tutti i pozzi di prova in ogni riga (perché in un HTS, in condizioni appropriate, la maggior parte dei pozzi di prova non sarà colpita) e l'ho usata per normalizzare. Ha fatto un buon lavoro nel mitigare l'effetto riga e nel facilitare il triage dei colpi.
-Anni
Re: Aiuto per eseguire una lucidatura medianaCiao @amichaud ,
Ecco una rapida analisi di quanto sta accadendo sopra:
- Poiché hai menzionato le righe pari e dispari, ho creato una colonna che alterna 0 e 1, chiamata Bias.
- Facendo clic con il pulsante destro del mouse sulla colonna Bias, ho selezionato Nuova colonna formula > Raggruppa per. Questa operazione non crea alcuna colonna, ma imposta la colonna Bias come colonna di raggruppamento per eventuali colonne formula future.
- Facendo clic con il pulsante destro del mouse sulla colonna Y e selezionando Nuova colonna formula > Distribuzionale > Centro, la colonna Y viene trasformata in modo che sia centrata attorno a 0, iterativamente per qualsiasi variabile di raggruppamento . Ciò significa che gli 0 e gli 1 nella colonna Bias verranno trasformati separatamente. Questo è in realtà solo un modo diverso per correggere la distorsione dei campioni in base alle righe pari/dispari. È anche possibile selezionare Distribuzionale > Standardizza per ottenere lo stesso risultato.
- Il grafico cerca solo di mostrarlo visivamente. Il grafico in basso ha un adattamento diverso per ciascun gruppo di bias, ma il grafico in alto ha lo stesso adattamento per entrambi, poiché il bias è stato rimosso centrando il grafico.
Inoltre, a seconda di cosa stai cercando di fare, potresti anche semplicemente includere la colonna Bias come effetto in qualsiasi modello che stai creando. Il Profiler ti permetterà quindi di visualizzare e interagire con l'effetto, senza dover modificare i dati. Ho allegato una tabella dati aggiornata per mostrarlo.
