Hilfe bei der Durchführung einer mittleren PoliturHallo,
Ich habe zellbasierte Screening-Daten, die einen zeilenweisen Artefakt aufweisen. Dadurch ist das Signal in den ungeraden Zeilen (A, C usw.) etwas schwächer als in den geraden (B, D usw.). Die ideale Lösung wäre, die Ursache der Varianz in den Geräten zu beheben. Zusätzlich möchte ich meine Daten glätten, um die Trefferquote zu verbessern. Ich habe in mehreren Publikationen über Tukeys Median-Polishing gelesen, das zur Glättung räumlicher Verzerrungen in Screening-Daten verwendet wird. Ich konnte jedoch nicht herausfinden, wie ich dies in JMP implementieren kann oder ob es bereits als integriertes Tool verfügbar ist. Ich weiß, dass ich eine Iteration berechnen könnte, indem ich die Zeilen- und Spaltenmediane ermittle. Die Stärke dieses Tools liegt jedoch in der Möglichkeit, es über n Zyklen zu wiederholen, bis die Unterschiede zwischen den Zeilen- und Spaltenmedianen vernachlässigbar sind. Könnte mir jemand bei der Erstellung eines Skripts helfen oder mir ein Plugin empfehlen, das diese Aufgabe erfüllt? Es wäre toll, ein GUI-Fenster ähnlich den anderen Analysetools zu haben, in dem ich meine y-Variable, die Zeilen- und Spaltenspalten sowie alle „by“-Variablen eingeben könnte. Außerdem wäre es hilfreich, entweder ein Feld zur Eingabe der Iterationsanzahl oder eine Art Residuenprüfung zu haben, damit das Programm erkennt, wann die Iteration beendet werden soll und mir am Ende die Ergebnisse jeder Iteration anzeigt. Ich bin noch nicht sehr erfahren mit JMP, daher ist das für mich etwas zu kompliziert, aber ich wäre für jede Hilfe dankbar! Ich denke, dies könnte auch eine wertvolle Ergänzung für die Screening-Analysetools sein, da es nachweislich die Daten besser glättet und die Treffererkennung zuverlässiger macht. Vielen Dank im Voraus!
-Jahre
Link zu Informationen über mittlere Politur:
https://en.wikipedia.org/wiki/Median_polish
Fortgeschrittene statistische ModellierungAutomatisierung und SkripterstellungBetreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren PoliturIch glaube nicht, dass JMP eine Median-Polish-Funktion bereitstellt. Über die JMP-Schnittstelle zu Python oder R können Sie jedoch auf deren Median-Polish-Routinen zugreifen.
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren PoliturWenn Sie lediglich abwechselnde Zeilen bereinigen möchten, können Sie dies mit wenigen Klicks in der Benutzeroberfläche tun. Alternativ können Sie auch „Standardisiert“ anstelle von „Zentriert“ wählen.
Das klingt aber nach einer interessanten Skriptübung. Wenn ich es in JSL skripten würde, würde ich wahrscheinlich den Schritten in diesem Video folgen.
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren Politur... und dann vielleicht Spaltenmittelwert() durch Col Median() ersetzen.
Um die vollständige Median-Polish-Methode anwenden zu können, müssen die Daten dafür geeignet sein...
Andernfalls gehen viele wertvolle (unverzichtbare!) Informationen "versehentlich" verloren.
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren PoliturEin anderer Ansatz ...
Oh, diesmal werde ich es nicht erwähnen.
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren PoliturIch werde es für dich erwähnen! @hogi 's Normalisierungs-GUI kann das auch.
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer MittelpoliturHallo Jim,
Danke für die Antwort. Ich hatte gehofft, nichts selbst entwickeln zu müssen, sondern stattdessen auf bereits vorhandene Lösungen zurückgreifen zu können!
Danke noch einmal,
Jahre
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer MittelpoliturHallo Jed,
Vielen Dank für Ihre Antwort. Könnten Sie bitte etwas genauer beschreiben, was Sie auf diesem Screenshot machen? Ich bin mit diesen Optionen nicht vertraut.
Was das Skripten angeht, ja, ich verstehe die Schritte der mittleren Optimierung, aber da es sich um einen iterativen Prozess handelt, würde es einige Zeit dauern, bis ich die nötige Flexibilität im Skript implementieren könnte. Ich hatte gehofft, dass mir jemand dabei helfen oder mir ein bereits funktionierendes Skript empfehlen könnte!
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer mittleren PoliturVielen Dank euch beiden!
Ich habe etwas Ähnliches mit Funktionen versucht, und das hat die Daten leicht verbessert! Ich habe den Median aller Testwells in jeder Zeile berechnet (da in einem HTS unter geeigneten Bedingungen die meisten Testwells keine Treffer liefern) und diesen Wert zur Normalisierung verwendet. Das hat den Zeileneffekt recht gut reduziert und die Trefferauswahl erleichtert.
-Jahre
Betreff: Hilfe beim Durchführen einer MittelpoliturHallo @amichaud ,
Hier eine kurze Zusammenfassung der oben beschriebenen Vorgänge:
- Da Sie gerade und ungerade Zeilen erwähnt haben, habe ich eine Spalte erstellt, die abwechselnd 0 und 1 anzeigt und die ich Bias nenne.
- Durch einen Rechtsklick auf die Spalte „Bias“ habe ich „Neue Formelspalte“ > „Gruppieren nach“ ausgewählt. Dadurch werden keine neuen Spalten erstellt, sondern die Spalte „Bias“ wird als Gruppierungsspalte für alle zukünftigen Formelspalten festgelegt.
- Durch einen Rechtsklick auf die Y-Spalte und anschließende Auswahl von „Neue Formelspalte“ > „Verteilungsbasiert“ > „Zentrieren“ wird die Y-Spalte iterativ um 0 zentriert, unabhängig von der gewählten Gruppierungsvariablen . Dies bedeutet, dass die 0- und 1-Werte in der Spalte „Bias“ separat transformiert werden. Im Grunde handelt es sich dabei um eine alternative Methode, die Stichproben anhand gerader/ungerader Zeilen zu bereinigen. Alternativ können Sie auch „Verteilungsbasiert“ > „Standardisieren“ wählen.
- Die Grafik dient lediglich der Veranschaulichung. Die untere Grafik zeigt für jede Bias-Gruppe eine unterschiedliche Anpassung, während die obere Grafik für beide Gruppen die gleiche Anpassung aufweist, da der Bias durch Zentrierung entfernt wurde.
Je nachdem, was Sie erreichen möchten, können Sie die Spalte „Bias“ auch einfach als Effekt in jedes von Ihnen erstellte Modell einbinden. Der Profiler ermöglicht Ihnen dann die Anzeige und Interaktion mit dem Effekt, ohne dass Datenänderungen erforderlich sind. Ich habe eine aktualisierte Datentabelle beigefügt, um dies zu veranschaulichen.
